十一月壬辰，以张鹏翮为江南、江西总督。乙未，谕户部：“淮安、扬州比年水患频仍，浸漫堤岸，田多淹没，耕获无从，百姓艰于粒食。朕时加轸恤，屡赈屡蠲，但念久歉之余，恐致资生匮乏，朕廑悯殷切，未尝稍释于怀。前此虽频敷庥泽，至再至三，用裨群黎生计，独恐开春东作农事艰难，若不大沛恩施，安能令小民各得其所！着将海州、山阳等二十州县卫明年地丁银米、漕粮尽行蠲免。”是月，免江南高邮等五州县水灾额赋有差。
十二月辛丑朔，河道总督于成龙陛辞。上谕：“闻淮、扬河水泛涨，清江浦百姓所居之地皆已被水。夫洪泽湖实黄河之障。淮水强盛力可敌黄，则黄水不得灌入运河。今淮水势弱不能制黄，全注运河，黄水又复灌入。且两河相距甚近，清江浦地处其中，其一带地方受泛滥之害，势所必然，惟淮水三分入运，七分归黄，运道始安。”复顾大学士等谕曰：“朕昔年巡视河工，曾至大墩堤步行十五里，详加阅看。今寰宇昇平、海内宁谧，惟河工关系运道民生，朕数十年来夙夜萦怀，留心研究，故河道情形熟悉已久。总之，上流既理则下流自治矣。桑额所奏开浚下河一事，朕不即允行，正是有益于彼。桑额固居心平和，为人诚实，然遇事不免迟钝，易被人欺，如此纷繁事务，何以责其成功？于成龙屡委以事，尚克勉效，河工事情紧急，与于成龙敕书内须添入各部不得掣肘之语，使得相机料理，庶不误事。河务浩繁，于成龙年已渐老，且一身难以兼顾，奉天府府尹徐廷玺曾任河工，尚谙练，着即令前往协理河务。”又谕：“河务紧要，董安国修筑工程繁多，恐致与于成龙等彼此推诿，可遣部、院堂官并率贤能司官前往，会同漕运总督桑额，将已完，未完之工并所用钱粮数目逐一详明察丈，细造清册赍来。”寻命户都尚书马齐、督抚侍郎于成龙、工部侍郎常绶前往丁未，以刘殿衡为江苏布政使。
三十八年二月辛酉，户部尚书马齐等勘视河工事竣回奏：“臣等查勘漕运总督桑额所奏，邵伯镇南、金湾、小海场、鲍家庄等处地方挑浚引河、建造草坝，俱属无益，应无庸议。惟虾须沙沟及兴文闸、草堰等处开浚淤塞，稍可泄水，应酌量挑浚。”下工部议，寻工部议复：“应如马齐等所奏。”从之。戊辰，上南巡阅视黄河以南高家堰、归仁堤等工，回至清口，奉迎皇太后，舟泊清河县闸口。
三月庚午朔，上奉皇太后舟渡河，泊清河口。上阅视高家堰、归仁堤等工，谕大学士等：“朕留心河务，体访已久，此来沿途坐于船外，审视黄河之水，见河身渐高，登堤用水测量，见河较高于田。行视清口高家堰，则洪泽湖水低、黄河水高，以致河水逆流入湖，湖水无从出，泛滥于兴化、盐城等七州县，此灾所由生也。治河上策，惟以深浚河身为要，诸臣并无言及此者。诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛溢之患，民间田产自然，涸出。不治其源，徒治下流，终无益也。今朕亲阅下河通海之口及射阳湖一带填淤之处，于成龙所带效力人员甚多，可作速分委，并力开浚，蓄积之水倘能稍泄，庶几有益。至于黄、淮二河交会之口过于径直，所以黄水常逆流而入。今宜将黄水南岸近淮之堤，更迤东长二三里，令筑坚固。淮水近河之堤亦迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄河之水不至倒灌入淮矣！再河流不迅急，无以刷去河底之沙，朕详加咨访，河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深，宜于清口西数曲湾处试行浚宜。如浚直有益，渐将上流曲处渐加直浚，庶几黄河之险自除而河底渐深，洪择湖之水渐出，七州县之水患可渐息矣！清口应修之处，着于成龙等绘图呈览。”谕漕运总督桑额、河道总督于成龙、协理河务徐廷玺等：“朕念河道国计民生攸关，亲行巡幸。
由运河一带以至徐州迤南细加看阅，见黄河底高湾多，以致各处受险。至归仁堤、高家堰运口等处，见各堤岸愈高而水愈大，此非水大之故，皆因黄河淤垫甚高以致节年漫滥。若治河仅筑堤防，不将黄河刷深，终属无益。且运口太直，黄河倒灌，兼之湖口淤垫，以致清水不能畅流，各河与洪泽湖之水如何能敌黄水？若将清河至惠济祠埽湾由北岸挑引，从惠济祠后入河，而运河再向东斜流入惠济祠交汇，黄水自然不倒灌。朕欲将黄河各险工顶溜湾处开直，使水宜行刷沙。若黄河刷深一尺，则各河之水浅一尺。深一丈，则各河之水浅一丈。如此刷去，则水由地中而行，各坝亦可不用。不但运河无泛溢之虞，而下河淹没之患似可永除矣！且拦黄坝弯曲，马家港窄狭，虽将时家码头之口堵筑，而淮水不能畅流。山阳南岸韩家庄等处险工甚属可虞，今应将清口之西坝台添挑水坝，比东坝台加长，包裹清口在内，择洪泽湖水深之处开直成河，使湖水流出。黄河弯曲之处直挑引河，使各险处不得受冲。其拦黄坝应行拆毁，时家码头决口，俟黄水流定，汰黄堤筑成之日再行堵塞。至归仁堤之建，专为毛城铺等处水涨冲决，于此拦回，仍归黄河之意，此堤亦应酌量修筑。
尔等系河臣，河务是尔等专责，务必将各州、县水灾尽除，方不负朕南巡救民之至意。若挑挖引河，原有工程仍照旧令各官作速修防，不可怠忽。下河现有积水，不可不引出归海，俟引河工竣，黄水归入故道后，再将下河、串场河、射阳湖、虾须沙沟一带挑通，引积水流出归海，庶河道永无冲决之患矣！”辛未，谕户部：“朕君临天下，期于黎民乐业、各获其所。凡兴利除害之事，靡不举行。蠲免赈济之恩，靡不下逮。比年以来，因淮、扬所属地方叠罹水患，业已岁蠲额赋、赈恤频施。又动支数百万帑金，责令在河诸臣于应挑、应筑之处酌量修理，欲使泛滥之水汇归入海，被淹之田庐涸出，庶底干宁。乃糜费钱粮卒不能使积潦有归，田庐未涸，民生未遂，朕闻之恻然轸怀。兹值四海无事之时，欲将一切修举事宜详阅指示，用是躬亲临幸。沿途审视黄河水势，咨访地方父老，比至归仁堤、高家堰量度地形高下，应挑、应筑一一明示河臣。惟是被淹地方米价腾涌，生计维艰，朕目击民依，深用廑念，着将漕粮截留十万石于高邮、宝应、兴化、泰州、盐城、山阳、江都受灾七州县，各留一万石，悉较时价减值发粜。余米三万石，着于邳州留八千石，宿迁、桃源、清河、安东四县各留五千五百石，亦较时价减粜。此各州县发粜之米，着就近交与漕运总督，河道总督。邳州着遣司官一员前往监视。
再截留米十万石，于扬州、淮安各收贮五万石。此应留漕粮，不论何处米石，着就近截留。”壬申，上阅视黄河堤岸，驻跸淮安府。谕河道总督于成龙：“王公堤甚属险要，须加帮高宽，修筑坚固。”乙亥，御舟泊高邮州。谕河道总督于成龙：“朕昨驻跸界首，用水平测量河水，比湖水高四尺八寸，湖水似不能越此堤而入运河，但当湖石堤被水冲坏，工程甚属紧要，着差贤能官员作速查验修筑。”丙子，上驻跸扬州府。谕河道总督于成龙：“朕在清水潭九里地方，用水平测量河水，高湖水二尺三寸九分，此一带当湖之石堤甚为紧要，可速行修造。至高邮州地方，见河水向湖内流，河水似高一尺有余，趁黄河水未深之时，急宜修理。”庚辰，谕河道总督于成龙：“朕自淮南一路详阅河道，测量高邮以上河水比湖水高四尺八寸，自高邮至邵伯，河水、湖水始见平等。
应将高邮以上当湖堤岸，高邮以下河之东堤，俱修筑坚固。有月堤处，照旧存留。有应修堤岸，乃照旧堤坚筑。至于邵伯地方，因无当湖堤岸，河、湖合而为一，不必修筑堤岸，听其流行。高邮东岸之滚水坝，涵洞俱不必用，将湖水、河水俱由芒稻河、人字河引出归江。入江之河口如有浅处，责令挑深。如此修治，则湖水、河水俱归大江。各河之水既不归下河，下河自可不必挑浚矣！”壬午，诏江南备办夫、船官，有革职留任以下公罪俱原之；免前三岁逋赋；赦死罪以下。癸未，上驻跸苏州。甲申，谕大学士等：“朕巡阅河道，将高邮州之湖与河水比量，河水高四尺余。夫湖水既低四尺有余，纵水长一丈亦不至泛越。且湖水亦断不至高长丈许。朕意欲暂留毛城铺、高家堰等处减水坝，将高邮州以北减水闸坝尽行堵塞，筑高东岸堤防，使在西之水不得泛越，则下河之水归海而湖身皆出。其时作何导浚，再行定夺。至于邵伯以南，河、湖合流，奔江归海，想不至冲决其他处河道，朕亦可保无虞。独黄河工程尚难决定，相其形势，当缓图之。”是月，兔江南海州、山阳等九州县及淮安、大河二卫去年逋赋。