癸丑、十二年（明永历二十七年）冬、十月，明招讨大将军世子郑经率舟师次澎湖。
初，平南王尚可喜疏请归老辽东，而留其子安达分之信袭镇广州；许之，并令其举家归旗。于是平西、靖南二王相继疏请如平南例，俱报可；遣内大臣促行。靖南王耿精忠蓄逆谋，密令黄镛入东宁，请济师为声援；郑经许之，率师次澎湖以待。是月，平西王吴三桂反于云南，尽有川、湖、云、贵之地；耿精忠停其归旗，复使人辞经回师。
甲寅、十三年（明永历二十八年）〔春、正月〕，靖南王耿精忠据福州反，自称总统兵马上将军；驰檄七闽，皆下之。
是时，以吴三桂反，令直省督抚增修武备，精忠益不自安；乃于十五日传各官议事，总督范承谟、巡抚刘秉政至，伏甲执之。移檄各府县，皆望风而降。其檄文略云‘共奉大明之文物，悉还中夏之乾坤。高皇大业，必留隆准之遗；明室中兴，断有春陵之瑞！誓当推诚翼戴，戳力匡襄。申李、郭再造之功，振晋、郑相依之业；会周师而反商政，除新法以复汉仪！非惟日月重光，直令山河改色’云。
上将军耿精忠遣黄镛入东宁，请济师。
精忠既反，复令黄镛往东宁，请郑经以舟师由海道取江南，且以战船（原文为地）相许；曰：‘世藩将水、吾将陆，江、浙可定也’。镛回言海上舟不满百、兵不满万，精忠始轻之。
明招讨大将军世子郑经遣礼官柯平入福州报聘。
初，精忠将反，虑下游郡邑不服，故令黄镛入东宁会师。乃不一月而全闽降附，浙之温处、江右之广信、粤之潮州亦相继纳款，声势大振；及见柯平来报聘，意甚轻之，谩应曰：‘世藩来甚善，各分地自战可也’。由是，兵端遂起。
明侍卫冯锡范、右武卫刘国轩督兵入思明州；海澄总兵赵得胜叛，以城降；复攻同安，守将亦降。
郑、耿会师有成议矣，经乃令锡范等率兵先至厦门。时海澄总兵赵得胜先降于耿，封为威远将军，征其兵入关；得胜不从，乃以城约降世藩，与锡范深相结。及柯平出福州，知精忠有变意；遂将兵攻同安。时张学尧守同安；精忠征提督王进功入省，调学尧守泉州，以化尚兰代之。锡范兵至同安，尚兰迎降。学尧闻变趋回，家眷已被获入海矣；不得已，亦降。
〔夏〕、五月，郑经至思明州，传檄四方。
经将济兵，以参军陈永华为总制，留守东宁；自率兵官陈绳武、吏官洪磊等奉永历二十八年正朔渡海西来，传檄直省；略曰：‘洪惟二祖列宗，丰功伟业，泽润生民；践土食毛，世承君德。即有亡国之祸，非有失道之君；而煤山龙驭，死守社稷，尤忠臣义士所椎心而感泣者也。今平西倡义于滇南、靖南反正于闽中，秦、黔、楚、蜀莫不骚动；人怀逐鹿之心，家思执箠之逐。余组练数万、楼船数千，陆战而兕虎辟易，水阵则蛟龙震惊；愿与同志之士，共效故主之恩，上雪国家之耻，下救生民之祸。凡诸官员，不论汉、满，有能以城邑、兵马反正来归者，各照职加升委用；其有前系故将中道离去者，悉赦不究，一本收录。师之所过，秋毫无犯，非得罪社稷及抗我戎行者，一无所问。嘉与士民，共建匡复之业，永快升平之乐’！既至厦门，叙海澄功：以赵得胜为左提督，封兴明侯；叙同安功：以张学尧为左先锋荡虏将军、化尚兰为仁武镇。邓麟彩仍知县事，以郑省英知思明州。寻遣人至精忠处，议拨船及地方安插兵众；精忠不答。于是，郑、耿交恶。
六月，郑经入泉州。
初，提督王进功降于耿，封为平北将军；征至福州，留之。使都尉王进率兵镇泉州；进至，与城守赖玉深相结，勒进功家眷入省，精忠复遣兵接应；进功之子藩锡（原文为镇）惧，议先发以制之，乃诱执赖玉杀之，率兵逐王进，遣人迎郑经入泉州。经慰劳之，以为指挥使，命暂理提督军务；道、府、厅、县，各仍其旧。海澄公黄芳度以漳州降郑经，经封为德化公。
初，精忠反，海澄公黄梧降精忠，封为平和公（原文和平王）；寻病疽死，子芳度袭封。精忠征其兵，使刘豹守漳州。及郑经入泉州，芳度惧不免；经使人慰谕之，乃袭杀刘豹，具启请降；略曰：‘某荷恩早世，依袭今兹；宜负弩以前驱，敢乘尘而后至。缘罪在诛殛，非丧面所得自宽；即量加优容，然扪心安能无愧！既为天壤间所不容之罪，窃比鱼鸟之飞潜；自计百十口凡有生之年，总望雷霆之生育！拜遣员弁奉奏微悃，伏祈宏开覆载，广布包荒！退补过而进尽忠，岂仅埒于事大之小；生捐躯而死结草，期少图乎赎罪之功’！启进，经封芳度为德化公、授前提督，漳属钱粮听其征给。芳度终不自安，密遣人入京请援。
秋、七月，潮州总兵刘进忠以城降郑经。
进忠据潮州，先降于精忠，封为宁粤将军。至是，为安达公尚之信所围；精忠以泉、漳之变不能援，进忠乃以城降经。经遣援剿后镇金汉臣率舟师援之，以进忠为右提督、封定虏伯。
九月，上将军耿精忠遣都尉王进率兵攻泉州，郑经命右武卫刘国轩提督诸军御之。
王进自泉州奔回，精忠命镇兴化，发兵从上游入漳浦，会刘炎协攻泉州；进鼓行至惠安，肆行焚掠。郑经乃命国轩提军御之。
冬、十月，明右武卫刘国轩破王进于涂岭（原文为岩），追至兴化而还。
王进，素号老虎，尝轻敌南兵；泉州之役，以众寡不敌为辞。至是，请攻泉州自效；精忠益以步骑二万，直抵惠安，兵势甚盛。刘国轩严阵待之，对垒逾旬，进不能前；退屯枫亭，列营二十余里。国轩率轻骑觇之，猝遇于涂岭；王进引兵出战，自辰至巳，两军奋勇死斗。进败走；国轩追之兴化郭外，宿三日而还。
十一月，周主吴三桂遣礼曹员外周文骥聘于郑经。
三桂既反，国号周；遣使齎帛书入东宁会师，郑经令推官陈克峻〔岐？〕与副将陈文焕报之。三桂复遣礼曹钱点通问；值耿、郑构兵，点回报三桂；三桂乃遣文骥解和，大意以“同室操戈、贻笑敌国”为言。
郑经遣兴明伯赵得胜、侍卫冯锡范督诸军攻漳浦。
漳府既约降郑经，诸邑皆下；独刘炎据守漳浦附耿精忠。精忠遣兵援之，至平和，黄芳度守将击却之；精忠复遣亲军都尉徐鸿弼从间道入漳浦。郑经令赵得胜等由海澄攻之，鸿弼、刘炎会云霄镇刘成龙迎战于罗山岭。经将左虎卫何佑挥戈邀击，鸿弼等大败，退入城；得胜督兵环攻，以红夷冲天炮击之。刘炎惧，与鸿弼、成龙出降。
郑经设六官。
以洪磊为吏官、杨英户官、郑斌礼官、柯平刑官、杨贤工官，各名曰协理；不设兵官，以陈绳武为赞画兵部；仍置六科都事、都吏及察言、承宣二司、中书舍人本科等官。初，成功虽承制设六官，文书仅称卑职；至郑经中年，文武具启，始称臣。军国事宜，皆决于赞画陈绳武、侍卫冯锡范。
郑经以郑省英为宣慰使。
初，郑经率师西来，兵饷皆取给东宁。及得泉、漳，兵将日多，转运不给；乃议征饷：百姓年十六以上、六十以下每人日纳银五分，名曰毛丁；船计丈尺纳饷，名曰梁头。以省英为宣慰使，总理各部钱粮；各县令以六科都事为之。又设盐运使，分管盐场：以陈廷章为泉州盐政、冯锡珪（原文为范）为漳州盐政、李景为潮州盐政；盐价每石二钱，征饷四钱。又设饷司，科杂税，以给兵食。
郑经以郑得潇为中书科。
得潇，明书生；博洽群书，方正澹雅，与陈永华交厚。经至思明州时，永华以书聘得潇与其侄兵部陈绳武同计事，以老辞。既而经征为从事，又辞；乃以为中书科，供笔札、掌笺奏，一时称为文辞巨手。
乙卯、十四年（明永历二十九年）春、正月，上将军耿精忠遣少卿张文韬贺郑经元旦。
时精忠以船五只送郑经，以践前约；经许之，命郑斌报聘，以枫亭为界，各不侵犯。自是，郑、耿交好。
二月，续顺公沈瑞及明左虎卫何佑战于饶平，大败，降之。
沈瑞封续顺公，驻饶平；刘进忠攻之不克，广兵援之。何佑遇之于百子桥，破之；沈瑞降，郑经封为怀安侯。
三月，郑经流经略洪承畴眷属及前进士杨明琅于狼峤。
时祀洪承畴于学宫。经毁祠，破木主，改祀故相黄道周、忠毅蔡道宪；流承畴胞侄士昌、士伦及其家属于东宁极边狼峤。并责杨明琅“甲申之变过崇祯梓宫（原文为官）不下马、且斥为亡国之君”，亦流于狼峤。后皆死于窜所。
郑经礼送南安县刘佑北归。
先是，将修南安县志，乡绅以承畴、成功二家请；刘佑曰：‘洪不可太褒、郑亦不可太贬’！经闻其语而感之。精忠之变，佑逃匿光山谷（（光似衍文）。至是，经令人致聘，将欲官之；辞曰：‘吾向者所言，乃公道在人，所不容泯耳，岂为今日地也哉！吾官授本朝，城破不能死，已有余罪；何忍苟降以偷生’！经义之，遣兵护送北归，礼待甚厚。