五月丙辰（二十二日），台中县复遣兵出。而北投民愤于乙卯日之戮，无不寒心，先已通约各村严备。而兵过者杀一幼童，于是凭乌溪一带村庄，齐起追之。日兵奔散死，或复逃返大墩。大墩者，台中县治也。而草鞋墩商户李乌毛先被兵屠，妻朱氏大恸，及是则散财募众攻大墩，得倭馘者奖二百金。是日三馘，立予四百二十金。丁己（二十三日）黎明，众至大墩，攻台中县治。朱氏亲至大墩，给粮食水饮。台中兵不多，而四方俶扰，恨甚，民众一呼，即入城中，守备、警察、宪兵各队悉退守试院。试院者，前清督学试士所，规模广阔，今中将居也。日兵悉登墙发枪，民众自外围不得入，日薄暮，方谋掷火而雨大至，民众乌合，无雨具，遂有散归者。日军见民众渐稀，则出院逐之，遂烧杀近城村落。村落实不敢与众食宿，众散而亦及于难。
方北投人之攻县治也，道过林朝栋本居地阿〈冖八卓，上中下〉雾（在县治与草鞋墩之间），赀郎林文钦、林朝选欲尼之，见势壮不可遏，而林族一方及他姓苦倭暴，亦勃勃欲起。朝栋临去，戒弟朝选毋生事，故林族始终不助清兵饷。及日兵屯阿〈冖八卓，上中下〉雾，则首扰林家，妇女亦不许避。朝选迫于众，知难阻，则搜出所藏军器予众，劝俟明日。而是晚攻大墩者散归，乃匿军器，欲遮留过者以自免，众意不同而止。而南投日兵脱出。
先是南投军得集集窜军来合，即出冲至街，而大尉山田万次郎被枪死，宪兵守备兵死无数，复退入。越二日，北斗援军至，内外战，始拔出之。于是尽烧南投街市周庐，遯回大墩。大墩方受围，见军至，则再遣四出烧庄示威，而戊午（五月二十四日）北斗街失矣。
初，陈发既攻得云林县，入斗六街，秋毫无犯，会于众曰：『我等苦倭者，杀掠耳，而效之，是一倭去、一倭来也，其戒之』！攻刺桐巷，敌望风遯，于是进北斗。北斗当南路之冲，守备队、宪兵队防御密。守备队长宫永计太约军有法。而天未明，陈发率队至，日兵犹未炊。初至百余人，直冲守备军。守备军已筑墙，或登垒，或出凭濠，发枪如雨。陈发居先，众随之，俯伏膝行，且逼垒，挥刀鸣枪，肉薄战。守濠兵敌不住，则退入墙。陈发等既夺濠，则伏濠底击墙头，无不殪，陈发兄弟后队至，见南门攻不入，则率后至者转从东门人，掷火而进。日军前后受敌。战久饥疲，亦放火，开民家篱笆夺路。日军割竹篱笆欲走，民军亦割竹篱入，相逢复大击。敌列枪击而退，陈发等列枪击而进，于是击杀大尉宫永计太，追至北斗沟，复击杀宪兵中尉田岛宪藏，余兵亦多死，于是残部大奔。
陈发追宪兵，见小野氏曾为所拿，则欲生擒之，独身跳而进，急断桥，遂中枪。日既晏，诸壮士入北斗街，先扑灭火，然后呼民户，劝安业，取水饮而已。众既集，四百人，不见陈发。有扶其尸来者，众大恸曰：『事去矣！我等尚何为乎』？其兄弟则哭曰：『若俟破彰化，至台北，死无恨也，今已矣』！于是成队护丧归。自大坪起事，惟陈发出七日，连攻三要地，如破竹。盖不独勇敢，亦善审势，得众心。既死，全军解体归大坪，继之者乌合，无骁桀矣。
宫永计太，好将也，读书知大义，不扰民，从容敢战，北斗人称之。既亡，余众走彰化城，台中大震。发电台北，再索援，于是罄新竹、苗栗兵来。
当是时，台中四境土匪如蝟，嘉义亦震动，简婴等攻入大埔林，道路尽梗，彰化以南电线绝，消息不通。沿海旁山，强徒横轶缭远。日本自乙未七月大埔林之败，弃地二百余里。至是复然。
是时各地守备兵、宪兵、警察、办事官尽遯彰化城中及台中。惟鹿港以近城未遯。而戊午闻北斗破，人人色如土。鹿港街南故有小土城，为前清游击兵营，时日本官吏、兵丁、各色商人、娼妓，尽迁入之，不敢处街市，官署屯所一空，辇载如飞，妇孺啜泣行。土城有颓，运土培之，外编篱，置〈龙上木下〉〈从上木下〉，激水满濠，内积粮储石油，一昼夜数惊，兵有悸而自戕者。鹿港街长为雇民勇千人以安之，越夕复疑，不敢任，散之，每早出哨三里而返。纷纭三昼夜，不见警，始稍定。而壬戌（二十八日）扬旗击鼓之众至。
先是陈发行劫，踪迹遍全台，南北党羽多，既胜敌，壮甚，按程直捣台北。既死，部众心灰散去。而北斗人陈戆翻别聚一党继之。然贪怯无能，无战斗志，惟事科歛街中财。约社头人萧石星等攻彰化。众次员林街，疑所往。而鹿港巨姓许肇波先为宪兵惨杀
，族人不平，一流荡犹子与地痞施摇导之攻鹿港。戆翻、石星既不敢向彰化，复不入鹿港，止于三里外同安寮。其众分三路至港，不见队长，则皇遽散处各寺庙，独港人施鸾操长刀，越土城濠，斫竹篱，中枪死，遂无继者。土城中则掷出火筒，射火箭，环烧近街三面市街，居人空屋走，日人遂出放火，风烈火炽，焚毁五百余家。而来众方午饭于龙山寺，或徙倚街中不伤人，人多出观。日军窥其弱，分两路出击，寺中众混乱，或战或走。在街中者，日军攻其前，或上屋攻其后，亦走。同安寮队已先走。日军慑虚声不敢追，杀街人二百余，真土匪被枪死者十余，城隍庙听稗说者聚歼焉。
五月癸亥（二十九日），援兵八百，驮马载炮，自苗栗至彰城，进攻员林。闻鹿港被攻，分军来，则遍地疮痍，火犹未息，巷多哭声。日军齐出，比户搜查，杀许姓数人，严勒施姓拿施摇。施摇死有余辜，既擒献，咸望立决，竟放免，则其姊淫于宪兵部故也。同时南投宣淫于吴家妾素兰也，亦然，后且举素兰为街长，挟之游东京，益无忌惮矣。搜查时，记土匪执戈，家有旧戈者杀之，土匪击鼓，土匪戴笠，见有鼓、有笠者或杀或囚，于是民间争毁疑似者，而五月甲子晦有埔里社之乱。
埔里社在深山拗，平野数十里，田土坟膏，西至海二百里强，东入山至花莲港二百里弱，南距斗六、北距大墩各六十里余。清己丑（光绪十五年）置云林县治，后徙斗六，置县丞，日本置支厅。有宪兵部、守备队、警察署。时各地民众竞起，而清水溪庄（在集集东）石闹为之首，先攻集集街，集集破，兵半走南投，半走埔里社。埔里社城四面山，亦四面敌，賫文书出即被杀，内外声息不通。民众至头社（水社附近，均在日月潭西），谋攻埔里社。相去三十里，日兵闻之，欲先剿之，亟派军夫。头社人入市知之，归报。北旦人黄铜（或云黄大里）较勇敢，则率二十七人出伏水社。水社以珠潭名，距埔二十里，有山壠陉巘林箐，二十七人伏其中。守备兵、宪兵三百人过，二十七人俟其近，从林中击之。日兵出不意，见弹而不见人，相惊乱，死二十余人，大骇退。二十七人转从林后截之。日兵如在罟，复死三、四十人。中尉弓削氏中枪死，宪兵亦多死。喊声殷山谷，敌不测众寡，四散走归城，则大震。怵于集集之败，纷扰不知所为，自支厅会议，守备、宪兵、警察、商工六百余人乘夜遯。及天明，民众踵至，入埔里社，不见倭，分掳清时文武官衙，求倭所往则在北港溪（在埔里社西北）。溪实坑也，台湾谓谷为坑，有清时旧营堡林营泰率隘勇五百在焉。北距埔四十里，日军欲奔大墩，至此不敢行，民众侦知，遂出攻之。而荣泰父名超拔，小名乌狗，本林朝栋部下，饬其子效顺，首迎日军，故尚得管隘勇；至是谨助日军守。
埔社人李林基，愤暴政，督众攻尤力，隘勇与日兵同心堵御。有施慕者，家饶裕，号于众曰：『居先破营者千金，斩馘者五百金』！施慕家佣者田荣奋而往，从者八十人，至夜薄日营，惟三十人不敢入，田荣独跳身下坑，入敌堡，遇守门者，即取其头。守门者揽其足。倭头滑，田荣以两手把其耳，盘转于地，各以短兵刺。田荣刺倭颈，倭亦刺其腰。乘拔刀时，两人松手，各走开。田荣返，负二伤，视所挟枪，则误易倭枪也。围七日，倭益戒心，众无由入，倭亦不得出。
是时民众虽败于鹿港，然皆咎戆翻坐误，气不衰，仍据南路各地，自山迄沿海，乘夜舂人药，搜军实，多蠕蠕欲动。宜兰鼎底盂之众，亦溢出攻屯军，日军惴惴自守，不能遏。凤山之徒，时时跳梁，林小猫既约和，阳不与知，亦无力检摄他部。已乱未乱地方，咸摩厉以须，全台有虹溃之忧。于是总督府亟檄新竹、苗栗军，齐援台中。至彰化，见无警。越六月乙丑朔，进员林，炮队当先，骑兵继进，步兵夹伏，枪炮大震。匪徒散，遂进克北斗。越二日，次刺桐巷，越日克斗六。斗六屯众本无据地意，祗为日军全退，恐奸疻乘机肆掠，故留维持地方。既觇日军来，则不愿浪战贻殃，于是整队归大坪。
日军之南下也，惟员林、北斗小有战事，及至起事之斗六，反无阻。斗六人监于庵古坑之祸，兵未至多已逃匿。日本官吏兵士惩前车之覆，入街后，捕拿株连焚毁亦轻。于是约嘉义会师大埔林，师共有二千人，不敷分布，犹未能整队入山。
埔里社之众围北港坑，既七月，亦已懈，又无冲锋陷阵能率多人入险破敌如陈发者以为之倡，惟欲困敌以俟绝粮，迨其粮绝，而供应围众之人亦已倦，于是相继散归。民众既散，日军伏犹未知。有山头熟番见山寮空无人，以告隘勇，转报日人，日人喜得更生。以隘勇为前导，入埔里街，派街民供饭浆粮米，盖已饥欲死矣。历叙七日间苦况，则群卧泥涂中，上无蔽，下无藉，警无以眠，食无以炊，水无以饮，见走兽、闻啼鸟则疑敌至，见山头树色疑人影；形容黧稿，遍体瘴泾，相对如鬼。既出险，而山外援军至，则围杀施慕家并李林基家。李林基走，妻徐氏挟枪斗焉。兵入，殪二人，击伤数人。兵火其庐，徐氏出幼子，自缢死。日军复远近搜捕，焚毁村社。黄铜走北窟。北窟峰高插天，下凭深潭，日军不能攻。埔里社本番域，康熙迄乾隆禁汉人入垦。嘉庆时犹为空山，道光后弛禁，旷壤日辟，孳养蕃息，垂六十年而庶。至是凋残矣！