公乃告示杀伤残掠者许自陈请贷，阴令夏断事鹗多方研审诸被害，得恶逆未尽者，悉捕之，众心益快。关厢居民乃报曰：“王师临城之始，妄杀民首数多，除报功外尚余二瓮，瘗民家，候城破冒功。今城未破，首亦未发，请验之。”又曰：“北虏入寇，我师失利，伤杀蔽野，永命积而焚之，骨约三数车，请验之。”暴露足伤，公乃肩舆出郭遍视，因泣下沾襟，各陆续以闻。然后多方赈济，详列功罪，阅四月而始毕。据实以闻，其略曰：“先任总制刘源清虚伪猎名，滥承总制，过因数卒戕害主将，辄谓阖城背负国恩，欲遂屠城之惨，顿忘相机之谟。事机屡失，人心激变，诬陷宗室实封，邀截扶同具奏，欺诳朝廷。坚城闭而一策莫施，大虏来而四境受害；寒冬建水攻之策，平原兴穴城之工；赃贿交通，行检大玷。先提督郤永以党逆遗奸窃提督重柄，张大军情，每坐欺天之罪；潜藏诡计，卒集围城之兵。人心激变，党恶乘机，纪律不明，纵兵杀掠，迹类长平，状同流动。射抚臣几殒城上，执途人多毙狱中。盗关厢粮草而易军饷之银，听厮役拨置乃窃馆人之蓄。久顿坚城，全无一策，吝投首之票，刖背炭之人。长蛇布阵，大损军威，匹马先逃，卒堕虏计。二臣皆贪功偾事，自行赃贿，縻费钱粮，动逾百万。舍置元恶，杀伤无辜，不下千余。城中宗室良善皆欲置之于死，此与贼同处，犹或可诿，关厢村堡居民却乃横肆杀戮，此与贼无干，亦复何说？重镇几危，边防尽坏，军民有从虏之机，兵将有崩溃之势。大事几去，至廑宸忧。及至事势难行，方才勉从抚定。律以春秋大义，罪所必诛；拟之国家典章，法难轻贷。相应从重究治，以为文武大臣误国殃民欺君不忠之戒。协守副总兵赵镇、游击戴廉、都指挥杨德、中军指挥赵春各肯率众协谋，自足解纷排难，乃坐视主将之急难。自夜半至次日辰时，李瑾方才遇害，各无一言处置，以为应援。盖缘先年不职镇抚诸臣皆从宽典，遂致今日效尤。以上四臣，皆用从重究治，以警将来。被杀总兵官李瑾虽用刑过酷，以致杀身之祸，然律己廉洁，而多为国家之劳，舆论实不可泯，恤典似不可废。大同之变始于乱军之杀将，成于总制之贪功，而宗室良善、四路官兵顾皆无罪被害者也。宗室良善已蒙朝廷赒恤，而四路官军皆沿边悍将强兵，朝廷之所倚用者，而时值严寒，地居绝塞，屡被乱兵之挫，复遭胡虏之残。将官惧偾事之罚，多匿报之数，乞行各处巡抚一体优恤。总制侍郎张瓒先督粮饷而转输有方，三军遂宿饱之愿。
继总戎兵，而运筹达变，数日散既老之师。重镇奠安，群疑消沮。樊继祖一承抚命，即奋忠贞。单骑入城之奏虽不遵行，而胆略可嘉。内应抚安之谋，既夙断于当时，绝恶扫除之助，又复见于今日。重镇奠安，而功不可泯者。御史苏佑发郤永、刘源清之愆，而风裁懋着；辨王道、曹林之枉，而人心允孚。决群谋于未定，安重镇于将危。主事楚书通变之材，不泥于执守，靖难之志适逢乎机会，赤手蹈虎豹之穴而众心悦服，倡言示利害之徒，而群疑渐破，潜消胁从之党，实开平定之基。郎中詹荣、都指挥纪振、镇抚王宁与戴廉，当兵戈扰攘之际，人心疑惧之时，倡大义而密定内应之策，用间谋而潜通外合之机，遂使执迷从恶之辈终为悔罪效用之人。卒之同恶授首，余党归心，解数月不解之师，救百万无罪之命。詹荣一儒生也，而建议独先，王宁一卑官也，而冒险尤甚，又出纪振、戴廉之上。诸臣内戴廉有不救李瑾之罪，宜另外议处。其余皆有功可录者也。似宜分别大小，量行升职，以旌其贤能。员外李文芝闻抚安议，相从入城，领决河之命，相机而止，应量加赏赉，以酬其驱驰之劳。指挥马升、千户杨麟受乱军之推戴而拒城防守，罪固难辞；胁诸臣之谋议而斩恶效劳，功亦可录。遵照钦依赏格相应升职。但二人原在本城，为众所胁。今虽悔过自新，若使仍在本城，不惟其心终有未安，而仇家报复之祸亦或不测，终非所以保全之道。似宜量移腹里地方相应职事，以全其功。先巡抚都御史潘仿到任未久，事变即临，暮夜仓皇，致失敕书符验。数月间关，屡擒恶党凶徒，朦胧讨赦，原非迫协，恳切止兵，深达机宜。固请楚书入城，密与詹荣定议，备历艰险之危机，卒成抚定之初志。先分巡佥事孙允中入城于将之余，已占慷慨；入城于激变之日，实怀抚定。因避党恶助逆之嫌，遂来避难弃母之议。以上二臣皆被参劾革职，似应议处，量加叙用也。”
东瀛诸公等复上疏题称，侍郎黄绾奉命，兼程到镇，广布恤下之仁，独持国法，复擒漏网之恶，再安人心，数年之积疑以除，一方之隐忧以解。曾给事中忭私具稿，乃冒同科公议疏曰，源清之罪当议，楚书、詹荣之功不当录。张瓒之功为冒昧，潘仿、允中之官不可复。事下兵部，久庵乃尽暴东圃赃私显着者及婚姻货贿等语，各有指实。荆山公乃复议曰：“郤永侵官银粮饷，求索偏裨财物，纪律不明，纵军杀掠，论其功过，似应重处。刘源清矫枉过正，举措乖违，屡失机宜，师久无功，诚为有罪。但彼时贼势方张，地方危急，惟知奋励讨贼，不顾国家大体。察其情罪，实有可原。况源清先任进贤有功，诚如该科所论。应否曲全国体，待以不死。楚书当大兵攻伐之久，值群凶穷蹙之机，仗义入城，推诚服叛。潘仿仓卒遭变，屡擒党恶，备历险艰，密图抚定。孙允中离母出城，实怀抚定，迹嫌党逆，遂被羁留。二臣原拟叙用，但仿先事不能忘变，贼起不即剿平，降志辱身，伏隶叛卒，与允中俱有失事地方之罪。黄绾奉命大同查勘功罪，穷推尽诘，纤悉不遗，固人臣守法之常，但言论太激，少权事体轻重，议拟之间容或有过。给事中曾忭等职司封驳，历阅原看奏章，反复所论，权轻重之宜，不偏不党，实天下士论之公等因，题。奉圣旨：“这大同地方各官功罪既勘明白，刘源清、郤永并赵镇等事干刑名，情罪深重，都着三法司从公依律会议具奏。张瓒先督军饷效劳，后能抚定地方，赏银四十两，彩段三表里。樊继祖、苏佑银十两，彩段一表里。楚书、詹荣、纪振、王宁各升职一级。李文芝升俸一级。戴廉准以功赎罪。马升、杨麟着调别卫。潘仿、孙允中且着各复原职致仕。叶宗、段堂、季彬、刘江、张镇、张忠、梁震各赏银二十两，彩段一表里。徐淮、王镇、夏杲、李凤鸣、胡德各罚俸半年。黄绾奉命抚镇，查勘周悉，勤劳可嘉，升俸一级，还赏级三十两，彩段二表里。其余依拟。曾忭不俟复奏辄先论扰，言词欺诳，沮坏国是，着锦衣卫都拿送镇抚司打着究问了来说。钦此。”曾忭连及同科二人诣狱，各以轻重被罚。诸臣先行赏罚讫，征东圃诣狱，乃声言屠城之说有所指授，法司诸公相视莫敢发。无何，荆山公以老去，诚斋公被劾去，曾给事中以诚斋故坐缄默不劾去，王修撰外补提学去，聂司徒引年致仕，宰臣亦谢病归，久庵公以母忧去，渔石唐公为司寇代聂公，时总制全陕未回。始终凡三年间，潘三峰物故，詹郎中以外艰去，楚主事尚宝少卿册封藩府。一时共事诸臣立朝者无几矣。渔石公上议，奉圣旨：“刘源清、郤永奉命讨乱，不能随宜区处，乃故执攻城，以致师老财费，伤残众多，损威负任，法当处死。你每既说为边防远虑，请从末减，且事权本出总制，刘源清着为民，不许朦胧起用。郤永降三级，着在宣府沿边杀贼，以赎前罪。戴廉、徐淮已有旨了，其余依拟。”未几，双岩公入副中台，拜少司马。詹郎中起复，擢光禄寺少卿，又以内限去。而朝廷大庆，皇嗣繁衍，九庙礼成，加上两宫尊号，旷荡之恩层见叠出，从戎者放回，削籍者冠服。四五年间如变易，踪迹靡常，而允中母子妻孥幸保丘陇。
仰荷圣恩，优以致仕，潦倒林泉，祝颂圣寿，歌咏太平。追忆往时，向非皇天悔过，社稷效灵，主上明圣，洞烛奸欺，御札一出，中外晓然知用兵屠城非朝廷本意。而一时社稷诸臣，如桂洲公谠言正论，独定国是；久庵公身任安危，屡折不挠；东瀛公达权济变，转危为安；双岩公委身致命，卒安反侧；梁总兵、楚高渠谋勇兼资，詹角山、纪都司、戴游击、王镇抚之忘身殉国。少迟旬日，不知胡虏复来何以支持，士卒溃散何以收拾。宗室良善之众，不免于鱼肉；居庸、紫荆以外或沦于左衽。各边召募之兵恐难卒集，都城守门之卒亦奚足恃？主上西顾之忧或未可以即纾，而一时谋国阿附诸臣其肉可复食乎？如未斋公之先见，徒付之空言而已。是役也，频年慧星三见，及期星殒如雨，既而果枉死军民，动以万计，糜费公私，不可胜纪，岂非国家之大不幸也。允中自始事以至卒业，险阻艰难备尝之矣。秉笔之余，追推往事，端绪丝杂于数岁，文牒散见于诸曹，其一时身亲经历诸臣，升沉寥落有如晨星，不知曾有纪载其详者否也。然上而国是攸系，远而纪载所关，大而圣朝戎务之详，细而一方安危之变，以至诸臣经略之纤悉，庙堂刑赏之大端，日引岁移，毁誉夺于势利，爱憎混于公私，是非真赝岂能一一昭明乎哉？姑记之，以备异日之定国是者取衷焉。