亭林所标“行己有耻，博学于文”两语，一是做人的方法，一是做学问的方法。做人为什么专标“行己有耻”呢？因为宋明以来学者，动辄教人以明心见性、超凡入圣。及其末流，许多人滥唱高调，自欺欺人，而行检之间，反荡然无忌惮。晚明政治混浊，满人入关，从风而靡，皆由于此。亭林深痛之，所以说：
古之疑众者行伪而坚，今之疑众者行伪而脆。《文集》卷四《与人书》
亭林以为人格不立，便讲一切学问都成废话。怎样才能保持人格？他以为，最忌的是圆滑，最要的是方严。他说：
读屈子《离骚》之篇，原文云：“彼尧舜之耿介兮，固中道而得路；何桀纣之昌披兮，夫惟捷径以窘步”乃知尧舜所以行出乎人者，以其耿介也。同乎流俗，合乎污世，则不可以入尧舜之道矣。《日知录》卷十三《耿介》条老氏之学所以异乎孔子者，“和其光、同其尘”,此所谓似是而非也，《卜居》《渔父》二篇尽之矣。非不知其言之可从也，而义有所不当为也。扬子云而知此义也，《反离骚》其可不作矣。寻其大指，“生斯世也，为斯世也，善斯可矣”,此其所以为莽大夫与？同上《乡愿》条亭林欲树人格的藩篱，简单直捷提出一个“耻”字。他说：
礼义廉耻，是谓四维。四维不张，国乃灭亡。然而四者之中，耻为尤要。故夫子之论士曰：“行己有耻”;孟子曰：“人不可以无耻，无耻之耻，无耻矣。”又曰：“耻之于人大矣。为机变之巧者，无所用耻焉。”所以然者，人之不廉而至于悖礼犯义，其原皆生于无耻也。故士大夫之无耻，谓之国耻。同上《廉耻》条亭林以为无耻之习中于人心，非闹到全个社会灭亡不止。他尝借魏晋间风俗立论，极沉痛的说道：
有亡国，有亡天下。亡国与亡天下奚辨？曰：易姓改号，谓之亡国。“仁义充塞，而至于率兽食人，人将相食”,谓之亡天下。保国者，其君其臣，肉食者谋之。保天下者，匹夫之贱与有责焉耳矣。同上《正始》条他确信改良社会，是学者的天职，所以要人人打叠自己，说道：匹夫之心，天下人之心也。又说：松柏后凋于岁寒，鸡鸣不已于风雨。他自己称述生平说：
某虽学问浅陋，而胸中磊磊，绝无阉然媚世之习。《与人书》十一他教训他最亲爱的门生，没有多话，但说：
自今以往，当思“以中材而涉末流”之戒。《文集》卷四《与潘次耕书》
总而言之，亭林是教人竖起极坚强的意志抵抗恶社会。其下手方法，尤在用严正的规律来规律自己，最低限度，要个人不至与流俗同化；进一步，还要用个人心力改造社会。我们试读亭林着作，这种精神，几于无处不流露。他一生行谊，又实在能把这种理想人格实现。所以他的说话，虽没有什么精微玄妙，但那种独往独来的精神，能令几百年后后生小子如我辈者，尚且“顽夫廉，懦夫有立志”。
亭林教人做学问，专标“博学于文”一语。所谓“文”者，非辞章之谓。“文”之本训，指木之纹理，故凡事物之条理亦皆谓之文。古书“文”字皆作此解。亭林说：
自身而至于家国天下，制之为度数，发之为音容，莫非文也。品节斯，斯之谓礼。《日知录》卷七《博学于文》条亭林专标“博学于文”,其目的在反对宋明学者以谈心说性为学。他解释《论语》道：“夫子之文章，无非夫子之言性与天道”,故曰“吾无隐乎尔，吾无行而不与二三子者。”《日知录》卷七《夫子之言性与天道》条其意以为，所谓人生哲学（性），所谓宇宙原理（天道），都散寄于事物条理（文章）之中。我们做学问，最要紧是用客观工夫，讲求事物条理，愈详博愈好，这便是“博学于文”。若厌他琐碎，嫌他粗浅，而专用主观的冥想去求“性与天道”,那却失之远了。他说：“昔之清谈谈老庄，今之清谈谈孔孟。不考百王之典，不综当代之务，以明心见性之空言，代修己治人之实学。”同上正指此辈。
然则他自己博学于文的方法怎么样呢？他虽没有详细指授我们，我们可以从他的传记和着述中约略看出些来。
书籍自然是学问主要的资料。亭林之好读书，盖其天性。潘次耕《日知录序》说：“先生精力绝人，无他嗜好，自少至老，未尝一日废书。”据他自己说，11岁便读《资治通鉴》。《文集》卷二《抄书自序》他纂辑《天下郡国利病书》，从崇祯己卯起，凡阅书一千余部。《文集》卷六《肇域志序》崇祯己卯，他年才26耳，其少年之用力如此。潘次耕请刻《日知录》，他说：要“以临终绝笔为定。”《文集》卷四《与次耕书》其老年之用力如此。他说：“生平所见之友，以穷以老而遂至于衰颓者什居七八。赤豹……复书曰：老则息矣，能无倦哉！此言非也。”“君子之学，死而后已”。《文集》卷四《与人书六》大概亭林自少至老，真无一日不在读书中。他旅行的时候极多，所计划事情尤不少，却并不因此废学。这种剧而不乱，老而不衰的精神，实在是他学问大成的主要条件。
亭林读书，并非专读古书。他最注意当时的记录，又不徒向书籍中讨生活，而最重实地调查。潘次耕说：“先生足迹半天下，所至交其贤豪长者，考其山川风俗疾苦利病，如指诸掌。”《日知录序》全谢山说：“先生所至呼老兵逃卒，询其曲折，或与平日所闻不合，则即坊肆中发书而对勘之。”《亭林先生神道碑铭》可见亭林是最尊实验的人。试细读《日知录》中论制度论风俗各条，便可以看出他许多资料，非专从纸片上可得。就这一点论，后来的古典考证家，只算学得“半个亭林”罢了。
亭林所以能在清代学术界占最要位置，第一，在他做学问的方法，给后人许多模范；第二，在他所做学问的种类，替后人开出路来。
其做学问的方法，第一要看他搜集资料何等精勤。亭林是绝顶聪明人，谅来谁也要承认。但他做工夫却再笨没有了。他从小受祖父之教，说“着书不如抄书”。《文集》卷二《抄书自序》他毕生学问，都从抄书入手。换一方面看，也可说他“以抄书为着书”。如《天下郡国利病书》《肇域志》，全属抄撮未经泐定者，无论矣。（注四：《天下郡国利病书》自序云：历览二十一史，以及天下郡县志书，一代名公文集，及章卷文册之类。有得即录，共成四十余帙。《肇域志》自序云：先取《一统志》，后取各省府州县志，后取二十一史，参互书中，凡阅书一千余部。本行不尽，则注之旁行；旁行不尽，则别为一集，曰备录。）若《日知录》，实他生平最得意之作。我们试留心细读，则发表他自己见解者，其实不过十之二三，抄录别人的话最少居十之七八。故可以说他主要的工作，在抄而不在着。
有人问：“这样做学问法，不是很容易吗？谁又不会抄？”哈哈！不然，不然。有人问他《日知录》又成几卷，他答道：
尝谓今人纂辑之书，正如今人之铸钱。古人采铜于山，今人则买旧钱名之曰废铜以充铸而已。所铸之钱既已粗恶，而又将古人传世之宝舂剉碎散，不存于后，岂不两失之乎？承问《日知录》又成几卷，盖期之以废铜。而某自别来一载，早夜诵读，反复寻究，仅得十余条，然庶几采山之铜也。《文集》卷四《与人书十》
你说《日知录》这样的书容易做吗？他一年工夫才做得十几条。我们根据这种事实，可以知道，不独着书难，即抄也不容易了。须知凡用客观方法研究学问的人，最要紧是先彻底了解一事件之真相，然后下判断。能否得真相，全视所凭藉之资料如何。资料，从量的方面看，要求丰备；从质的方面看，要求确实。所以资料之搜罗和别择，实占全工作十分之七八。明白这个意思，便可以懂得亭林所谓采山之铜与铜之分别何如。他这段话对于治学方法之如何重要，也可以领会了。