南势湖之进剿也，提督周志本时改统铭字中军三营，会统带武毅右军王德成亲率所部鱼贯而入，鸟道一线，左山右溪，突与众番相接，挥旗直前鏖战，逾二时获胜，陈斩悍逆十数人。因攻草山社，克之。而铭中副营左哨官游击束维清以首先冲锋阵亡。是时，唐定奎亲督各营由刺桐脚循溪进至竹坑社山口，严阵登山，焚草寮，燃巨炮，以为铭中诸营声援。既逾日，乃饬武毅右军右营宋先聘建营守之。又进至大龟纹溪口，饬武毅左军右营何迪华建营守之。遂绕至竹坑山坡，饬武毅左军营陈有元建营守之。而南势湖铭中诸营亦进屯狮头社，往来要隘，守以左营梁善明。翻营滚进，逆番始深防备，日夕燎於大山巅，待旦不息。於是唐定奎饬统带武毅左军张光亮暨营务处田勤生等督率诸将，分路登山，直攻竹坑社寨，冈回箐邃，番逆奋死相抵。我军用连珠枪相排竞进，立毙凶首，遂夺竹坑社踞之。又进克龟纹社所属本武社，斩获无算。而东望阿栽米息、中心仑两社，南望风港，以至刺桐脚海岸行径，悉如指掌，实形势要区，始议移动内外狮头社矣。於是刺桐脚一路进至大桥头，章高元以亲兵副营驻守；南势湖一路进至衡山，余光德以武毅右军左营驻守，各距内外狮头等社不过数里。其山径适中处所，则分哨联驻，以防抄袭。而山中砖石均缺，诸营步步逼紮，则挈麻布囊袋以趋，得险即守，实土立壁，须臾而就。逆番为之气夺，然犹负隅不下，垒石为墙，遍插鹿角於外，而建哨台哨旗於中，以壮声势。间出二、三百人，分途伏伺，放枪迎击。我军亦不敢凭众前犯矣。
先是淮军东渡以来，值秋霖湿热交乘，瘴疠时作，而海风暴迎，稍觉中寒，即病不能兴。至於春初，员弁勇夫後先陨命凡七百余人。唐定奎始为医药拊循，继为成敛合葬，乞沈葆桢请恤於朝如典。未几，张光亮殁於营，田勤生代领其众。王德成又以病殁。二人皆淮军百战旧将，唐定奎所深倚者，恸之如失左右手。於是简选精锐，更易将领，以捣巢擒渠励，众用命。夏四月十六日，唐定奎自督亲兵正营进剿内狮头社，以左军左营陈有元为左翼，右军右营宋先聘为右翼，而别将毕长和率队伏山後以断龟纹社逆援，田勤生督右军正营继之。又以左军右营何迪华扼山冈，以断外狮头社往来之冲。部署既定，乘曙衔枚而入，逆番迎拒中路，炮动肉飞，而左右翼各已踰岭而前。逆番惊扰，遂乘锐猛攻，合捣其巢。番逆犹负险死守，以待龟纹社外援。随为毕长和伏队所破。於是田勤生等分兵由山後遶出，合围三时，将内狮头番社攻破，斩获三百余名，余窜龟纹社而去。适周志本亦已攻破外狮头社，驰使献捷。
先是余光德驻营衡山时，中军前营副将刘朝林别营狮头山背，逆番时来争战，互有伤亡。唐定奎既定进剿内狮头社，周志本承檄并起，以刘朝林从已当中路，而梁善明居左，余光德暨右军左营姚天霖居右。各督所部，并力进攻，斩杀数十人。逆番遂弃社寨往大甘仔力社奔逸。唐定奎乃檄诸将分营驻守，以防逆番侵劫，而巡察溪壑间白骨甚多，乡兵指为王开俊所部阵亡处也。其後竟得开俊尸於社左密林，悬竿中，面目尚如生云。
始开俊进剿失利，唐定奎以为抚番开山为海防自强要图。开俊此失，深於抚局有妨。如逆番授首，诸社输诚，乃台湾全局之幸。及进兵入山，檄凤山知县孙继祖随营相机办抚，而先期晓谕各番社，以狮头社番虐杀官兵之罪，毋惑，毋恐，毋助逆。洎驻营内外狮头番社，天讨於是大张。各番社震恐乞降，乃有率芒社、董的社、南片社、草山社、中心仑社、妈梨也社、阿栽米息社、大笼藕社、谢阿阁社、龟仔笼藕社、内龟纹社、外龟纹社、射不力社、中纹社、周武滥社诸番目陆续归命。唐定奎均给衣、履、酒食，命译宣示朝廷恩感，咸稽首愿受约束。於是设立招抚局，饬田勤生、孙继祖董之，示约七条：曰遵薙发，曰编户口，曰交凶逆，曰禁仇杀，曰立总目，曰垦番地，曰设番塾，以龟纹社番目为诸社头人，充总目统之。诸社违约，总目送官究治。三年无违，从优给赏。其狮头社余孽随在窜伏，即与擒献，如有漏网，亦不许复业，以昭炯戒。随更竹坑社曰永平，本武社曰永福，草山社曰永安，内外狮头社曰内外永化，各赦其胁从前罪，仍给屯垦。先择枋寮左右建义塾一区，令诸番社各送番童入塾，习语言文字以达其情，学拜跪礼让以柔其气。於是台南剿抚事定。沈葆桢奏陈始末，诏如所请，仍着保奖出力人员，以示鼓励。而淮军统将自王德成、张光亮病殁，其统营驻琅峤、枫港之李常孚、胡国恒亦相次病殁，员弁士卒报故者日相续不绝。田勤生以营务处兼统左军，於剿抚二事推为首功，又病殁於凤山。沈葆桢乃驰奏台南抚番就绪，淮军将士苦战之余，加以疫疾物故，抑已不少，深秋蒸郁，为日正长，大支劲旅，关国家元气，非及早量移，恐有不堪涉想者，应即陆续凯撤内渡，以苏士气。得旨报可。时沈葆桢已奉总督两江之命，福建陆路提督罗公亦以疫疾开缺，巡抚王凯泰奉旨渡台，办理善後事宜。六月，唐定奎檄饬营务处知县朱学沂率亲兵副营、武毅左军左营、右营、铭字中军左营为头队，统带铭字中军三营周志本率武毅左军正营、右军正营、左营、右营为次队，而唐定奎自督亲兵正营、後营暨局所文武员弁夫役为後队，各相次至旗後乘轮舟驶至扬州，分地驻营，以资休养。秋八月一日，唐定奎奉命补授直隶正定镇总兵。十五日，奉命升授福建陆路提督。其随营立功文武员弁，沈葆桢奏奉谕旨，各以次升赏有差。而故统带武毅左军提督张光亮、统带武毅右军提督王德成、统带武毅右军前营提督李常孚、管带武毅右军後营副将胡国恒、总理营务处兼带武毅左军知府田勤生及铭中副营哨官游击束维清，均奏奉谕旨，予谥建祠，生平事蹟宣付史馆立传。其余在台阵亡病殁诸文武员弁一百有余，勇夫二千有余，亦奏奉谕旨，予赠廕恤赏，而建立淮军昭忠祠於凤山县，由地方官春秋致祭。唐定奎遂筹购田亩，以供岁修常祀，并护枋寮塚，凡万金有奇。岁属闽省安徽会馆稽察出入，以垂信守，请福建大府檄令施行。
是时，江南筹备海防，择江海要隘，建立炮台，而江阴南北两岸为由海入江门户，据地最重，役方未竣。会沈葆桢莅任江南，履勘形势，遂有奏留唐定奎缓赴新任之议。而唐定奎自旋军扬州，恤孤抚伤，进切简良，力图整复旧观，以明军纪。於是以提督姚天霖帮带亲兵正营，提督余光德管带亲兵副营，提督周志本统带武毅左军兼正营，而提督解先祥管带副营，参将陈有元管带左营，副将何迪华管带右营，均隶之；提督章高元统带武毅右军兼正营，而总兵宋先聘管带右营，副将毕长和带管副营，总兵唐先品管带左营，均隶之；总兵刘朝林统带铭字中军兼副营，而提督梁善明管带左营，游击唐鸣琴管带前营，均隶之。十三营职志为一新焉。冬十二月，沈葆桢奏称唐定奎统领淮军十三营，上年台防一役，航海誓师，中外信服。臣与之共事，深知其果毅朴诚，足当大任。本年旋师内渡，驻紮扬州五台山等处，纪律严明，屹然为江南重镇。仰沐圣恩，畀以实缺，洵足奖有功而资观感。惟目前整顿江海防务，必须统将与兵弁心志相习，庶几缓急足恃。前令前赴新任，殊乏接手之人，恳留江苏，统领防营，以专责成。疏入，得旨允行。明年三月，唐定奎督步队十三营移驻江阴南北岸，兼理炮台事务；而统带马队三营提督陈凤楼仍率所部驻徐、宿，如北洋大臣李鸿章原奏云。