还有一件附带原因，也是教会行动影响到学界。我们都知道康熙末年因各皇子争位闹得乌烟瘴气。这种宫闱私斗，论理该不至影响到学问，殊不知专制政体之宫廷，一举一动，都有牵一发动全身的力量。相传当时耶稣会教徒党于皇太子允礽，喇嘛寺僧党于雍正帝胤祯，双方暗斗，黑幕重重。后来雍正帝获胜，耶稣会势力遂一败涂地。这种史料，现时虽未得有充分证据，然而口碑相传，大致可信。雍正元年浙闽总督满宝奏请，除在钦天监供职之西洋人外，其余皆驱往澳门看管，不许阑入内地，得旨施行。这件事是否于宫廷阴谋有关，姑且不论。总之康熙五六十年间所延揽的许多欧洲学者，到雍正帝即位之第一年，忽然驱除净尽。中国学界接近欧化的机会从此错过，一搁便搁了二百年了。
其次，要解答“为什么古典考证学独盛”之问题。
明季道学反动，学风自然要由蹈空而变为核实——由主观的推想而变为客观的考察。客观的考察有两条路：一自然界现象方面；二社会文献方面。以康熙间学界形势论，本来有趋重自然科学的可能性，且当时实在也有点这种机兆。然而到底不成功者，其一，如前文所讲，因为种种事故把科学媒介人失掉了。其二，则因中国学者根本习气，看轻了“艺成而下”的学问，所以结果逼着专走文献这条路。但还有个问题，文献所包范围很广，为什么专向古典部分发展，其他多付阙如呢？问到这里，又须拿政治现象来说明。
康熙帝是比较有自由思想的人。他早年虽间兴文字之狱，大抵都是他未亲政以前的事，而且大半由奸民告诉官吏徼功，未必出自朝廷授意。他本身却是阔达大度的人，不独政治上常采宽仁之义，对于学问，亦有宏纳众流气象。试读他所着《庭训格言》，便可以窥见一斑了。所以康熙朝学者，没有什么顾忌，对于各种问题，可以自由研究。到雍正、乾隆两朝却不同了。雍正帝是个极猜忌刻薄的人，而又十分雄鸷。他的地位本从阴谋攘夺而来，不得不立威以自固，屠杀兄弟，诛戮大臣，四处密派侦探，闹得人人战栗。不但待官吏如此，其对于士大夫社会，也极威吓操纵之能事。汪景祺雍正二年、查嗣庭、吕留良俱雍正十四年之狱，都是雍正帝匠心独运罗织出来。尤当注意者，雍正帝学问虽远不及乃翁，他却最爱出风头和别人争辩。他生平有两部最得意的着作，一部是《拣魔辨异录》，专和佛教禅宗底下的一位和尚名弘忍者辩论。（注一：《拣魔辨异录》这部书是雍正十一年御制。
当时临济宗门下有一名僧曰法藏，着《五宗原》，其徒曰弘忍，着《五宗救》，皆对于当时禅学有所批评。雍正帝着此书专辟之。书首冠上谕，有云：“……朕今不加屏斥，魔法何时熄灭？着将《藏》内所有藏、忍语录并《五宗原》《五宗救》等书，尽行毁板，僧徒不许私自收藏。有违旨隐匿者，发觉以不敬律论。法藏一支所有徒众，着直省督抚详细察明，尽削去支派，果能于他方参学，得正知见，别嗣他宗，方许秉拂。”这书有殿板存大内，外间向少见。民国四年，始由扬州藏经院刊行。平心而论，这书所驳藏、忍之说，也许驳得不错。但这种“以人王而兼教主”的态度，太咄咄逼人了）一部是《大义觉迷录》，专与吕晚村留良的门生曾静辩论。（注二：《大义觉迷录》这部书体裁甚奇，全部是亲自审问曾静的口供，冠以一篇极长的上谕当作序文。曾静号蒲潭，湖南人，吕晚村私淑弟子。尝上书岳钟琪，力言夷夏之防，数雍正帝九大罪，劝其革命，被拿到京，帝亲自审问他，和他反复辩驳。内中最要者是辨夷夏问题，其次辨封建制度，还有关于雍正帝本身逼母、弑兄、屠弟等种种罪恶之辩护。据这部书说，曾静完全折服了，还着有《归仁说》一篇，附刻在后头。雍正帝于是把曾静赦免，放归田里。虽然如此，却说曾静学说出于吕留良，把留良戮尸灭族。后来乾隆帝到底把曾静也杀了。这部书当时印刷许多，颁发各省府州县学宫，令秀才们当作圣经读。到乾隆朝，将颁出的书都收回，板也毁了，列在禁书书目中。）以一位帝王而亲着几十万字书和一位僧侣一位儒生打笔墨官司，在中外历史上真算绝无仅有。从表面看，为研求真理而相辩论，虽帝王也该有这种自由。若仅读他这两部书，我们并不能说他态度不对，而且可以表相当的敬服。但仔细搜求他的行径，他着成《拣魔辨异录》以后，跟着把弘忍的着述尽行焚毁，把弘忍的门徒勒令还俗或改宗。他着成《大义觉迷录》以后，跟着把吕留良剖棺戮尸，全家杀尽，着作也都毁板。像这样子，哪里算得讨论学问，简直是欧洲中世教皇的牌子。在这种主权者之下，学者的思想自由，是剥夺净尽了。他在位仅13年，影响原可以不至甚大，无奈他的儿子乾隆帝，也不是好惹的人。他学问又在乃祖乃父之下，却偏要“附庸风雅”,恃强争胜。他发布禁书令，自乾隆三十九年至四十七年继续烧书二十四回，烧去的书一万三千八百六十二部。直至乾隆五十三年，还有严谕。他一面说提倡文化，一面又抄袭秦始皇的蓝本。所谓“黄金时代”的乾隆六十年，思想界如何的不自由，也可想而知了。
凡当主权者喜欢干涉人民思想的时代，学者的聪明才力，只有全部用去注释古典。欧洲罗马教皇权力最盛时，就是这种现象。我国雍、乾间也是一个例证。记得某家笔记说：“内廷唱戏，无论何种剧本都会触犯忌讳，只得专搬演些封神、西游之类，和现在社会情状丝毫无关，不至闹乱子。”雍、乾学者专务注释古典，也许是被这种环境所构成。至于他们忠实研究的结果，在文献上有意外的收获和贡献，这是别的问题，后文再讲。自康、雍以来，皇帝都提倡宋学——程朱学派，但民间——以江浙为中心，“反宋学”的气势日盛，标出“汉学”名目与之抵抗。到乾隆朝，汉学派殆占全胜。政府方面文化事有应该特笔大书的一件事，曰编纂《四库全书》。四库开馆，始自乾隆三十八年，至四十七年而告成，着录书3457部，79070卷；存目书6766部，93556卷。编成缮写7本，颁贮各地：一、北京禁城之文渊阁本今存。二、西郊圆明园之文源阁本。咸丰间毁于英法联军三、奉天之文溯阁本。今移存北京四、热河之文津阁本。今移存北京五、扬州之文汇阁本。六、镇江之文宗阁本。并毁于洪杨之乱七、杭州之文澜阁本。洪杨之乱半毁，现已补抄，存浙江图书馆原来搜集图书制目录，本属历朝承平时代之常事，但这回和前代却有点不同，的确有他的特别意义和价值。着录的书，每种都替他作一篇提要。这种事业，从前只有私人撰述——如晁公武《郡斋读书志》、陈振孙《直斋书录解题》……等，所有批评都不过私人意见。《四库提要》这部书，却是以公的形式表现时代思潮，为向来着述未曾有。当时四库馆中所网罗的学者三百多人，都是各门学问的专家。露骨的说，四库馆就是汉学家大本营，《四库提要》就是汉学思想的结晶体。就这一点论，也可以说是：康熙中叶以来汉宋之争，到开四库馆而汉学派全占胜利。也可以说是：朝廷所提倡的学风，被民间自然发展的学风压倒。当朱筠（汉学家）初奏请开四库馆时，刘统勋（宋学家）极力反对，结果还是朱说实行。此中消息，研究学术史者不可轻轻放过也。
汉学家所乐道的是“乾嘉诸老”。因为乾隆、嘉庆两朝，汉学思想正达于最高潮，学术界全部几乎都被他占领。但汉学派中也可以分出两个支派：一曰吴派，二曰皖派。吴派以惠定宇栋为中心，以信古为标帜，我们叫他做“纯汉学”。皖派以戴东原震为中心，以求是为标帜，我们叫他做“考证学”。此外尚有扬州一派，领袖人物是焦里堂循、汪容甫中他们研究的范围，比较的广博。有浙东一派，领袖人物是全谢山祖望、章实斋学诚，他们最大的贡献在史学。以上所举派别，不过从个人学风上，以地域略事区分。其实各派共同之点甚多，许多着名学者，也不能说他们专属哪一派。总之乾嘉间学者，实自成一种学风，和近世科学的研究法极相近，我们可以给他一个特别名称，叫做“科学的古典学派”。他们所做的工作，方面很多，举其重要者如下：
一、经书的笺释
几部经和传记，逐句逐字爬梳，引申或改正旧解者不少，大部分是用笔记或专篇体裁，为部分的细密研究。研究进步的结果，有人综合起来作全书的释例或新注新疏，差不多每部经传都有了。
二、史料之搜补鉴别关于史籍之编着源流，各书中所记之异同真伪、遗文佚事之阙失或散见者，都分部搜集辨证。内中补订各史表志，为功尤多。
三、辨伪书许多伪书或年代错误之书，都用严正态度辨证，大半成为信谳。
四、辑佚书许多亡佚掉的书，都从几部大类书或较古的着述里头搜辑出来。
五、校勘难读的古书，都根据善本，或厘审字句，或推比章节，还他本来面目。