四月辛丑，复除原任广东按察司副使薛梦雷于浙江，整饬通、泰海防。
六月乙酉，升江西布政司左布政使陈文烛为应天府府尹。升顺天府府尹石应岳为南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。
七月庚戌，大学士申时行等言：“近日，南京等处俱遭大旱，群情汹汹。且南京军士骄习成风，近因放粮之时，米色稍恶，几至激变。故今日所当亟处者，南京仓粮是已。宜敕南京户部将现在食粮盘验，足几年放支，是否俱堪食用？如有不堪，作何区处预备？至各处灾伤，宜俟勘到之日，复请优恤。”是日，上谕户部：“朕闻南京地方荒旱，军士贫苦。现在仓粮足支几年？如有不敷，作何处补？着南京户部会同科道查验计议具奏。其各处灾伤，候巡按御史勘到，从优议恤，务称朝廷悯念军民之意。”壬子，应天巡抚周继以人言再疏求罢，不许。
八月丙子朔，户部言：“旧例金花银一百万两，坐派苏、松、浙等处，每季分进二十五万两，此祖宗定例。至万历六年，奉旨每季加银五万两作买办应用，计每年增进银二十万两，原无坐派。
今巳一十二载，计银已二百余万。乞念边饷为急，锡予为缓，每季买办银五万两，暂准停止。”不允。己卯，漕运总督舒应龙等条议漕务五事：“一、渡江期限。下江、浙江原有挑河银一万两，今则什不及一，以致苏、松一带，里河浅涸。宜每岁秋尽筑坝之时，尽行疏导，使漕艘得以及期渡江；一、分任委官。原差监兑主事，难以周历浙江，坐委府官巡行水次，下江四府，亦宜遴选府佐；一、量复徐淮仓。国初，俱民运至淮、徐、临、德四仓，以军船接运入京、通二仓。宣德以后，始兑拨附近卫所，名为兑运。国家两都并建，徐、淮、临、德实南北咽喉。今临、德尚有岁积，而徐、淮二仓，竟无颗粒。请自今山东、河南全熟之时，漕粮、预备本色全征上仓，计临、德已足五十余万者，仍旧上纳二仓，亦以积至五十万为止；一、远船起剥。粮船赴北，向以张家湾为住泊起驳之地。至隆庆四年，议由通惠河至石、土二坝。请自今到湾，悉听船起泊；一、灾伤勘报。地方灾伤，例由巡抚报巡按勘，户部据灾以议蠲折，拘守成例，未免耽延。如抚臣缺，按臣即许代报，按臣缺，别差御史即为代勘。”部议言：“临、德二仓，因发赈一空，今查运暂住漕粮，候收足五十万石外，摘发徐、淮二仓上纳。起驳一事，固不可必欲抵坝，亦不可专待起驳，遇淤浅即驳，再驳之后，令母船随抵坝，余各如议。”从之。
十月癸卯，督理荒政右给事中杨文举言：“臣以九月二十八日抵淮安，据徐州道揭报灾数，遂议发淮安府属银一万六千五百两，扬州府属银一万六千两，徐州并属县银七千两。总计江北饥民约七十余万，已经委官责领前银，分投给散。江南诸郡，至日另行奏报。”
十八年正月戊午，兵部复：“应天巡抚周继等奏，苏州府城垣岁久颓坏，欲于常、镇二府积剩海防银内动支一万六千八十两，委官修理。又议巡抚标下设坐营中军官一员，统领标兵、巡兵并苏州一卫官军。俱如拟行。”
五月辛丑朔，升整饬苏、松、常、镇兵备副使李涞为右佥都御史，巡抚应天等处。
七月庚申，以南京河渠工完，叙录有功员役，侍郎张槚等升赏有差。仍诏以其余银，岁修河渠。
十九年二月乙酉，户部复：“应天抚、按官疏称，所属苏、松二府，逋粮年久难完，考成事件，备开款目，乞分别酌处。起运钱粮，有被奸顽侵费或包揽拖欠，将追完贮库者，作速起解。侵欺者严限追并完报。原立考成，先行注销，以后不许再蹈前弊。”有旨：“钱粮起解、追并等项，俱依拟改限注销。近来各处钱粮，多有挪移别用，捏报虚数，及滥委揽解、花费、侵欺等项好弊，着严行禁革。再有犯者，重治不饶。”甲午，户部题：“两淮巡盐御史徐图议称，开存积、增引价二事难行，佥宜停免。其所议加带割没盐斤，淮南每引带盐十斤，征银五分，共十六单；淮北海引带盐二十斤，征银一钱，共八单。暂行二年另议。”诏可。
三月已亥，应天府崔一麟惯雕假印，与税粮科书手张济男、张文炳、文炜，假印关文，盗领官银。又有杜一鲤伪造劄付，先后骗卖。其同伙王章，亦以诡劄付冒领衣冠。刑部审将崔一麟、杜一鲤依律论斩；王章拟戍；张文炜亦依监守自盗库钱论斩。着各依拟处决。丁巳，升应天府尹邵仲禄为操江都御史兼管巡江。己未，升南京太仆寺卿杨廷相为应天府尹。
闰三月癸未，苏、松、常、镇民值叠灾，去岁秋冬，复值霪雨为害，国计难充。应天抚、按官议：“先见征以足正赋，缓逋赋以足见征。自十四年至十七年，除金花银、漕折并内府厍寺钱粮及十八年见征钱粮，一并照旧征解外，余带征各项，乞俱准停征一年。”部复以松江府派剩米折等银，已经奉文蠲免，何以复请停征？查有无沉匿及侵欺等情弊，须查明造册缴奏。着如议行。
四月辛酉，工部复：“礼科给事中胡汝宁议，徐州水患，乘水消之时，亟宜修培。”依议行。
五月戊寅，命御史陈唯芝勘应天巡抚李涞所参苏州知府石昆玉擅动吴县库银，事完方许交代。
六月甲午朔，以工部左侍郎陈于陛总督漕运，巡抚凤阳。丙辰，工部尚书曾同亨复：“应天巡抚李涞议，协济织造之费，宽假袍段解用之限。”从之。
九月戊寅，应天巡抚李涞，准回籍调理，痊日起用。己丑，以协理都察院右佥都御史宋仕任巡抚应天都御史。
十月癸巳，以浙江左布政使蔡国珍为提督操江都御史。壬寅，时，扬州风雨连日，湖、淮涨溢。江都县北一浅邵伯淳家湾，旧堤冲决五十余丈，高邮州南北闸等处俱被冲决。总理河道潘季驯上其事。工部都给事中杨其休劾管河通判刘汝大，州判张九思等故违节制；海防道张允济查核疏虞；总理潘季驯俱宜同坐。部复：“海防、通判、州判等官，俱应议罚。潘季驯既屡次催督，宜速行道府上紧备筑，以励后效。”得旨：“刘汝大等各罚俸三个月，张允济姑免究。”丙辰，工部复：“应天巡抚李涞、御史张士价奏，各府属被灾地方，如胖袄等项银料及停征、免征、带征分数，着地方官出示晓谕。”从之。
十一月癸亥，工部题：“河道都御史潘季驯条议：一、放水淤平内地，以图坚久。谓缕、遥二堤俱为防河善法，但宿迁以南有遥无缕，独直河以西，地势卑洼，岁岁患水。宜将遥堤查阅坚固，却将缕堤相度地势，开缺放水，沙随水入，地随沙高，庶消患而费可省；一、接筑遥堤，以防夺河。谓黄河之势，分则河遂夺，缓则沙遂停。宜自永赖亭以下，接筑遥堤，计五百四十丈，至董家沟止。庶河无分流，而事可永赖；一、增支渠大堤，以杜淤浅。谓徐城积潦，悉由新开支河泄出，惟魁山以北王家林一段，约长十余丈，以南倪家林一段，约长三十余丈，宜仿支河新堤之法，筑大堤一道，自无塌损之患，积水势若建瓴矣；一、增砌石堤，以固保障。渭高家堰当湖之中段，原厢石堤，足挡风浪。其石堤南北，俱系土堤，岁修无已。议照中段，一概砌石。徐州道与河南分司各管砌石，以二十一年为始，应用钱粮，俱于岁修银内剖处，八年之内准可通完矣；一、浚河避湖，以利漕渠。
谓自夏镇闸以南起，经李家口等处，挑开里河一道，计七十余里，从满家闸西筑拦一坝，使汶、泗上源之水尽归新挑河，不得泄入诸河，以致势分力弱。又李家口设减水闸，以泄沛县积水，仍将前议新砌湖边石堤，移建东岸，以挡风浪。则新河既可隔绝湖水，砌石又可扞御河堤，于运道民生，所利非浅。但工费浩大，合依所议，备行淮、扬抚、按官查勘，另行题请。”着依议行。乙丑，兵部题：“凤阳抚、按官陈于陛等条陈事宜：一、议添兵。原隶陆路长兵，俱分布洋港要害。每年春汛，又于军银内量动三千两，雇募短兵，俱守单弱隘口。出汛以七十五日为期；一、议将领。谓往年设参将、都司于扬州，以防倭夷突趋陈前等岛。后独守徐州，虽为漕运咽喉之路，卒有倭犯，安得迳达徐、泗。今议于海寇报警之时，暂移中军都司于扬州，移徐州参将于淮安，庶官非重设而事无推诿；一、议调发。谓淮、扬五道，边腹相连，往日倭夷入寇，尝调五道之兵赴淮、扬以卫陵、京，盖寇不得先淮、扬而犯五道故也。今宜咨凤阳、河南、山东巡抚申饬各兵道，早简练，以备调遣。”着依议行。戊寅，巡按直隶御史甘士价题：“本年五六月，苏、松二府霖雨，水灾异常，人口淹死数万。各属钱粮，准依改折，仍查勘被灾分数，蠲停其解礼部牲料银两。”行光禄寺查议，回称：“上供缺乏，难保停征。”诏依议行。