已而东圃复上疏曰：“城可灌也。”事下兵部，荆山曰：“可哉。”时冬十二月也。乃命李郎中文芝、楚主事书董其事，又募死士百道攻击。城中守益坚。部差千户李春、张着入城曰：“原报首恶降，余悉宥。”众曰：“绐我辈屡矣，弗敢信，请为质。”乃各诣军门降。永悟，且耻功出本兵，诡曰：“汝等第回，令官速出，吾沸汝欺。”官出，号于众曰：“吾奉兵部命，不汝欺，可令人取炭为信乎？”时踊跃争随者约三百人。永分捕刖之，千户乃怏怏去。众益恚，背城死战。凡三日，守益严，掠金帛，勾北虏数万大举入寇。先以数骑诱我师，永帅辽将士往复及发，邀击之，我师失利，死者相枕藉。虏乘势昼夜来攻，城中亦鼓噪应。虏觇我师丧气，乃留精骑相持，余分投浑、应、朔、怀等州县乡村抄掠，凡七日夜。损辎重器具男妇牛羊牲畜粟刍不可胜计。城中变卒利诱酋长数十入城中，指代王府曰：“兵退以此酬汝。”虏亦唯唯谢。
羽檄达京师，九门悉分卒守之，中外汹汹。廷议曰：“乃兵力弱也。”分遣科道诣九边募兵。东圃复上疏曰：“虏势外连，叛卒内应，弗能支。请再添总制御虏，而己专意攻城。”阁拟三人者请，帝降御札曰：“咈，不可用也。夫大同叛军先因杀李瑾，此谋杀主将之罪，法不可赦。原非举城所为，亦未敢逆朝廷。止是郤永不谋，信从刘源清贪功嗜杀之计，辄便有洗城讹传吓城中，致使逆军劫囚勾虏，抗拒朝廷。既说专剿逆徒，胁从不问，却又专攻城之计，又引水灌城，看来玉石亦不可得而分也。朕惟大同为京师北门要地，皆不可坏。人而无臂倚以卫头目乎？况此地此民皆祖宗所遗，今源请必欲城破人诛，果忠乎？否乎？前日将二人调置别用，将以专讨渠魁，岂有今日之患？今又不可轻听伊说。卿等亦不可不虑将来事。纵源清幸成功，不知此地何以兴复。可罪去二臣，掣还诸路人马，别遣文武大臣果能晓事者，使专意备虏，密令多方计擒逆贼之魁者，庶免老师伤财。源清既能了事，如何又添官？岂非官多事扰乎？”札出，而中外始知用兵非朝廷本意。东圃颇闻札意，又见兵马伤残甚多，虏虽得利去，声言复大举入，始诣城下索首恶。
詹郎中见虏势猖獗，将复来，我师城下暴露日久，蹂躏之余，东西两关已不守，南北倚草场关墙自全。粮道绝数日，食且尽，往往谋溃散，重镇危在旦夕。乃私谋都指挥纪振、游击将军戴廉曰：“事急矣，我辈无以报朝廷者。总制诚索首恶，谋将内应，不成，虽阖门齑粉无恨也。”对天出矢言，慷慨泣数行下。时指挥马升威震城中，詹郎中移讨，激以大义，升委心焉。乃相与嚼血盟，密令王镇抚宁诣双岩以情告。双岩因晓以祸福，深加奖赏，令人伴送。东圃佯许，无诚心。宁入，复敢言。詹郎中复出以情告。东圃阴令穴城，诈给票詹郎中，许动官银募壮士。詹郎中入，谋且成。穴城者将穿，众觉，以水灌之，穴者悉死。马升恚，恨詹郎中等卖己也，将不利，人人自危，盟乃败。东辅自惟师老财费，兵马伤残，贪功嗜杀之计为朝廷洞烛无遗，乃惶恐上疏曰：“臣两目昏花，双足肿痛，请避位。”疏入，帝大怒，罢斥之。廷议以东瀛张瓒代。闻命，即抗章曰：“大同之事起于杀将，始祸者悉获，其后来节报姓名难保天冤。”下令诸将曰：“毋攻城，吾将有请。”因遣骑星夜招予诣军门，使入城开谕，且慰曰：“东圃从佥事言，无以至今日矣。”密驰谕梁总兵震曰：“胁从罔治，渠魁必歼，事在相机早处。”因兼程趋镇。东辅退居阳和卫城。我师闻之，咸举手加额曰：“天王圣明，宗社效灵矣。”
次日，楚主事观兵城下，城中者悉登陴曰：“我辈非杀将者，怕死自全尔。请入。”楚已得其详，遂入。永恐弗利于己也，遮道以拒者十数辈。梁总兵震跪曰：“震请与俱。”乃先入。初廷议降者给票免死，票悉具，东圃禁不发。至是，乃悉索入，合城望阙呼万岁，声闻数里。詹郎中语及败盟故，楚主事进马升等，陈朝廷威德，晓以祸福及屠城非圣明意，各感悟。是夜二鼓，乃杀原报首恶黄镇等二十四级，献军门。郤永招兵居城外，百计阻挠。樊恐复变，疾入镇城以镇抚人心。永果令人谣曰：“樊都堂伏兵城中为内应。”众果疑，夜惊者数次。樊坚卧不起，乃安。
明日，予奉东瀛公命以入，拒城开谕，群疑渐解。先是，乘机无赖者多纵恣不发，老弱饥饿死者相枕藉，军士月粮多住支。双岩乃榜谕城中，明示朝廷用兵初意，开仓赈济，不法者辄挝杀，人益信。
又明日，东瀛公道出深井，东圃邀于路，将以惑众志，败成功。东瀛公揣知，间道疾走城下，先掣辽东、陕西兵，退各二舍。中外将领以次参谒，公从容闲雅，以安众志。令洞开诸城门，撤巷口拥塞。约日张鼓吹同苏御史由南门入，老稚焚香罗拜者塞道。乃置酒高会，赏赉有功，次第以闻。虏闻之，始远去。公乃还上谷，遥制之。帝悦。
然主征剿志屠杀者内不自安，讽言者劾曰：“樊继祖挫威城下，楚书不宜入城，东瀛因人成事。又曰樊赈贷市私恩，非奉命。其我师滥杀平民悉以为功，将士死亡多避匿不报，诸臣有功者多抑遏不纪，又从而媒孽其短。人心疑惧。会代王奏称请官抚安赈济，事下礼部。大宗伯桂洲夏言疏云：“大同功罪未明，赏罚未当，未免人心疑惧。请差忠谠大臣前去抚安赈济查勘功罪。”疏入，得许推一人往。诚斋以二人请，乃简少宗伯黄久庵，赐玺书便宜往。由上谷与东瀛公、苏御史遇，会檄征诸藩臬二暨郡首之贤者共按之。永使数人邀于路，曰：“大同反侧未定也，请必毋入，以罹祸。”久庵公佯许之，上疏以永持兵柄重，往勘不便，请罢遣之。公乃相继入城验治。永诬奏曰：“黄未出京参语先具，请改委更勘之。”盖黄公孤忠自许，不畏强御，故谋国者内不自安，交疾之。疏入，得旨：该部知道。故事当报罢。曾给事中忭承风旨参驳，迹似抑永，实促之行也。久庵到镇，首以御札及原奉敕旨陈香案，开读讫，
宗室文武诸臣父老叩首谢曰：“圣明天子明见万里外，臣等死不恨矣。”