扬州刺史刘陶卒，琅邪王睿复以安东军咨祭酒，王敦为扬州刺史。
三月丙子，东海孝献王越卒于项。
五月，以琅邪王睿为镇东大将军，兼督扬、江、湘、交、广五州诸军事。
十二月，周奔琅邪王睿，睿以为军咨祭酒。前骑都尉谯国桓彝亦避乱过江，见睿微弱，谓曰：“我以中州多故，来此求全，而单弱如此，将何以济！”既而见王导，共论世事，退谓曰：“向见管夷吾，无复忧矣！”诸名士相与登新亭游宴，周中坐叹曰：“风景不殊，举目有江河之异！”因相视流涕，王导愀然变色曰：“当共戮力，恢复神州，何至作楚囚对泣耶！”众皆收泪谢之。
六年二月，石勒筑垒于葛陂，课农造舟，将攻建业。琅邪王睿大集江南之众于寿春，以镇东将军纪瞻为扬威将军，都督诸军以讨之。会大雨，三月不止，勒军中饥疫，死者大半，闻晋军将至，集将佐议之。右长史刁膺请先送质于睿，求扫平河朔以自赎，俟其军退，徐更图之，勒愀然长啸。中坚将军夔安请登避水，勒曰：“将军何怯耶！”孔苌等三十余将，请各将兵分道夜攻寿春，斩吴将头，据其城，食其粟，要以今年破丹阳，定江南。勒笑曰：“是勇将之计也！”各赐铠马一匹。顾谓张宾曰：“于君意何如？”宾曰：“将军攻陷京师，囚执天子，杀害王公，妻略妃主，擢将军之发，不足以数将军之罪，奈何复相臣奉。去年既杀王弥，不当来此：今天降霖雨于数百里中，示将军不应留此。邺有三台之固，西接平阳，山河四塞，宜北徙据之，以径营河北，河北既定，天下无处将军之右。晋之保寿春，畏将军往攻之；彼闻吾去，喜于自全，何暇追袭吾后，为吾不利！将军宜使辎重从北道先发，将军引大兵向寿春。辎重既远，大兵徐还，何忧进退无地。”勒攘袂鼓髯曰：“张君计是也。”责刁膺曰：“君既相辅佐，当共成大功，奈何遽劝孤降，此策应斩。然素知君怯，特相宥耳。”于是黜膺为将军，擢宾为右长史生，号曰：“右侯。”勒引兵发葛陂，遣石虎帅骑二千向寿春，遇晋运船，虎将士争取之，为瞻所败。瞻追奔百里，前及勒军勒阵待之，瞻不敢击，退还寿春。
愍帝建兴元年二月，怀帝遇害于平阳。
四月，愍帝即位于长安。琅邪王睿录事参军陈頵出于寒微，数为正论，府中多恶之，出为谯郡太守。吴兴太守周玘，宗族强盛，琅邪王睿颇疑惮之。睿左右用事，多中州亡官失守之士，驾御吴人，吴人颇怨。玘自以失职，又为刁协所轻，耻恚愈甚，乃阴与其党谋诛执政，以诸南士代之。事泄，琅邪王睿秘之。召玘为镇东司马，改南郡太守，既行至芜湖，又进爵为公。玘忧愤发背而卒。
五月，加琅邪王睿左丞相、都督陕东诸军事，改建邺为建康。
七月，帝遣殿前都尉刘蜀诏左丞相睿以时进军，与乘舆会于中原。
八月癸亥，蜀至建康，睿以方平定江东，未暇北伐。以镇东长史刁协为丞相左长史，从事中郎彭城刘隗为司直，邵陵内史广陵戴邈为军咨祭酒，参军张闿为从事中郎，尚书郎钟雅为记室参军，桓宣为舍人，熊远为主簿，会稽孔愉为掾。刘隗雅习文史，善伺候睿意，故睿特亲爱之。
初，范阳祖逖，少有大志，与刘琨俱为司州主簿，同寝，中夜闻鸡声，蹴琨觉曰：“此非恶声也！”因起舞。及渡江，左丞相睿以为军咨祭酒。逖居京口，纠合骁健，言于睿曰：“晋室之乱，非上无道而下怨畔也，由宗室争权，自相鱼肉，遂使戎狄乘隙，毒流中土。今遗民既遭残贼，人思自奋，大王诚能命将出师，使如逖者统之，以复中原，郡国豪杰，必有望风响应者！”睿素无北伐之志，以逖为奋威将军、豫州刺史，给千人廪，布三千匹，不给铠仗，使自召募。逖将其部曲百余家渡江，中流击楫而誓曰：“祖逖不能清中原而复济者，有如大江！”遂屯推阴，起冶铸兵，募得二千余人而后进。
左丞相睿召荆州刺史周为军咨祭酒。
是岁，左丞相睿遣世子绍镇广陵，以丞相掾蔡谟为参军。
三年正月，周勰以其父遗言，因吴人之怨，谋作乱。使吴兴功曹徐馥矫称叔父从事中郎札之命，收合徒众，以讨王导、刁协，豪杰翕然附之。孙皓族人弼亦起兵于广德，以应之。徐馥杀吴兴太守袁绣，有众数千，欲奉周札为主。札闻大惊，以告义兴太守孔侃。勰知札意不同，不敢发。馥党惧，攻馥，杀之，孙弼亦死。札子续亦聚众应馥，左丞相睿议发兵讨之。王导曰：“今少发兵则不足以平寇，多发兵则根本空虚。续族弟黄门侍郎莛，忠果有谋，请独使莛往，足以诛续。”睿从之。莛昼夜兼行，至郡，将入，遇续于门曰：“当与兄共诣孔府君，有所论。”续不肯入，莛牵逼与俱。坐定，莛谓孔侃曰：“府君何为置贼在坐？”续衣中常置刀，即操刀逼莛，莛叱郡传教吴曾格杀之。莛因欲诛勰，札不听，委罪于从兄邵而诛之。睿以札为吴兴太守，莛为太子右卫率。以周氏吴之豪望，不穷治，抚勰如旧。
二月丙子，以琅邪王睿为丞相、大都督、都督中外诸军事。
四年十一月，愍帝降于刘曜。
十二月，丞相睿闻长安不守，出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，刻日北征。以漕运稽期，斩督运令史淳于伯，刑者以刀拭柱，血逆流上，至柱末二丈余而下，观者咸以为冤。丞相司直刘隗上言：“伯罪不至死，请免从事中郎周莛等官。”于是右将军王导等上书引咎，请解职。睿曰：“政刑失中，皆吾暗塞致之。”一无所问。隗性刚讦，当时名士，多被弹劾，睿率加容贷，由是众怨皆归之。南中郎将王含，敦之兄也，以族强位显，骄傲自恣，一请参佐及守长至二十许人，多非其才，隗劾奏含，文致甚苦，事虽被寝，而王氏深忌嫉之。