四月庚子，上驻跸苏州。己酉，上驻跸江宁。裁江南通省河管道一。复设山清里河同知、安清通判各一。添设盱眙通判、宿桃通判各一。甲寅，命修明太祖陵，悬挂御书“治隆唐宋”匾额。庚申，上驻跸扬州。辛酉，谕河道总督于成龙等：“运河东岸石工残缺者，仍令照旧补修。其土工堤内积水之处，下埽帮筑。减水坝俱堵塞坚固，用心防护。越坝更属紧要，亦着加帮防护。淮安府泾，涧两河必须挑浚深通，毋任淤垫。至于人字河若有窄狭处，亦当相机挑挖。凡有泄水旧口，修砌涵洞，令民灌田。堤岸单薄处亦酌量加帮，河身戗堤务行修筑。朕业已指示止高五尺、底宽二丈、顶宽七八尺，以遏水势足矣。至河员不留心防范者须严加惩处，切不可姑容，致误河工。”丙寅，上渡黄河，御小舟阅新埽。谕河道总督于成龙曰：“黄河弯曲之处俱应挑挖引河，乘势取直。高邮等处运河越堤弯曲，亦着取直。”上登清口南岸，召郎中朱成格等，谕曰：“此南岸若不修挑水坝，新挑引河必不能畅流，当从朕所钉桩处修挑水坝二三十丈，挑出水头大溜向北，俾引河流畅。尾堤在陈家庄旱地，筑高五尺，水涨时，从陈家庄南任其流去无碍。此事关系紧要，尔等即遵谕行。”
五月庚午，命张鹏翮扈从入京。以陶岱署江南、浙江总督。癸未，改山清、盱眙河营守备为里河守备，添设高家堰河营、中河河营守备各一。
七月甲申，河道总督于成龙奏：邵伯更楼、高邮九里等处被水冲决。上谕大学士等：“朕虑各处闸坝俱已闭塞，大水一至必至泛滥，屡谕于成龙作速挑浚芒稻、人字两河，今竟未挑浚，卒如朕言。着速行文巡抚宋荦，令亲赴扬州、淮安收养被水百姓。江西巡抚马如龙前奏，江西地方连年大熟，今岁亦有秋稔，着行文马如龙，令速运米十万石至扬州、淮安交与宋荦，或煮粥或赈济，相机行事。”乙酉，免两淮白驹等十四场灶户课两年。
八月丁亥，谕吏部：“淮安、扬州所属被灾地方甚为紧要，府、州、县员缺，俱着奏闻，选择补授。”
九月戊申，上以于成龙所绘河图示大学士等，谕曰：“今四海太平，最重者治河一事。朕前巡视，知水之不治由洪泽湖水势甚大，既不能泄，又加黄、运两河合并，势愈浩大，以致泛溢。昔时原有归仁堤遥为扞御，此法最善。今已淹没不可考，靳辅则筑减水坝。名为减水，而四处奔泻，漂决甚多，彼但顾上河而不顾下河，水何以治？朕意惟有导河稍北，使彼不得侵入清水，而疏泄洪泽湖，使之下流，全用清水以刷沙淤，如此则水自无不治矣！今岁南巡，见黄河逼近清口，黄水倒灌以致淤垫，洪泽湖水不出，自高家堰减水坝流入高、宝诸湖，自高宝诸湖流入运河，以致下河田地尽被淹没。淮、扬所属钱粮虽频年蠲免赈济，动帑修理堤岸，群黎尚在水中，朕深为轸念，遂谕于成龙将洪泽湖出水堤岸，令速完工。近差工部官员往看，清口仍然淤垫，洪泽湖水仍未出清口，堤岸尚未告竣。清口甚为紧要，如不将清口挑浚，湖水不出高家堰并运河，堤工虽加高厚，均属无益。尔等会同九卿、詹事、科道详阅河图，速议具奏。”寻大学士等奏曰：“圣谕河工事宜已极周详，应遵旨移文河道总督于成龙，令速行修浚。”上曰：“靳辅、董安国、于成龙但当筑堤御水，至于改河身使北，俾清水通流并未言及。若不令清水通流，虽修筑堤岸，黄水终致倒灌，焉能御之？”
十月癸酉，谕大学士等：“江苏巡抚宋荦奏请蠲免高邮等被水州县杂项钱粮，此必前次蠲免时遗漏未奏，着依该抚所请，全行蠲免。朕见他处被灾者尚好，惟下河附近之地连年水淹，俱由清口之清水不得出，黄河之浊水逆流入洪泽湖之故。朕悯念民田，昼夜勤思，必使清口之水得出，黄河从别道流出，则民生始获利益也。”甲申，谕大学士等：“朕抚御寰区，爱养兆民，务期人各得所。比年淮、扬所属地方罹于水患，百姓田庐俱被淹没，生业荡然，深切轸念，屡经蠲租赈济，乃黄河垫高、清口低下，淮水不能流出，百姓乃被水灾。念此淮、扬数州县生灵，岂可不急为拯救乎？今或坚修高家堰堤岸，以束淮水使之刷黄；或移清口于清江浦之左右；或另浚河道以通舟楫。
俱宜一一讲求。此事关系甚巨，尔等会同九卿、詹事、科道细阅河图，详议具奏。”丁亥，九卿遵渝议复：“河道总督于成龙等奏，运河乃粮艘经由要津，为下河七邑、上游兼高家堰六坝流出之水尽入于此，水势浩大，河窄难容。前河道总督靳辅于高邮北建设大小减水坝五座，虽堤岸保固无虞，而下河诸邑均受水患。皇上南巡阅视，令臣等大修堤岸，坚闭减水坝，下河麦禾幸得收获。兹遇伏汛水发，致高邮、邵伯等处皆被漫决。臣等酌开减水坝二座，上下堤岸方得保全。总缘高邮河身与山阳、宝应河身相等，骤乘高邮、宝应诸湖之水，开坝则有碍于民田，闭坝则有伤于堤岸。请将高邮减水坝改为滚水石坝，水涨，听其自漫而保堤工。水小，资其涵蓄以济运道。又茆家围等六坝，亦请改为滚水坝，其式与归仁堤、五堡滚水坝相同。至高家堰一带石工年久坍损，请通行加高五尺，以免岁修。均应如所请。”从之。
十一月己亥，谕户部：“淮、扬仍岁水灾，百姓阽于死亡，朕惄然伤之，河患不除，夙夜不能暂释。被水之后，存者必至流移，田多不耕，赋安从出，其海州、山阳等十州县卫明年税粮可悉行蠲免，以副朕拯恤灾黎至意。”乙巳，谕大学士等：“于成龙奏称，清江浦西界黄水高于淮水一尺，淮水高于运河之水七尺，运河之水高于平地七尺，合而观之，淮水高于运河西堤外平地共一丈四尺。今惟以清口自河之下流、沿武家墩由清江浦之北，另行改移，中间河身量留八九十丈空地，两旁坚筑石堤，俾清水畅达，此所当急议者。夫清水建瓴迅下则易出，黄水不致倒灌，其石堤之间已为河身，不烦挑浚。即水涨之时，其高下不过等于运河，安能泛越高家堰哉？但如是改移，朕恐别有所碍，不能永远，故少为踌躇耳。尔等确议具奏。”九卿遵谕议复：“河道总督于成龙等奏，邵伯更楼、高邮九里等处漫决，臣已令该管官先将高邮九里决口堵筑。其邵伯更楼决口、旧有涵洞、堤内原有河形，请疏挑宽深，于河东筑成土堤束水南下入江，可泄运河骤涨之水，以固东西两岸堤根。再查运河一带，河身垫高皆因高家堰堤工未完，黄流倒灌，清口淤塞，湖水不出之故。今先挖烂泥浅等处，引水敌黄以济运河。如高家堰一带工程告成，则清水自出矣。均应如所奏，作速挑浚修筑完工。至上谕或坚修高家堰堤岸，以束淮水，使之刷黄，或移清口于清江浦之左右，或另浚河道以通舟楫之处，应令该督等亲勘，速议具奏。”得旨：“河工关系重大，高家堰堤岸纵多方坚筑，清水亦不能出。今惟当议移清口于他处，两岸俱用石工坚砌，使清水流通。朕南巡时，曾以另开清口面谕于成龙，彼亦奏称淮水可从武家墩向清江浦移改。此事着于成龙及徐廷玺会同河道各官，亲看清口当移于何道，即行详议于岁前具奏。”河道总督于成龙以病乞假调理。得旨：“于成龙准给假两月调治，河工事务着徐廷玺暂行署理，其紧要事宜仍与于成龙商酌而行。”
丁未，谕大学士等：“河图绘于纸上，平漫难辨高下，朕欲改清口，刻木制成一图，观看易明。着侍郎常绶前往河工，会同于成龙将清口应否改移详加看阅，岁内着速回具奏。”壬子，调佟毓秀为江苏按察使。是月，免直隶玉田、江南邳州等十八州县水灾额赋有差。
十二月辛巳，查勘河工侍郎常绶等回奏。上曰：“尔等带去改移清口河图，伊等云何？”常绶奏曰：“于成龙等云，遵旨改移清口，则清口自是易出，但水泛时两边堤岸倘致冲决，保护为难。将高家堰减水坝堵塞，加帮修筑似有裨益。”上谕大学士等：“于成龙等之意以为改移清口，清水固宜宣泄，遇水泛时，新修堤岸难保无虞，必将高家堰减水坝尽行堵塞而加筑之，始有裨益。洪泽湖原系陆地，前人于此筑堤蓄水，与山东峄山湖、南旺湖相同，大水之年纳之以蓄水，大旱之岁出之以助运。
彼时河身洼下，故洪泽湖水一则敌黄，一则济运。今岁久沙壅，黄河底垫，不但黄水反高于清水，清水势不能出，而黄水复致倒灌，于是洪泽湖底亦渐淤垫，高地丈余，水面上浮矣！此清口所以淤塞也。”乙酉，九卿遵谕议复：“侍郎常绶等奏，臣等遵旨前往河工详勘，拟将清口改移于武家墩。但见今物料未备，明年雨水前不能完工，漕运甚属紧要，虽改移清口，其高家堰亦必须加帮。应如所请，将高家堰速行加帮高厚并挑挖引河二道，遣部，院堂官督催。至邵伯更楼、高邮九里等处决口至今尚未堵塞完工，此亦关系运道，亦应差部，院堂官督催作速完工。”得旨：“依议。这督催工程着范承勋、王鸿绪、王棪、田雯、布雅努、于成龙、顾藻、寿鼐、王绅、高裔去。分修工程董讷、王梁、朱宏祚、江有良、王起元、宫梦仁、线一信、陈汝器、王日藻、卫既齐、李应荐、马世济、高承爵、金鋐、杨雍建去。”