扬州陷后，南京很快被清军攻陷，弘光帝被俘至北京斩首。清军派降清的明官洪承畴任江南总督，改南京为江宁府。
清军占据江南后，强行推行“剃发令”引起人民的反抗。苏州等地区人民自动组织“乌龙会”,昼夜监视，遇有剃发者即斩首。江阴知县方亨上任后强令剃法，乡民十万余人汇集县城，杀死方亨，守城抗清，坚持两多月，击毙清军数万。嘉定知县强迫剃发，也招致同样反抗，人民自动组织起来守城抗清，坚守孤城半个月。太湖上的渔民抗清队伍“白头军”,在湖上屡败清军，到康熙元年才被镇压下去。虽然最后失败，但牵制了清军的南下，使东南地区的抗清斗争发展起来。
嘉定三屠：公元1645年，清朝再度颁布剃发令，以“留发不留头”的残暴手段，强迫汉族人民剃发留辫，激起人民强烈不满。嘉定（今属上海）10余万人民因此进行武装反抗。清军血腥镇压，一个半月之内屠城三次，史称“嘉定三屠”
2东南地区顺治二年六月，清军攻下南京后，进军浙江，张煌言等迎鲁王朱以海就监国位，郑芝龙等拥唐王（朱聿键）在福州称帝，成为两个小朝廷，但两个政权互责真伪，不和。
鲁王政权有绍兴、宁波、温州、台州等地，内部很混乱，顺治三年六月，清军渡过钱塘江，进攻绍兴，鲁王浮海南逃到台湾。
唐王政权有福建，两广、云贵及安徽、江西部分地区，但拥立唐王的郑芝龙等不是抗清，只想搜刮财物，与大汉奸洪承畴订投降密约，使清军长驱直入福建，福州失守后，唐王逃走，被俘而死。郑芝龙剃发降清。其子郑成功继续抗清。
郑成功本名森，隆武帝赐名成功。郑成功对其父郑芝龙降清不满，自己在东南沿海抗清。先以南澳岛（闽粤临界处）为根据地，继而攻克厦门，改称“思明州”.同时利用有利条件，发展海外贸易，作为抗清的基础。郑成功曾多次北伐南京、南征闽粤。到顺治十六年，郑成功率军由崇明岛入江，直逼南京，因轻敌而未克，退守夏门。
清统治者征郑成功不果，便下令沿海居民内迁三十里，不许舟出海，郑成功为克服这一困难局面，决定向海上发展，选定台湾为征讨目标，开始了驱逐荷兰殖民者的斗争。
台湾在明后期为荷兰人占领，在台湾实行殖民统治，剥削残酷，阶级矛盾，民族矛盾都很尖锐，台湾人民不断反抗。郑成功在厦门时，不断与荷兰人发生矛盾，下令禁止港粤及外国人到台湾通商，禁绝两年。1657年荷兰驻台长官弗里德里克
揆一，与郑成功议和，年输银五千两，箭十万支，硫磺一千石，郑成功抗清需要财政，军火援助，故答应了荷兰人的通商要求。进攻南京失败以后，遂决意攻取台湾。
顺治十八年初，郑成功决定亲征台湾，令其子守厦门，亲率船队南征。当时荷军约二千人，船坚炮利，军事上占优势，顽固抵挡郑成功，郑成功先攻赤嵌城。接着围困台湾城，八个月后，即1662年一月二十日开始猛攻，二月一日攻克，迫使揆一在投降书上签字，结束了荷兰殖民者对台湾的统治。并设置府县，招待大陆移民，加速了台湾社会经济的发展。成为抗清基地。
3西南地区清军接连攻破南明，鲁王，唐王政权，占领东南地区后，开始向西南进军。顺治三年，湖广总督等在广东肇庆拥立桂王称帝，改元永历，坚持抗清。并与李自成余部联系，协同作战。
李自成牺牲后，余军一支由郝摇旗，一支由李过率领，在荆襄地区坚持抗清。顺治二年曾与唐王政府联合，接着又与桂王政府联合。1647年清军攻克肇庆，桂王西逃至桂林，郝徭旗与何滕蛟保桂林，守广西、大败清军，把清军阻在湖南南部，次年由于降清的明将在江西和广东又反
,引起一个新的抗清高潮，桂王又迁回肇庆与李成栋等联合起来，占湖广地区。
但桂王政府内部混乱，李成栋等组成楚党，原拥立桂王的大臣为吴党，互相攻击，第二年即1649年，清军进逼，李成栋败死，何滕蛟被捕牺牲，李过也病死。余部在郝徭旗，李来亨等率领下，由贵州进广东，继续斗争。桂王逃到南宁。
此时，张献忠的余部李安国等在川南、云贵一带发展起来，为了共同抗清，与桂王政府联合起来，桂王迁到贵州。接着李定国率军反攻，九个月中收复湘、桂大部分地区，歼清军十万。并准备与广东的郑成功汇合，合攻南京，没能实现，退回广西，又退至云南。另一大臣孙可望嫉妒李定国之功，率一支军队与李分裂，后孙可望率军降清，并向清军告密，李定国也被清军打败，退至西双版纳地区，桂王则逃入绚甸。
三年后即1662年
,桂王被吴三桂由绚甸俘至昆明，以弓弦绞杀于市（今昆明有“明永历帝殉国处”碑）。李定国也在同年病死。到1664年，李来亨，郝摇旗等也在抗清战斗中牺牲。
总之，从1644年清军入关，经过了近二十年的抗清斗争，各地区的抵抗才消沉下去，清朝才算站稳了脚跟。平定了各地的抗清力量之后，清朝便向边疆各地进军，北固边疆，历经康、雍、乾三朝，才算真正统一了全国。
南明四政权：
建立时间皇帝称帝地点建元1644年五月福王朱由崧南京弘光1645年六月鲁王朱以海先在台州后至绍兴1645年七月唐王朱聿键福州
隆武1646年十月桂王朱由榔肇庆永历桂王于1662年被吴三桂在缅甸俘获，将其带回昆明，以弓弦绞杀于市场。