四月甲寅朔，准截留漕粮二万石，发淮、扬等府州平粜赈饥。从漕臣舒应龙请也。直隶巡按御史乔璧星奏：“河道冲决为患，请率旧典，复设专官，以一事权。盖自古治河，止于除害。我国家仰给东南，岁输四百万石，自淮至徐，实藉河利。顾溃决浅涩之患，往往有之。永乐九年，分设部司督理，或命部院大臣往视，事已辄罢。正德四年，乃议专设宪臣，为总理河南之开封、归德，山东之曹、濮、临沂，北直之大名、天津，南直之淮、扬、徐、颍，咸属节制，建牙如督抚，重河防也。然理河者不复虑漕，而理漕者亦不复虑河，则亦专设河臣之衅矣。万历五年，偶因两臣意见相左，遂并河于漕，在河南、山东、北直者，以巡抚兼领之，责分而官无专督。故修浚之功，怠于无事，急于临渴，河患日深。顷者勘科常居敬亦有专设大臣之议，非直备官，要在得人。
试按嘉靖以来，河渐北徙，济宁以下多淤，而刘天和之修复鲁桥，朱衡之开通南阳，潘季驯之浚刷崔镇，河道赖之。此专设得人之明验也。”疏下，部复如议。上命督河再设，以老成才望者任之。庚申，工部复：“科臣常居敬条上漕河事宜：一、严启闭以杜淤塞。请岁行申饬山阳、通济等闸，三月初运毕，即为封锁。瓜州二闸，俟苏、浙运毕封锁。官私船只照旧车盘，势豪干挠者法无赦；一、催粮运以谨河防。谓四月黄水生则河波，运先于波，则坝可筑，而白粮一运，每至愆期，不得不缓坝以待之。宜督所司填注限单，务令先后漕粮次第过淮，以便修筑；一、议钱粮以助河工。谓河工银岁额三万，而费至六七万，每以不敷停修，贻害不小。宜核所在逋负，立限追解，无为墨吏积胥所没，以致匮竭无措，一、稽工料以资实用，谓桩、草、绳、麻、灰、石之属，皆河工急需。而名实不相符，上下因循，恣为奸弊，宜慎加厘饬，及修筑未久旋报崩溃者，追还料价；一、重修守以谨河防。盖治河如治边，防水如防虏，边臣守边，有叙劳之效，而河臣奔走，风涛拮据之苦，视边臣尤甚。宜于岁终分别纪录，三年类题，果有成劳，予之优擢，则人心竞劝，而河防益饬。”上依议。癸女，勘理河道科臣常居敬，会同督臣舒应龙，再上河工一十四款：“一、开建闸座，以便防守。议于古洪闸外，加镇口闸一座，外御浊水，内蓄漕河；一、接筑缕堤，以防中溃。计自茶城以下，塔山支河西岸起，至河口止，长五百丈，阔四丈，又补筑旧河缺口一道，长六丈；一、议修坝埽，以防危急。王公堤累经冲决，与黄河只隔丈许，两河夹之势最危急。议于本堤设法增筑，实土石于雁翅之内，密钉桩木于卷埽之外，并设顺水坝一座，逼水北流；一、开创月河，以避冲决。谓既设顺水坝以逼黄水之北流，复于运河之南开月河，以引漕水南去，则二水相隔颇遥，时加培筑，可保无虞；一、筑宝应西堤，以束漕流。盖宝应湖口，运道所必经。近来浚挑徒劳，浅涩日甚，缘水势散缓，泥沙易停。议于山阳一带，培筑西堤，以束水势，令无壅淤，则粮艘不阻；一、砌邵伯湖堤，以免岁修。盖邵伯湖一浅、二浅等处，正当波涛冲激，而排桩厢板其何能御，应尽包石以扞其锐；一、浚理河身，以利长运。
自淮安至仪真内河，旧三年一浚，后岁一浚之。久之且置勿浚矣。合于重运过毕，清坝工完之后，乘时挑浚，并查复浅船之制；一、酌议分地，以便责成。以梁境至首闸，属之夏镇主事，茶城至清口黄河，属之中河郎中。而夏镇及南旺两主事并给关防、敕书，视河道郎中例，以重事权；一、移官夫，以资策应。吕梁、徐州二拱，水势既平，洪夫稍暇，且属流寓，随地可安。议拨六百三十三名均派新旧五闸，余者留二洪拽运，而管河同知改住境山策应；一、设山阳长夫，以便河工。盖山阳河夫，向皆市侩雇觅，故增减之弊滋，而逃亡莫可禁。议令诸侩入银官雇，注名立册，按册拨夫，实为长便；一、寝开支河，以防善淤。盖闸河水泉不多，难分为二，宜寝其工；一、查议故道，以省繁费。盖闸河出口，无不与黄值。即改避而南，亦难远害。况弱汶之流，不足以湿淤沙，故道之议，固应并寝；一、停拆三坝，以保成功。崔镇、徐昇、季太三坝，原为泄水而设。议拆者为其高，而坝外堤岸更高于坝，是存之未碍宣泄之利，拆之反滋泛滥之虞也；一、停浚草湾，以节财用。草湾一河，阔二百余丈，先尝开之，以保淮城也。淮、黄之水藉以分流，而开塞靡常，无烦浚凿。”俱如议行。
六月癸亥，升太常寺卿周继为都察院右副都御史，巡抚应天。甲子，诏年来传派织造段匹未解者，苏州减半，以恤灾民。从工部尚书石星之请也。己卯，应天巡抚佘立奏：湖盗平。上报闻。先是湖中之盗，三吴戒严，以为萑苻之警，此其最巨颇廑当事之忧，乃马山官兵方集，一旦化为乌有，零星搜缉，仅获数魁，用作结案。故御史彭而珩遂有抽吴淞游兵入湖防守之议，亦善后之思也。
七月丁卯，兵部覆：“应天巡抚佘立题，湖盗已平，善后应议。一、设兵船。请于吴淞游兵、巡司弓手各量拨二三百名，赴湖协守；一、守险要。请于胥口、叶港、沙塘、下埠、独山门等处分拨兵船，相机策应；一、议设官。请改陆营把总移驻太湖，统领兵哨；一、编鱼舟。请将沿湖鱼船、大罟船，尽查编号，十船一甲，十甲一，各相觉察，互为声援；一、严保甲。请以沿河有山处所，申明逻缉，凡有潜踪密聚者即便擒治；一、禁越关。请于七里桥、戚墅堰、花渡桥等处，置立木栅，放农阻商，严行守把。”上依议。戊寅，工部尚书石星题：“淮扬一带河道，应修应筑，如总河潘季驯、勘科常居敬所议，添设镇河闸，接筑塔山缕堤、清河浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，增设柳浦湾料厂，此当在淮扬兴举者也。惟地里辽远，工程浩大，宜将郎中罗用敬等分地责成。御史不时稽察，而总河大臣仍亲自查阅。工坚可久者，从实奏报；推诿误事者，即时参处。”上是之。仍谕河工，着各照分定地方，用心管理，上紧完报，不许疏玩。
九月乙亥，升南京大理寺丞周希旦为应天府府丞。
十月甲申，工部复：“总督河道潘季驯条上河工八事：一、久任部臣。谓水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷。如某处迎溜，作何卷筑，以当其冲；某处扫湾，作何帮护，以防其泄。事在分司，宜委任南、中两河郎中，满三考，方与优擢，则练习久而河防自然；一、责成长令。谓理河如理家，然家务繁琐，不妨分任，而庀材鸠工则家督主之。今濒河州、县长犹家督也，调集夫役，备办物料，宜专属之。至于巡行督率，责之行河者，而郡守亦有总理之责焉，疏虞则并坐；一、禁调官夫。谓治河有补偏救弊之法，无一劳永逸之事。禹奏平成，不数百年而祖乙之都圮，则防守弛也。故曰防河无止工。宜申饬沿河官夫，专以河为事，不得别差擅调，致误河防；一、预定工料。谓黄河泛涨，每在伏秋，修筑不预，往往为河所乘。宜于十月中旬，即行踏勘，分工备物，务令正月兴筑，四月报竣，后时者罚；一、立法增筑。谓徐、淮之间，咫尺河流，倚遥堤一线为扞蔽，而风雨剥蚀，车马蹂躏，日就卑薄。宜令每岁修堤，高厚俱以五寸为限。遇低薄处，随宜加筑，遍植樟柳。不如法者听总河官参治；一、添设堤官。
谓高堰、柳浦湾二堤，绵亘二百余里，一大使往来防守，未免疏虞。宜另增柳浦湾大使一员，夫役即于高堰、南河数内拨出五百余名属之，以密堤防；一、加帮真土。谓淮水发源桐柏，挟七十二溪之水，经凤、泗入海。而基运山横截河中，涌涨时作，仅恃石堤一带为扞御。而石内之土，多系浮沙，一遇霖雨，辄至坍损，土既圮矣，石将安附。宜觅取真土，帮筑完固，以扞汹涌；一、接筑旧堤。谓清口乃淮、黄交会，而淮、黄原自不敌。然清口不至壅淤者，以王家口之堤筑，全淮皆从此出，其势足与黄敌也。自商贩盗决前堤，挖渠利涉，淮势渐分，将来清口必致淤阻。宜接筑长堤，就近责清河令监守，稍有疏虞，即行参治。”命依拟行。
十七年二月壬辰，流贼刘汝国未平，责令应天巡抚周继、提督操江王用汲等督率所属，协力剿捕。丙午，吴淞领兵指挥使陈懋功等与流贼刘汝国战，胜之。夺其大将军印及济贫王招贤纛，斩获二百余人。巡检汪焕获余孟新，哨官郎子机获刘汝国，余党悉平。巡按直隶乔璧星以闻。论功行赏有差，诛汝国、孟新。
三月辛亥，以淮、扬等被灾府、州、县万历十六年分起运本色米，每石改折银六钱，麦每石改折银四钱。壬子，工部以江南数郡屡遭水旱，未完四司料银等项银两，系十四、十五年者，常、镇二府每年带征二分，苏、松二府尤宜缓征。从之。乙卯，户部酌议：“应天抚、按及南京兵部侍郎王世贞疏言，浚导方兴，水利道不能兼摄粮储，粮储道亦不必另设，暂令苏、松兵备押运过江，免其过淮。”报可。