明隆庆穆宗隆庆元年正月丙寅，户部复：“南京户科给事中岑用宾奏，其一言南京供用库、酒醋面局并光禄四署所积米谷豆麦，足支数年，宜暂征折色解部。其后以三年为率，征本色二年，折色一年，庶无虚费。其一言锦衣卫乌龙潭等三十六仓，每仓有看仓余丁少者十名，多或二十名，月饩不给。宜仿正统十四年例，每丁月粮三斗，于各仓耗米内支给，以示优恤。”得旨：“折色银两征解户部济边，余如议。”
二月戊申，命南京工部修葺孝陵殿柱。
三月癸酉，直隶巡按御史周弘祖言：“淮安府所属十一州、县水灾重大，种马人户流移未复。请仍以三年为限，将逃户种马折价悉与蠲免，俟其归复，仍旧征解。”兵部请从其议，并行有司加意招复。是之。
四月庚戌，改南京刑部尚书赵大佑为南京兵部尚书，参赞机务。
五月乙卯，改南京礼部右侍郎裴宇为南京吏部右侍郎，巡抚应天等处。丙辰，初，南京应天等五卫军人，防守浦子口，其食盐俱赴买于龙江关。已而，江浦县知县李天澜谓：“浦子口隶本县，令买食本县引盐，不得越江，以启私贩。”巡盐御史已主其议。而浦口守御江平及诸军坚执以为不便，相持久之，遂互相攻讦，诸军大噪，击杀部民，天澜仅以身免。至是，南京兵部尚书郭乾言：“二臣本以私忿相斗，法当究治。仍乞酌议盐地以杜争端。”得旨：“买盐地方，仍旧行事。于军民有不便者，自宜奏诉。守御官乃敢纵军暴横，殊不畏朝廷法度。平及军人首事者，南京兵部逮至法司重究以闻。”庚申，升提督四夷馆、太常寺少卿林润为都察院右佥都御史，总理粮储，巡抚应天等处。辛未，改南京工部尚书刘采为南京吏部尚书。
六月庚寅，上命南京工部解织造余积料银等济边。应天府未解者，仍照旧数追征，准明年料价；南京工、户二部未解者，悉行停止。从南京工部奏也。庚子，时帑藏空虚，诏书多所蠲免，经费不足。户部条上其议：“南京户部折粮等项银三十万，南京兵部马价二十万，南京工部、太仆寺料价等银并地租各十万，宜令量留三分之一，以备本处支用，其二分尽起运入京。”
七月丙辰，南京户科给事中岑用宾言：“南京内织染局往年因积负数多，司局长随陈宪，妄以添机雇匠为名，加派于应天府属者逾万金，此非先帝意也。请自今罢工匠之召募，仍免派征未输者，以苏畿民之困。”诏可。甲子，改直隶常州府、镇江府清军同知为练兵清军同知，铸给关防。
八月癸卯，裁革应天府属溧阳、溧水二县各税课局大使一员；江浦县东葛驿驿丞一员；苏州府织染局大使、副使各一员；太仓州茜泾、唐茜泾、长洲县塘浦、吴县横金、吴江县因各巡检一员；昆山县巡盐主簿一员；松江府上海县税课司大使一员；镇江府丹徒县新港坝官一员。
九月丙辰，裁革淮安府大军、东新二仓副使各—员；徐州治农判官一员；桃源、宿迁、沛县治农主簿各一员；徐州卫知事一员；桃源、宿迁、盐城、沭阳、萧、砀、丰、沛八县各训导一员；仪真县清江闸闸官一员。庚辰，以应天府进呈试录不谨，夺府尹徐应俸二月。
十月癸未，升南京吏部右侍郎裴宇为南京工都尚书。乙酉，以协同漕运参将、署都督佥事福时为提督漕运总兵官，镇守淮安。辛未，升南京大理寺右寺丞史朝宾为应天府府丞。
十二月丁亥，户部复：“巡抚应天等处都御史林润条陈复粮额、议改折二事，谓各省粮额，俱以夏税、秋粮、马草为正赋，差徭、增编为杂派。惟是苏、松诸郡不分正、杂而混征之，名曰平米。其中如马役、料价、义役，原非户部之加增。如轻赉脚米、户口盐钞，亦非粮额之正数。杂派渐多，常赋反累。诚有如润所言者，宜令逐项清查旧额，所增之数，通行造册送部，以凭裁减。至于两京各衙门俸银改折之议，则当斟酌轻重，事难尽从。盖南京水路四通、米谷饶裕，便于改折。若一概施之北地，有如运道告阻，内鲜蓄聚，缓急之际，何以为谋。请将南京各衙门官吏人等月米及嘉靖四十年以前积欠京储，尽行改折，每石七钱。在北者量折十分之二，每石一两，若米贵仍复本色。”得旨允行。乙酉，命南京工部修茸孝陵殿宇。
二年正月己卯，铸给松江府青浦管粮通判关防。
三月壬午，总督南京粮储都御史游震德言：“各省布政司督粮官、应天府正官，请以南粮完负多寡，参治降罚，如漕运议单事例。南京广洋、龙骧等仓各监收主事，注选四员，使得久任，无辄更易。”户部议复，允行之。丁亥，南京工部尚书裴宇以诏书停造军器，因言留都根本重地，即有缓急，守备不可不豫，请如例补造。从之。丙申，光禄寺卿赵锦言：“直隶江阴县，岁例进新子鲚鱼万斤，路远数多，不堪上用，徒以累民。请自今止贡五十斤，余皆折色。”从之。
二月丙寅，改南京工部尚书裴宇为南京礼部尚书。
四月癸卯，以南京东安门四仓移附复成桥仓，并裁革官攒六名。从总督南粮都御史游震德请也。己酉，巡抚应天都御史林润、勘上御史董尧封所奏丈量、出兑、优免事宜，其略言：“苏、常等府田地已经丈量，止按册清理。松江等府未经丈量者，已属良有司董其事，完有日矣。所谓宦籍大户自兑者，盖于各水次增设仓廒，粮五十石以上者，每年如期上仓，官为验收。俟运军至时，官为交兑。是漕卒无久候之费，而粮长免包赔之患也，所谓优免者，如张承赉言：每亩以三升为率，粮以品免，田以粮免，法亦甚平。而品级之中，亦非概论。以京朝、外任相参，其致仕、闲住与现任等，监生、生员、吏典人等，更加斟酌。又丁田有多寡，田亩有饶瘠，其应免之内，当以丁田相准。每丁一名，准粮一石，止及其身，无概庇其族人。官田二亩，准民田一亩，山荡四亩，准民田一亩。
皆以实征粮册为率。”户部复请。从之。
五月癸亥，南京户部尚书刘体乾条上六事：“一、各仓关防不严，亏耗殊多。宜令甲斗诸役，均数赔补。典守官攒抵罪；一、贮库、各关钞料、茶引、屯仓折席、赃罚，岁久易于干没，宜令科道官查刷。管库旧止主事一员，宜如太仓例，每十日轮郎中一员，协同收发；一、衙门歇家书皂，因缘为奸，宜酌量汰革，犯者如议单遣戍；一、杭州北新、淮安、扬州各钞关，宜比南关例，给赐关防敕书。其司局等官，俱听各关定贤否，以备考察；一、都税司折钞银仅一百一十两，而官攒、巡拦俸粮、工食岁费，反不下四百余两，应议裁革；一、各卫苜蓿地及没官房税一千二百余两，岁久侵没，并宜查核征解。”户部议从其言。因请征杭州北新关买钞余银，接济边饷。其他存留，以备修理诸费。及浒墅、九江、临清、河西务，并给关防敕书。惟都税课司费多入少，疑有侵匿，不当议罢。得旨：“赃赎修理如近例行。钞关宿弊多端，其司、府、州、县，隐匿钱粮，亦不止税课一事，户都及工都各设法厘革清查，条议以闻。”戊辰，南京户部言：“故事，铸钱工费，取办芦课。今芦课不足，所费船料银亦复不赀，亦行停造。”工部请从其议。因请属迢江御史及管洲主事清核芦洲，隐占者，征其课银解送该部。上从之。令严行查勘，势豪阻挠、请托者，具劾以闻。
七月壬申，诏蠲苏、松、常、镇四府近年移借工部料银。以巡按御史谭启言东南征赋繁重之故也。
八月乙未，南京户部尚书刘体乾条议凤阳仓粮六事：“一、苏、松、常、镇，旧派粮四万有奇，近漕司奏留该府兑军，而以淮安仓粮抵还，为其转输均便。今淮安全无征解，积欠至五十余万，请查复此旧额为便；一、淮安旧征本仓折色每石六钱。昨议扣留一钱，事出权宜，当仍复旧数所借之银，令其陆续补还；一、高墙庶婿衣粮，儒学师生俸廉，自有正阳关科税及岁派存留以为常供。乃今悉仰给仓粮，于名实无当，请行改正；一、九卫停俸武职，旧不关白仓场，朦胧混支，今后并宜查革；一、本仓米麦，近以灾伤改折者，此后当复征本色；一、管仓主事，宜比漕司理刑，给以关防，视京仓监收例，满三岁，方得更代，庶几出入有稽而人无玩愒。”从之。庚子，清理屯盐、右佥都御史庞尚鹏，劾奏淮扬巡盐御史孙以仁侵匿盐银千余两。得旨：“风宪官身自犯赃，何以纠正官邪，禁革奸弊。以仁姑先褫职听勘。自今御史差满当严加考察，毋得概令回道管事。”
九月己酉，兵部复：“操江都御史吴时来奏，南京水操舟楫，皆脆薄无用。乞将二百料与一百五十料以下者，遇坏易银贮库，候有缓急，听其随便改作，不必仍拘旧式。”从之。癸亥，以水灾折征直隶高邮等卫、所屯粮有差。
十月戊寅，以旱涝灾免淮安、扬州、徐州秋粮子粒有差。丙戌，南京报罪囚处决者九人，矜疑宥死发戍者四人。癸巳，以淮、扬等处灾伤，暂免原派砖价一年。
十二月辛丑，铸给淮安、扬州钞关关防。
三年二月甲申，起原任兵部尚书郭乾为南京户部尚书。癸巳，裁革南京游兵都司并三江会口委用把总各一员。从操江都御史吴时来奏也。考察南京不职官员，上元县知县袁伯雅等二人素行不谨，黜降如例。
三月丙午，命南京上关榷税兼抽本折，以苏商困。
五月丁未，户部奏：“南京盐引铜版，岁久文不可辨，引目增多，印给失时，乞加数铸造。”报可。
六月丙申，升提督誊黄、通政使司右通政海瑞为都察院右佥都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天等处。
闰六月甲子，淮、徐大水，坏城垣、淹田舍、漂人畜无算。
八月丁巳，以苏州、松江二府水灾，给赈有差。
九月丁丑，诏改折南京锦衣并直隶仪真等卫所屯粮，以被灾伤轻重为差。壬午，以苏、常二府水灾，诏许常熟县漕粮改折十之五，昆山县十之二，宜兴县十之三。壬辰，以水灾，诏南直隶太仓州、崇明、靖江、嘉定、溧阳、吴江、高淳、六合、长洲、丹徒等县改折漕粮有差。无漕粮者，停征租一年。
十月甲辰，户部复：“河道都御史翁大立、都给事中刘继文、御史王友贤等奏，请令淮安、扬州二府所属州、县及徐州属县改折漕粮，各以被灾轻重为多寡。仍各酌量免其存留者，兑运每石七钱，改兑六钱。嘉靖四十五年以前带征并隆庆二年以前应征者暂停，以俟丰岁。其淮安、高邮、徐州、仪真、扬州等卫，海州、泰州二所，亦视灾伤重轻，改折屯粮。”诏如议行。辛亥，以水灾，免征淮安、扬州二府及徐州铁、麻料价银一年。丙辰，两淮巡盐御史李学诗以盐场水灾，请扣留商人正盐纳银每引一分及挑河银二万两，赈恤灶丁。从之。丙寅，户部复：“御史王友贤奏请除豁高淳、溧水二县寄养磨乳犍母牛，以苏被灾之民。”从之。
十一月戊子，裁革溧阳县上兴埠巡检司巡检一员。辛卯，诏免应天等府今年芦课之半。以南京工部奏也。乙未，以苏州、松江、常州三府水灾，诏改折额解禄米仓粮一年。
十二月辛丑，诏以淮、扬二府及徐州兑运改兑粮，俱征解折色。仍留两淮盐课银二万两，淮、扬船税银三季，以赈饥民。从抚臣赵孔昭请也。庚申，以水灾，改折松江府华亭县漕粮十分之五，存留蠲免亦如之。戊辰，以灾伤，诏免淮安府、徐州、高邮州岁征追补民壮军银三万四千四百余两。从操江都御史吴时来奏也。