在第十二章指出过，先秦思想有两条不同的路线：阴阳的路线，五行的路线，各自对宇宙的结构和起源作出了积极的解释。可是这两条路线后来混合了。在董仲舒那里这种混合特别明显。所以在他的哲学中既看到阴阳学说，又看到五行学说。
宇宙发生论的学说据董仲舒说，宇宙由十种成分组成：天、地、阴、阳，五行的木、火、士、金、水，最后是人（见《春秋繁露·天地阴阳》，以下只注篇名）。他的阴阳观念很具体，他说："天地之间，有阴阳之气，常渐人者。若水常渐鱼也。所以异于水者，可见与不可见耳。"（《如天之为》）董仲舒所定的五行顺序，与《洪范》所定的（见本书第十二章）不同。他定的顺序是：第一是木，第二是火，第三是土，第四是金，第五是水（《五行之义》）。五行"比相生而间相胜"（《五行相生》）。木生火，火生土，土生金，金生水，水生木，（《五行之义》），这是"比相生"。木胜土，土胜水，水胜火，火胜金，金胜木（《五行相胜》），这是"间相胜"。
董仲舒和阴阳家一样，以木、火、金、水各主管四季的一季，四方的一方。木主管东方和春季，火主管南方和夏季，金主管西方和秋季，水主管北方和冬季，土主管中央并且扶助木、火、金、水。四时变换用阴阳运行来解释（《五行之义》）。
阴阳的盛衰遵循固定的轨道，轨道是经过四方的圆圈。阴初盛的时候，它就去扶助东方的木，形成了春。阳全盛的时候，它就去南方扶助火，形成了夏。但是根据物极必反的宇宙规律，如《老子》和"易传"所讲的，它当然盛极必衰。阳盛极而衰的时候，阴就同时开始盛了。阴初盛的时候，它到东方7扶助金，形成了秋。阴极盛的时候，它到北方扶助水，形成了冬。阴盛极而衰，阳同时开始盛，于是又有新的循环。
所以四季变化来自阴阳的盛衰，四季循环实际是阴阳循环。董仲舒说："天道之常，一阴一阳。阳者天之德也，阴者天之刑也。……是故天之道，以三时（春、夏、秋）成生，以一时（冬）丧死。"（《阴阳义》）照董仲舒的说法，这是表明"天之任阳不任阴、好德不好刑。"（《阴阳位》）也是表明"天亦有喜怒之气，哀乐之心，与人相副。以类合之，天人一也。"（《阴阳义》）因此，无论在肉体或精神方面，人都是天的副本。（《为人者天》）既然如此，人就高于宇宙其他一切的物。"天、地、人，万物之本也。天生之，地养之，人成之。"（《立元神》）人何以成之？董仲舒说通过礼、乐、就是说，通过文明和文化。假使真的没有文明和文化，宇宙就像是个未成品，宇宙本身也会感到不完全的痛苦。所以他说，天、地、人"三者相为手足，合以成体，不可一无也。"（《立元神》）人性学说由于天有其阴阳，人是天的副本，所以人心也包含两个成分：性、情。董仲舒用"性"字，有时取广义，有时取狭义。就狭义说，性与情分开而且相对；就广义说，性包括情。在广义上，董仲舒有时候以性为"质"，"性者，质也。"（《深察名号》）人的这种质，包括性（狭义）和情。由性而有仁，由情而有贪。狭义的性，相当于天的阳；情相当于天的阴。（《深察名号》）与此相联系，董仲舒谈到争论已久的老问题，就是人性，即人的质，是善是恶的问题。他不同意孟子的性善说，他说："善如米，性如禾。禾虽出米，而禾未可谓米也。性虽出善，而性未可谓善也。米与善，人之继天而成于外也。非在天所为之内也。天所为，有所至于止。止之内谓之天，止之外谓之王教。王教在性外，而性不得不遂。"（《实性》）董仲舒因此强调人为和教化的作用，只有教化才使人与天、地同等。在这方面，他接近荀子。但是他又和荀子不同，不同之处在于，他不认为人的质已经是恶的。善是性的继续，不是性的逆转。
董仲舒以为教化是性的继续，这一点他又接近孟子。他写道："或曰：性有善端，心有善质，尚安非善？应之曰：非也。茧有丝而茧非丝也。卵有雏而卵非雏也。比类率然，有何疑焉。"（《深察名号》）问题的提出，代表孟子的观点；问题的回答，董仲舒把他自己和孟子清楚地分开了。
但是这两位哲学家的不同，实际上不过是用语不同。董仲舒自己就说："孟子下质于禽兽之所为，故曰性之已善；吾上质于圣人之所善，故谓性未善。"（《深察名号》）孟子与董仲舒的不同，就这样归结为两个用语"已善"和"未善"的不同。
社会伦理学说照董仲舒的说法，阴阳学说也是社会秩序的形上学根据。他写道："凡物必有合。合，必有上，必有下，必有左，必有右，必有前，必有后，必有表，必有里。……有寒必有暑，有昼必有夜，此皆其合也。阴者阳之合，妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。物莫无合，而合各有阴阳。……君臣父子夫妇之义，皆与诸阴阳之三纲，可求于天。"（《基义》）这个时期以前的儒家认为，社会有五伦，即君臣，父子，夫妇，兄弟，朋友。董仲舒从中选出三伦，称为三纲。"纲"字的意义是网的大绳，所有的细绳都连在大绳上。君为臣纲，就是说，君为臣之主。夫为妻纲，父为子纲，都是这个意思。
三纲之外，还有五常，都是儒家坚持的。"常"有不变的意思，五常是儒家所讲的五种不变的德性：仁，义，礼，智，信。董仲舒本人虽然没有特别强调这一点，但是所有的汉儒都共同主张，这五种德性与五行相合。仁与东方的木合，义与西方的金合，礼与南方的火合，智与北方的水合，信与中央的土合（见《白虎通义》卷八）。
五常是个人的德性，三纲是社会的伦理。旧时纲常二字连用。意指道德，或一般道德律。人发展人性必须遵循道德律，道德律是文化与文明的根本。
政治哲学可是不是一切人都能自己做到这一点。所以政府的职能就是帮助发展人性。董仲舒写道："天生民性，有善质而未能善，于是为之立王以善之，此天意也。"（《深察名号》）王者以庆、赏、罚、刑为"四政"，相当于四季。董仲舒说："庆赏刑罚与春夏秋冬，以类相应也，如合符。故曰王者配天，谓其道。天有四时，王有四政，四政若四时，通类也，天人所同有也。"（《四时之副》）政府的组织也是以四季为模型。照董仲舒说，政府官员分为四级，是模仿一年有四季。每级每个官员下面有三个副手，也是模仿一季有三月。官员像这样分为四级，又是因为人的才能和德性也是自然地分为四等。所以政府选出那些应该当选的人，再按他们德才的自然等级而加以任用。"故天选四时、十二［月］，而人变尽矣。尽人之变，合之天，唯圣人者能之。"（《官制象天》）天人关系既然如此密切，所以董仲舒认为，社会上政治的过失必然表现为自然界的异常现象。阴阳家早已提出这种学说，董仲舒则提供目的论的和机械论的解释。
从目的论上讲，人间的政治过失必然使天生气，发怒。天怒的表现，是通过自然界的灾异，诸如地震、日蚀、月蚀、旱灾、水灾。这都是天的警告，要人主改正错误。
从机械论上讲，照董仲舒所说，则是"百物去其所与异，而从其所与同"。"物固以类相召也"（《同类相动》）。所以人的异常必然引起自然界的异常。董仲舒认为这完全是自然规律，毫无超自然的因素，这就与他在别处所讲的目的论学说矛盾了。
历史哲学在第十二章，我们已经讲到邹衍如何以五德终始的学说解释改朝换代。某个朝代，因为它用某德，必须用合乎此德的方式进行统治。董仲舒修改了这个学说，认为朝代的更选，不是根据五德运行，而是根据他所说的"三统"顺序。三统是黑统、白统、赤统。每统各有其统治系统，每个朝代各正一统（《三代改制质文》）。
照董仲舒的说法，在实际历史上，夏朝（传说在公元前2205一前1766年）正黑统；商朝（公元前1766？一前1122年？）正白统；周朝（公元前1122？一前255）正赤统。这形成历史演变的循环。周朝以后的新朝代又要正黑统，照此循环下去。
有趣的是，我们看到，在现代，也用颜色表示社会组织的各种不同的系统，也正是董仲舒所用的那三种颜色。按照他的学说，我们也许可以说，法西斯主义正黑统，资本主义正白统，共产主义正赤统。