四年正月己巳，命总督京营戎政、镇远侯顾寰挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。丙子，南京提督操江都御史吴时来言：“新江口营水操官军内，有建阳、新安、镇江三卫，请各分为两班，一班京操，一班防汛，而量减操军行粮，归之南京户部。”报可。
三月庚寅，巡按直隶监察御史李绍先言：“江洋群盗四起，杀掠泰兴县等处，皆徐、沛、通、泰间被水饥民及江南所散遣浙、福水兵，相引为非，滋蔓可虑。乞饬守臣多方抚剿，以安地方。”上可其奏，诏各该巡抚严督兵备等官，克期荡平，毋容怠误。壬辰，裁苹总督南京粮储都御史，以其事属之南京户部侍郎，仍设巡仓御史一员佐之。丁酉，直隶巡按御史张问明，奏留苏、松、常、镇四府罚赎银一万两，济河工用兼赈饥民。许之。
四月甲子，总理河道都御史翁大立奏：“高邮等处，河堤剥蚀。请将徐州仓现贮截留漕粮二万六千余石，移置淮南，召集饥民修筑。”从之。
五月辛巳，裁革高淳县主簿、淮安府治农通判、扬州府管马通判。乙酉，诏以漕运各总过江、过湖脚银之奇羡者，解贮淮安府库，为军船置办什物之用。每船给以四两，如再有余，则以助修船之费。仍着为令。己丑，升南京都察院右都御史刘自强为南京户部尚书。
七月戊辰，户部寿：“两京十三省，积逋京库银至二百万，苏州、松江、常州三府为甚。请行催解。”得旨：“切责有司勿怠玩，令户部移文抚按，如期征解，有延缓者以名闻。”丁丑，起用南京刑部尚书黄光昇。以衰病疏辞，不允。
八月丁酉，升南京都察院右都御史曹亨为南京工部尚书。
九月己巳，改南京吏部尚书吴嵌为南京兵部尚书，参赞机务。寻以病乞致仕。许之。壬午，改巡抚应天等府都察院右副都御史朱大器为南京大理寺卿。乙酉，以水灾，免直隶徐州、高邮、兴化、宝应、清河、桃源、宿迁、睢宁、安东十州、县正官朝觐。丁亥，命提督操江兼管巡江、南京都察院右佥都御史陈道基，以原官总理粮储、提督军务、巡抚应天等处。
十月辛丑，初，以应天巡抚海瑞议，裁革江南募召客兵。已而，巡按御史张问明言：“各兵业有安居，遣之适以滋盗。”乃复命抚按官从宜选留。至是，抚臣朱大器言：“苏州、常州、松江共有主客兵三千六百有奇，其余水陆兵，亡论主客共七千七百有奇，势不得尽遣。而前所遣者，仍以各处军余、民壮调补，合之盖一万五百六十五人。又岁于防汛时，募沙、土兵八千，是皆不可削。计兵饷当用银十二万二千有奇，而存者仅五万，不能充一岁之给。宜稍加派，以安众心。”事下兵部，请留用官兵如大器言。户部议许加派兵饷银三万。上报可。甲辰，改南京户部尚书刘自强为南京兵部尚书，参赞机务。壬子，升提督五军营都察院左都御史曹邦辅为南京户部尚书；原任吏部左侍郎兼翰林院学士、掌詹事府事潘晟为南京礼部尚书；提督神机营、都察院右都御史兼兵部右侍郎陈其学为南京刑部尚书。
十一月戊辰，应天抚臣议，以织造龙袍，复设苏州府织染局大使一员。从之。
十二月丁酉，升总督陕西三边军务、都察院右都御史兼兵部左侍郎王之诰为南京兵部尚书，参赞机务。
五年二月壬子，南京广积、广惠二库火。
四月丁酉，以直隶淮安府所属州、县灾伤，诏停征积逋马价。辛丑，以天气暄热，命两法司并锦衣卫，狱囚笞罪无左验者，释之；徒流以下，即从末减；重囚情可矜疑并枷号者，具录以闻。并令南京法司一体审恤。
五月壬戌，升南京礼部右侍郎秦鸣雷为南京礼部尚书。
六月甲午，命掌南京右军都督府事、永康侯徐乔松提督南京操江，兼管迢江，掌府事如故。
七月庚午，升直隶苏州府知府蔡国熙为湖广按察司副使，整饬苏、松、常、镇兵备。
八月辛亥，以热审赦减南京重囚沈永等二十八人。
九月庚申，复设山东布政司参政一员，专理苏、松、常、镇四府粮税。
十月癸巳，以水灾，命改折南京锦衣等卫、所及直隶扬州等卫、所屯粮有差。甲辰，升刑部左侍郎王国光为南京刑部尚书。南京法司奏：“是岁会审重囚之数，情真当决者三人，矜疑减死戍边者二人，有词更讯者二十四人。”报可。戊申，御史吴道明劾奏应天巡抚都御史陈道基不职状。得旨，令回籍候勘。甲寅，以徐、淮等处灾伤，计改折蠲免各项粮钱有差，仍令有司赈济如例。乙卯，免南京各卫，所掌印官运粮。从尚书王之诰奏也。
十一月戊辰，复设徐州洪主事一员。以御史张宪翔言，漕务匡勷勃一官，难以兼理故也。
十二月丁未，漕运都御史王宗沐奏：“运船漂失数多，请先将运粮坐派淮安各州、县，贮藏常盈仓，以充来年海运之数。然后行各厂造船。”报可。癸丑，许改折应天府高淳县兑改漕粮一年。以湖田淹没，从巡抚陈道基奏也。丙辰，两淮巡盐御史张守约奏言：“两淮密迩南京，积年商匠往往表里为奸，挠坏盐法。乞敕南京户部岁委司官一员，专理盐引。但遇各运司起纸输到之日，严束匠役，计纸分工，不许任其预刷及夹带等项。”又言：“引价太重，内商有高价之苦，而边商有守候之难。乞酌议量减原价五分。”户部复奏。从之。
六年正月辛未，工部尚书朱衡疏请修筑徐州至宿迁长堤，凡三百七十里，并缮治丰、沛大黄堤。从之。
闰二月己未，南京户部尚书曹邦辅奏：“南京各卫仓粮，临江水兑三十万石，支放以三月为率。今军伍消乏，辄延至五月不得完，令输纳者有守候之苦。且水兑之月既增，则仓支之月自少，计在仓积陈二百万石，至七年始尽。其红腐不可食之患尤为甚者。请令自今水兑，惟以三月为限。仍照嘉靖九年例，止以二十一万充三月支放，余一十六万五千石改为折色。四年已尽，复征本色，则可以疏通仓粮，暂苏输纳之民。”户部复奏。从之。
三月丙申，礼科给事中蔡汝贤奏请宽恤东南民力：“其一、复废县。言华亭、上海人户繁衍，有司管豁不及。旧于二县适中地，设青浦县，未几辄废。遂致地有抛荒，粮多逋负。宜亟复旧县，建置官署，责令招抚流移，开垦荒芜；其一、议改折。言苏、松等府，额运粮米往议改折二分，官民称便。已乃尽征本色，水陆转输，公私耗费，不甚其苦。宜将二分折色，永着为令。其闲散官员应给禄米者，悉令本折兼支；其一、蠲旧逋。言粮额积负，请将嘉靖四十五年以前逋负，悉从蠲免。其隆庆元年以后，如数征解。”疏下户部，请以复废县一事，下抚按熟计；其改折，候会计日议处；积负钱粮，仍遵原数带征。惟戒谕有司，毋事朘削。诏如部议。工部复：“直隶抚按御史刘曰睿疏请苏、松水利，敕应天兼督。”报可。庚子，南京湖广道试监察御史陈堂奏言：“国制，十年大造黄册。
凡户口田赋之役，新旧登耗之数，无不备载，所以重国本而存故实也。今沿袭敝套，取应虚文，奸吏得以那移，豪强因之影射，其弊不可胜穷。臣尝询之，盖有司征钱粮、编徭役者，自为一册，名曰白册。而此解后湖之黄册，又一册也。有司但以白册为重，其于黄册，则推付之里胥，任其增减。凡钱粮之完欠，差役之重轻，户口之消长，名实相悬，曾不得其仿佛即解之后湖。而清查者，以为不谬于旧册，斯已矣，安辨其真伪哉！臣窃谓欲理图籍，必严综核，必专责成。夫书算豪猾，类非守令之法所能制也。顷苏、松、常、镇添设督粮参政一员，请赐之敕，责令兼理黄册事务，凡人丁事产，照悉白册攒造。其欺隐脱漏者如例问迫；驳回者，依限完报。田至一万亩以上者，仿古限田之法，量为裁抑。如势要阻挠，有司阿纵，听抚按官参奏，庶册籍清而赋役可均。”部复。诏如议。
四月辛酉，巡按直隶御史姚光泮劾奏原任翰林院编修曹大章、原任苑马寺卿韩子允诈取平民财物万余，应天府府丞丘有嵓入其重贿，赃迹颇着，宜究治如法。吏部请革有嵓职为民，并大章、子允俱行南京法司逮治、具奏。从之。乙丑，升光禄寺少卿杨标为应天府府丞。