自六月迄七月，恢复各地。南北军事，不遑宁居，官民俱苦之。八月复修民政，则议招抚大坪，许以不死。大坪顶张彦等要二事：一勿屯山上军，二勿杀山中民。日官议不可。再遣人往，不敢入。九月，招山下人复业。十月，禁山内、山外交易。于是十一月乙卯（二十四日），大坪顶民众负枪齐出，屯斗六市外，截收民间所应纳官租，设局近郊，传檄四方，历数不法罪状。其文猥长不足录。其略曰：『焚杀淫掠者，兵也；骚扰室家者，警也；掊克聚歛者，吏丁也。愿与纵恶者敌，我兄弟也，大好男儿，死犹生也』。守备队见其众势汹汹，不敢问。征收毕，众归山。官吏尽拘纳租者治罪，重输始释。
十二月壬戌朔，日军复为入穴捣巢计，鸠附近兵，募向导，取间道，近山民无应者。而黄选本匪徒，假大坪势勒索中埤庄、篮仔头庄助饷，中埤人衔之者即应募。避正路陷穽椓杙，引从复谷迢递中，披藤斩竹行。夜至大坪顶。大坪人已迁部庭尾。时沍寒解严，守寮者仅十四人，伏寮烧炬赌博。酣呼中，闻竹戛戛声，有疑者曰：『听之，竹有声』！或谩曰：『竹声，牛摩痒耳』。既而如爇爆竹声，犬狂吠，曰：『得毋无毛鬼来乎？今夜不出哨，奈何』！则应曰：『秃驴焉敢来？其与虎借胆也』！言未毕而枪鸣矣，则倭已割竹林入矣。十四人者即拿枪从寮后越山去，日兵入，见无人，即惊疑，乱搜至天明，不敢留，从原道归。大队从正道归，遇打榖者。打榖皆山民，出有枪，结队行，遇兵不可走，则截而奋击。而部庭尾民众得十四人报，驱而出，亦追击，前后夹攻。山民捷跳如猿猱，日兵皆革靴，不习山，走辄踣，东犄西角悉坑之，有生擒者。一队奔樟湖，亡六十余人；奔竹广坑，亡三十；奔菅蓁笼，亡七十余。从原道者归斗六，狼狈无人色，奔散者村人导之归。
既大败，事不可已，电台中及台北索援。于是罄中路守备军并南路五千人。越七日乙卯，会师斗六，分四路上山。前败者知山径，为前导，新军蚁傅进，工兵队负锹锄，各皷勇而登。大坪民众觇军势浩大，知不敌，先已徙入内山，并部庭山亦不居，而置哨寮焉。日军至大坪，不遇匪徒，所遗茅屋炊灶不复焚毁，因而驻军其中。自山上山下至斗六，设三站以通电信接济。然不敢逾大坪而深入，惟于山四旁设营砦，时出搜山，见庐舍则烧，见人则杀。或日杀数十人。或捕而坑于夜间。于是山下人咸悔其向导。而深山之匪徒反从间道以出劫，或掳导倭村人以勒赎。获日兵，或凿其一目放还，其猖獗如此。
方日军之驻大坪也，戒备颇严，军容亦盛，初无瑕隙可窥；既而各地土匪鸱张，各守备队回防原地，惟斗六守备兵驻大坪，而南投守备兵驻斗六。柯铁等觇其弱，则集众约期，分途出劫砦。遂于十二月庚辰夜（十九夜），先杀其守路兵，即趋日营，大声呐喊，众枪齐发。日军梦中惊起，不知所措，或中弹殪，或欲发枪而众已突入，遂奔下山，或死于路。日既晏，齐集山下，而斗六之援军至。柯铁等收其辎重，再入山。是役也，日军损失无多，易于振迅，伤者还斗六。柯铁众既去，山下人来报守备军，合援军即复进屯山上。
越明年丁酉（光绪二十三年）春，日军益复经营山中，为持久计。操畚负梮，树栅筑路，山上夷险增隘，储糗粮，益戍兵，或架板屋而居。守备队、宪兵部、警察署分三处为犄角，如备大敌。
当丙申、丁酉之交，萑苻伏莽斩木揭竿而起者，处处皆是。日军到辄散，去辄聚，剿杀则不惧，招诱则不信，治之无术，日本政府遂有退还台湾之意。清廷方拮据筹偿辽东，无力更赎台湾。台湾富绅林维源，清时频助军需，赐部郎，后兼授帮办大臣，避地居厦门。清举人施菼字悦秋，有文誉，声气广，前此以清丈田亩拂彰化县令意，适施九段聚众抗官，坐株连，为刘巡抚奏革廪生通缉，乃改今名，纳国子监，登癸已贤书。时避地在晋江，遂往说林维源，则许捐资四百万，按诸全台富室，又可得数百万，清廷费帑不过于余万，由英总领事居间，总理各国衙门闻于朝。清廷询于两广总督李鸿章，鸿章谓得之不能守，形势紧要不比辽东，议不可，罢。于是日本仍一意治台湾。颇重视台湾人街长庄长，以招徕土匪，稍稍收效矣。而大坪民则以日本屡杀降，不受羁縻，抗如故。
先是，柯铁劫日营有获，众置酒贺。张考弗之善，谓：『少年轻率启敌，使敌知所备以善后，而我无后图，非计也。且亟战则疲，利锋易衄，区区山地，内无羽翼，外无响应，岂能支强大敌？朝夕纾死而已，而可以战为戏，以一胜为喜乎？辟草莱，营商工，通山泽之货，彼来我去，彼去我来，相机待时可也』。乃戒柯铁毋妄动，戒黄选毋下山作贼，于是分住于数山，山又分数处，多结虚寮，不常厥居。
久之，日军渐懈，守备兵亦渐分，山中惟早暮一巡逻，然见山人辄杀。大坪民蓄实力又一年，视日营终如鲠在喉，乃吹号集众会议。众曰：『可矣』！于是为大规模之战。丁酉十一月甲午夜（初九夜），山民齐裹火药、火具，先射火鼠，次喷火筒、掷火球，烈焰撼山，照烛山谷，日营无不受火。日军夜中不能作战，宪兵、守备、警察纷纷奔下山。山头万火齐明，山半暗处多设伏，日军或死于火，或遇伏中枪，或颠谷死。回视山上棚栅，悉在火中。天明，日兵至斗六，丧亡过半。柯铁等仍据大坪，就日营而驻，且游奕下山矣。
十一月庚子望，民众扎至林杞埔，纵横三十余里。斗六日军亦鸠远兵八百余，合原驻兵共千有四百，轰巨炮为威，迥环出队游奕，众如数千。民众终不退，日军计不战，斗六不得居，十一月癸卯（十八日）乃大掠民夫，舁炮火军粮，分途而出。前锋相交，颇有杀伤。民众歛聚山下。于是日军进，遂大战，杀伤相当，辇重民夫匍匐避弹行，民众战自东，日军战自西，民众归山，日军亦归斗六。民夫逃者，遇大坪众，辄指路免之。战既毕，路复通。而四方土匪，则竞借大坪山名到处剽掠，日军不过问，台南路复梗。
柯铁等既复大坪，则颇为久长计。戊戌（光绪二十四年）春，约附近村计亩纳税，牛会头，行旅以担纳钱，相戒不劫夺，行人被掠者还之。旁近响应。山头飘扬黄龙旗，旗署清光绪二十四年月日云云。是年割台，已历四载矣。
清庭时事日非：德意志兵据胶州湾；日本依约退旅顺，而俄罗斯据旅顺；退威海，而英吉利据威海；藉词均势，复强租九龙地；法兰西强租广州湾；意大利亦觊觎三门湾。清几不国矣。台湾黠者、识事务者多已归心日本，鄙故国，惟愚民感念旧恩宽大不置，健者且轶于轨外，或激而为匪，大坪以外皆是也。
戊戌夏，大坪之势愈张，时到各地借粮，自山至海慑其声，富室苦之。日兵与战不能胜，惩往年之败，战亦不敢近山。六月乙酉（初三日），有报土匪驻头辨坑者，坑之庄距大墩十里，县内宪兵、守备兵驰往御之。至则被围庄中。庄有竹林为固，土匪纵火焚之，奔而出，被枪刃，伤数十人，亡十三人。土匪即吹啸鸣鸣去。台中县知事皇遽躬至各处，联乡清庄以备患，自是而合庄为区之制行。
六月壬寅（二十日），全台洪水为灾。南北路山潦大发，中路山崩川溢。浊水溪淹没田园民居百里，大肚溪没七、八十里。淫而滂沛，民多溺死、饥死，无家者流而为匪，土匪益多。
当是时，日军益严搜军器。山内乏枪械，无从购，则由海边人购之大陆。九月，泉州船捆载大宗至麦寮西港，约大坪人往运，道由埔心。埔心庄距大坪五十余里，距西螺八里。张姓、吕姓领二百余人，先期约埔心庄长备午飧。庄长则往报西螺街（在斗六西北）宪兵，宪兵星夜请援。日午而大坪民三百人至，蓐食将行，庄长劝攻西螺堡，曰：『人众如此，而不一逞，何为乎』？众曰：『药弹不多，奈何』？曰：『徐之，愿有以助』。既而西螺宪兵出，庄长亦报大坪人。张姓者谓吕姓曰：『君嗜烟体羸，可携队去，敌来我自当之』。吕姓者引六十余人行，未一里，遇宪兵，宪兵祗十余人，伏诸岸而击，吕姓队应之。不多时而宪兵队长中枪，吕姓者亦中枪，而张姓之队至，见敌寡，欲擒之，宪兵窜入附近村，村人分匿之。日暮而斗六援兵至，七十余，刺桐巷援兵至，六十余。大坪众已去，寻宪兵队长，则爬入茅中死焉。于是欲拿埔心庄长。
时土匪蜂午，结队行，辄自号大坪人。大坪之名震中路。宽衣博袖，游扬于市，或短衣小笠，急则歛衿露刃，而枪翘然举矣。兵警肆威于众，顾而咳曰：『土匪至』！则狂走。然自是竟已亥（光绪二十五年）无大战事。土匪入市，街兵至，亦去。小冲突，不可悉纪。
已亥春，总督上京，议院劾其陨国防军于土匪，辱国损威。已亥夏，总督返台，集地方长官议，亦悟刚猛不可施，杂施阴柔术，以收成功。
先是凤山和林小猫，以敌体行，划界不侵，地方安之。小猫不轻出，无隙可乘。久之，小猫以为无虞，爰为母称寿，大张宴，日官吏亦往贺，得觇虚实。越日夜半，日军分两路，萆山入，而覆其家，分途剿杀党徒，骈及贺客。