癸卯、二年（明永历十七年）春、正月，明招讨大将军世子郑经自东都回思明州。
经既定内难，祭告先王；调诸将分守各汛，自率周全斌等及其叔世袭回思明州。是年，永历讣至；经犹奉正朔，称永历十七年。
郑经以审理所正蔡政兼理思明州事。
时经因迁界，外给不至；而军需迫切，民苦征役。以政有长才，命兼理思明州事务；政虚心抚字，斟酌用缓，均匀甲里，严革滥荫：凡所兴除，悉因利害，岛人皆德之。
夏、六月，郑经执其户官郑泰幽之；泰自杀。
泰守金门，赀以百万计。经自东都回，得泰与黄昭往来书，疑其有异志；泰不自安，称病不入谒。经欲袭之，或劝泰勒兵见经自白；泰曰：‘吾今救死而已！若称兵，适重吾罪也’。又劝其投清；泰曰：‘芝龙已误，岂容再误’！遂舣舟待命。陈永华谋以世子将归东都，命泰居守，铸居守印，差协理吴慎齎至金门授之；泰犹豫未敢入谢，弟鸣骏力赞其行，遂带兵船及饷银十万赴思明州进见。郑经慰劳毕，遂托更衣以入；永华即榜泰之罪，并出所与黄昭往来之书示之。泰欲向辨，洪旭曰：‘无庸也’；挽之别室幽之。周全斌率兵并其船；独蔡璋一船逸出金门。鸣骏仓卒与泰子缵绪率诸将及眷口下船，入泉州港投诚；船凡二百余号、精兵八千人、文武〔官〕数百员，周全斌追之不及。泰闻之，遂自缢；诏封鸣骏为遵义侯、缵绪为慕恩伯，同降文武官班赏、叙用有差。
秋、七月，郑经以思明州蔡政为协理刑官，使日本。
先是，传郑泰有银巨万寄日本。郑经使政往征以佐饷，倭首酋已将原银包封付政。适泰弟鸣骏亦使人持勘合至，倭首酋以其有据也，将欲与之；政告之曰：‘郑泰，我国故司农也，粮饷由其掌握；所寄乃我主国帑，于义取之固当’。倭人韪之；乃皆不发，而收贮以待后命。
郑经以黄而辉为思明州知州。
〔而〕辉，黄廷之子。自郑鸣骏投诚，镇营多叛：右武卫杨富、左武卫何义、忠靖伯陈辉、参军蔡雷鸣等皆先后来降。八月，前提督黄廷自铜山入见郑经，经慰劳之。
九月，荷兰红夷犯两岛。
红夷纠集甲板船十六只、夷兵数千，会靖南王及总督同攻金、厦两岛；约事定之日，筑城浯屿贸易；如广东香山澳例。总督李率泰遂议平岛。
冬、十月，靖南王耿继茂、总督李率泰督满、汉投诚官兵及红夷甲板破思明州。
继茂、率泰调投诚官兵船只同甲板出泉州，以陆路提督马得功统之；自引小船从同安出，海澄公黄梧、水师提督施琅出海澄。郑经部分死士，令周全斌迎战。十九日，遇得功于金门乌沙头，时甲板十四只、泉州战舰三百余号，全斌以十三船直冲其〈舟宗〉，往来攻击，剽疾如马，红夷炮无一中者。得功兵望见，披靡不敢前；得功殿后，为全斌所破，赴海死，举船兵众皆殁。已而，继茂、率泰、黄梧、施琅各济师，郑经以寡不敌众，遂弃思明州及金门，退守铜山。继茂等兵入岛，男女童稚虏掠一空，遗民数十万靡有孑遗；遂堕其城、焚其屋，弃其地而回。先是，有“嘉禾断人种”之谶；至是果验。
十二月，郑经至铜山。
金、厦既破，经收余众退屯铜山；而两岛之旧将、残兵、官员、绅士无船可渡者，或投诚、或逃遁，流离失所，死亡殆尽。
甲辰、三年（明永历十八年）春、正月，明五军都督周全斌来降。
郑经驻铜山，诸军乏粮，周全斌欲袭洪旭而并其船；旭亦防之。值海风大作，船各飘开，全斌遂率所部入漳投诚；诏封为承恩伯。而洪旭以杜辉守南澳；辉亦掠旭辎重归诚。
三月，郑经弃铜山，退守东都。
经见众叛粮乏，难以久驻；乃偕陈永华、冯锡范等率余众归东都。工官冯澄世别驾一船从行，为其徒所迫，投海死。
明前提督永安伯黄廷来降。
经既归东都，洪旭以二十船邀廷同行。廷所部兵众多不欲往，欲令其子而辉与婿吴朝宰率众投诚，而已挈眷与旭同行。适黄梧遣官招安，黄廷遂降；诏封为慕义伯。
郑经至东都。
经至东都，以谘议参军陈永华理国政。改东都为东宁，置天兴、万年二州。分诸将土地，课耕种、征租赋、税丁庸、兴学校、通鱼盐，安抚土民，贸易外国，俨然别一乾坤。
秋、七月，明协理刑官蔡政自泉州归东宁。
政出使日本归，将至厦，值郑经兵败，欲遁东宁；政为舟人挟入泉州，遵义侯郑鸣骏设馆礼待，防卫甚密。是时，方隆招抚之命，凡投诚部职，量与监司。政名素着，督抚即会鸣骏缮疏具题；命将下，而政以计脱归东宁。既至，郑经大喜；命为协理礼官，宠遇日隆。
乙巳、四年（明永历十九年）夏、四月，加封水师提督施琅为靖海将军，统舟师进攻东宁；遭风引还。
时总督李率泰上疏：命施琅攻东宁；报可。乃加靖海将军，总率官兵；以周全斌副之。整舟师数百号出洋；将至澎湖，飓风大作，各船飘散，不能相顾，乃引还。寻石施琅归旗，加封伯爵；其余投诚各官兵移驻各省，设兵防界，不复以东宁为事。东人于是大安。
丙午、五年（明永历二十年）
丁未、六年（明永历二十一年）遣总兵孔元章至东宁招抚。
时议以沿海地方与郑经通商、欲其称臣奉贡并遣子入京为质等三事；经曰：‘和议之事不可久，先王之志不可坠’！即令舟人渡元章还。
戊申、七年（明永历二十二年）夏、五月，明协理礼官蔡政卒。
政字拱枢，金门人。性至孝，谨敏多才略。凡军前号令条教，属笔立就；动中机宜，最见重于成功。其出使京师议和及迫于舟人挟入泉州，俱运胆智从容遁去，人所莫测也。莅思明州，有惠政，岛人德之；掌刑篆，平反甚多，以仁恕称。东宁开国之初，奉令巡访封内：因民性而施教令，申制度以昭王章；政在宜人，士庶便之。每进谠论，世子改容加纳。与兵部侍郎王忠孝交善。至是，卒；郑经亲临哭之。其长子济、次子汉襄俱授察言司。
己酉、八年（明永历二十三年）复遣太常寺卿慕天颜至东宁招抚。
时遣大人明珠、蔡毓荣至泉州，遴选兴化知府慕天颜加以卿衔，渡海往议；欲照朝鲜例，称臣奉贡，不削发。郑经使柯平、叶亨报许，服明制冠带而入泉州；军民复睹汉官威仪，观者如市。议虽不成，而数年之间海上亦相安无事。
明忠振伯洪旭卒。
旭事成功父子，尽效忠悃，始终不贰。两岛之败，诸宿将多投诚，均膺显秩；独旭率所（原文为数）部拥郑经东归。至是，卒。经感悼；以其子磊为吏官，与永华之侄绳武皆见亲信。
庚戌、九年（明永历二十四年）春、二月，明招讨大将军世子郑经遣监纪推官吴济聘平西王吴三桂。
三桂在云南，渐蓄异志。经使监纪推官吴宏济持聘；略曰：‘经儿发未燥，即闻大名；每读殿下家书檄草，忠孝激烈，未尝不抚膺慨叹、感极而继之以泣也！今者四海仰望，惟殿下一人；未审军政之暇，亦知有天外孤臣否？特遣推官吴宏济恭候福履！敝国虽小，楼船千艘、甲士十万，惟殿下所使之。仰俟德音，无任主臣’！
郑经立国学，以叶后诏为国子司业。
初，永历开科粤西，诏诸勋镇各送生员赴试；成功礼送生员十余人，以后诏为首。舟至广，遇风不得达；后诏乃回，隐遁海上，与王忠孝、沈佺期交最善。至是，聘为司业；善于训导诸生，人人自庆得师。凡后进之士经其赏识，无不以文章着名于世。
明太常寺卿兵部右侍郎王忠孝卒于东宁。
忠孝字愧两，崇祯戊辰进士，清贞忠毅。明室既亡，不避艰险，举义兵，复兴化；寻避难入厦门，居曾厝垵。十三年，永历命官齎敕升为兵部右侍郎，忠孝疏辞；永历复赐敕曰：‘王忠孝孤臣亮节，允鉴朕心。新衔未足示酬，尚宜祗受，以资联络。俟闽、广克奠，卿即驰赴行畿，用展壮猷’！忠孝感泣，日望恢复。至是，卒。
辛亥、十年（明永历二十五年）
壬子、十一年（明永历二十六年）