亭林的《日知录》，后人多拿来比黄东发的《黄氏日抄》和王厚斋的《困学纪闻》。从表面看来，体例像是差不多，细按他的内容，却有大不同处。东发、厚斋之书，多半是单词片义的随手札记。《日知录》不然，每一条大率皆合数条或数十条之随手札记而始能成，非经过一番“长编”工夫，决不能得有定稿。试观卷九宗室、藩镇、宦官各条，卷十苏松二府田赋之重条，卷十一黄金、银、铜各条，卷十二财用、俸禄、官树各条，卷二十八押字、邸报、酒禁、赌博各条，卷二十九骑、驿、海师、少林僧兵、徙戎各条，卷三十古今神祠条，卷三十一长城条，则他每撰成一条，事前要多少准备工夫，可以想见。所以每年仅能成十数条，即为此。不然，《日知录》每条短者数十字，最长亦不过一二千字，何至旬月才得一条呢？不但此也，《日知录》各条多相衔接，含有意义。例如卷十三周末风俗、秦纪会稽山刻石、两汉风俗、正始、宋世风俗、清议、名教、廉耻、流品、重厚、耿介、乡愿之十二条，实前后照应，共明一义，剪裁组织，煞费苦心。其他各卷各条，类此者也不少。所以我觉得，拿阎百诗的《潜丘札记》，和《黄氏日抄》《困学纪闻》相比，还有点像。顾亭林的《日知录》，却与他们都不像。他们的随手札记，性质属于原料或粗制品，最多可以比棉纱或纺线。亭林精心结撰的《日知录》，确是一种精制品，是篝灯底下纤纤女手亲织出来的布。亭林作品的价值全在此。后来王伯申的《经传释词》《经义述闻》，陈兰甫的《东塾读书记》都是模仿这种工作。这种工作正是科学研究之第一步，无论做何种学问都该用他。
亭林对于着述家的道德问题，极为注意。他说：“凡作书者莫病乎其以前人之书改窜为自作也”。《文集》卷二《抄书自序》又说：“晋以下人，则有以他人之书而窃为己作者，郭象《庄子注》、何法盛《晋中兴书》之类是也。若有明一代之人，其所着书，无非窃盗而已。”《日知录》卷十八《窃书》条又说：“今代之人，但有薄行而无隽才，不能通作者之义，其盗窃所成之书，必不如元本，名为钝贼何辞。”同上他论着述的品格，谓“必古人所未及就，后世之所必不可无者，而后为之”。《日知录》卷十九《着书之难》条他做《日知录》成书后常常勘改，“或古人先我而有者，则削之”。《日知录，自序》然则虽自己所发明而与前人暗合者尚且不屑存，何况剽窃！学者必须有此志气，才配说创造哩。自亭林极力提倡此义，遂成为清代学者重要之信条，“偷书贼”不复能存立于学者社会中，于学风所关非细。
大学者有必要之态度二：一曰精慎，二曰虚心。亭林着作最能表现这种精神。他说：“着述之家，最不利乎以未定之书传之于人。”《文集》卷四《与潘次耕书》又说：“古人书如司马温公《资治通鉴》，马贵与《文献通考》，皆以一生精力为之。后人之书，愈多而愈舛漏，愈速而愈不传。所以然者，视成书太易而急于求名也。”《日知录》卷十九《着书之难》条潘次耕请刻《日知录》，他说要再待十年。其初刻《日知录？自序》云：“旧刻此八卷，历今六七年。老而益进，始悔向日学之不博，见之不卓。渐次增改，而犹未敢自以为定。盖天下之理无穷，而君子之志于道也，不成章不达。故昔日之所得，不足以为矜；后日之所成，不容以自限。”《文集》卷二我常想，一个人要怎样才能老而不衰？觉得自己学问已经成就，那便衰了。常常看出“今是昨非”,便常常和初进学校的青年一样。亭林说：“人之为学，不可自小，又不可自大。自小，少也；自大，亦少也。”《日知录》卷七《自视欿然》条他的《日知录》，阎百诗驳正若干条，他一见便欣然采纳。见赵执信所作阎墓志他的《音学五书》，经张力臣改正一二百处。见《文集》卷四《与潘次耕书》他说：“时人之言，亦不敢没君子之谦也，然后可以进于学。”《日知录>卷二十《述古》条这种态度，真永远可为学者模范了。
亭林的着述，若论专精完整，自然比不上后人。若论方面之多，气象规模之大，则乾嘉诸老，恐无人能出其右。要而论之，清代许多学术，都由亭林发其端，而后人衍其绪。今列举其所着书目而择其重要者稍下解释如下：
《日知录》三十二卷，是他生平最得意的着作。他说：
“平生之志与业，皆在其中”。《文集》卷三《与友人论门人书》
又说：
“有王者起，将以见诸行事，以跻斯世于治古之隆，而未敢为今人道也。”《文集》卷四《与人书二十五》
又说：“意在拨乱涤污，法古用夏，启多闻于来学，待一治于后王。”《文集》卷六《与杨雪臣书》
读这些话，可以知道他着书宗旨了。《四库总目提要》叙列这部书的内容：“前七卷皆论经义，八卷至十二卷皆论政事，十三卷论世风，十四、十五卷论礼制，十六、十七卷论科举，十八至二十一卷论艺文，二十二至二十四卷论名义，二十五卷论古事真妄，二十六卷论史法，二十七卷论注书，二十八卷论杂事，二十九卷论兵及外国事，三十卷论天象术数，三十一卷论地理，三十二卷杂考证。”大抵亭林所有学问心得，都在这书中见其梗概。每门类所说的话，都给后人开分科研究的途径。
《天下郡国利病书》一百卷，《肇域志》一百卷，这两部书都是少作。《利病书》自序云：“……乱后多有散佚，亦或增补。而其书本不曾先定义例，又多往代之言，地势民风，与今不尽合，年老善忘，不能一一刊正。”《肇域志》自序亦略同，据此知并非成书了。但这两部书愿力宏伟，规模博大。后来治掌故学、地理学者，多感受他的精神。
《音学五书》三十八卷。这书以五部组织而成：一、《古音表》三卷，二、《易音》三卷，三、《诗本音》十卷，四、《唐韵正》二十卷，五、《音论》三卷。他自己对于这部书很满意，说道：某自五十以后，于音学深有所得，为《五书》以续三百篇以来久绝之传。《文集》卷四《与人书二十五》清儒多嗜音韵学，而且研究成绩极优良，大半由亭林提倡出来。
《金石文字记》六卷。亭林笃嗜金石，所至搜辑碑版，写其文字，以成此书。他对于金石文例，也常常论及。清代金石学大昌，亦亭林为嚆矢。
此外着述，尚有《五经同异》三卷，《左传杜解补正》三卷，《九经误字》一卷，《五经考》一卷，《求古录》一卷，《韵补正》一卷，《二十一史年表》十卷，《历代宅京记》二十卷，《十九陵图志》六卷，《万岁山考》一卷，《昌平山水记》二卷，《岱岳记》八卷，《北平古今记》十卷，《建康古今记》十卷，《营平二州史事》六卷，《官田始末考》一卷，《京东考古录》一卷，《山东考古录》一卷，《顾氏谱系考》一卷，《谲觚》一-卷，《茀录》十五卷，《救文格论》《诗律蒙告》《下学指南》各一卷，《当务书》六卷，《菰中随笔》三卷，《文集》六卷，《诗集》五卷。其书或存或佚今不具注。但观其目，可以见其影响于后此学术界者如何矣。
要之，亭林在清学界之特别位置，一曰开学风，排斥理气性命之玄谈，专从客观方面研察事务条理。二曰开治学方法，如勤搜资料，综合研究，如参验耳目闻见以求实证，如力戒雷同剿说，如虚心改订不护前失之类皆是。三曰开学术门类，如参证经训史迹，如讲求音韵，如说述地理，如研精金石之类皆是。独有生平最注意的经世致用之学，后来因政治环境所压迫，竟没有传人。他的精神，一直到晚清才渐渐复活。至于他的感化力所以能历久常新者，不徒在其学术之渊粹，而尤在其人格之崇峻。我深盼研究亭林的人，勿将这一点轻轻看过。
附：亭林学友表亭林既老寿，且足迹半天下，虽不讲学，然一时贤士大夫，乐从之游。观其所与交接者，而当时学者社会之面影略可睹焉。今钩稽本集，参以他书，造此表。其人无关学术者不录，弟子及后辈附见。