先是沈葆桢筹防陆路，以台南与倭营逼近，调募七营，属台湾镇总兵张其光统之，以遏冲突。而台北要地，尤为倭人窥伺，即属夏献纶统所部诸营会同前署台湾镇曾元福，提唱南北漳、泉、粤三乡团勇，以杜旁窜，而戢内奸。帮办潘霨亦驻营凤山，兼办招抚生番事宜。日将乃据营不出，惟勾致近番，给以号旗、钱布。继购得琉球国人首级，以洋银重酬之。会刺桐脚庄民与龟纹社寻仇，勾引日将往攻。日将即移营刺桐脚以待。而唐定奎援兵适至，潘霨迎劳，旌旗壁垒一新。其前广东南澳镇总兵吴光亮，为沈葆桢奏派募勇二千，又相继抵旗後赴郡。日将亦颇有戒心矣。
初，唐定奎奉旨归沈葆桢调遣。沈葆桢性严重，不以词色假人，见者惴惴，辄相告曰，难乎为下。有举以戒唐定奎者。定奎曰：公以实心治事，仰之久矣。吾以实心应公，事其集乎！至是，相见论军事进止，悉合，各大喜过望。沈葆桢称为沈毅勇敢，得之如久旱甘霖，形诸奏牍。又以淮军向章，岁给九关饷银，今远涉重海，劳逸回殊，按月加足三关，藉资抚慰云。
是时，淮军诸将既毕渡而东，争欲一战驱敌，以竟大功。而朝议不欲肇开兵端。日本公使柳原前光既已入都，而日国自奉总理事务衙门照会诘问兵端，又派公使大久保利通续来议约。唐定奎分部诸将，各固营垒，以防窥衅。遇有倭人，不得凌犯。而深戒士卒毋秋毫扰及民番，以贻倭人口实。既入郡谒辞沈葆桢，亦坚约蓄锐养精，以俟朝命。於是日督将士浚濠修垒，习阵练技，台局一振。
八月，日军疫气流行，死者日四、五人，病者不可胜计。其兵官数人卧不能兴。有美人机慎者，为入牡丹社绘地图，病危而返。然日将在营增修兵房，工作不息，军器粮食，亦轮运源源不绝，诳称万余劲兵将至，以耸民番观听。而龟山地当风冲，秋高飓起，营房时有坍塌。琅峤海峤巨浪激发，轮船亦颇难寄椗焉。
帮办潘霨之招抚番社也，以日将初攻牡丹番社时，探有卑南七十二番社，丁壮万余皆强悍有力，购奸民潜钩番目陈安生与和。沈葆桢深念欲弭外患，先固内疆，开山抚番，实自治上策。议分中、南、北三路办理。乃首招陈安生赴郡，薙发受约束惟谨。唐定奎既至，凡台南防抚事宜，屹然倚以为重。於是南去凤山三十里，进营东港，以援前驻枋寮台军，直刺桐脚倭营之冲。时当九月初旬矣。
先是，日本兵兴，泰西诸国兵船时往来台湾洋面，观其进止，以为有犯万国公法。嗣闻日人佐藤利八等，上年於凤山县後山生番地方遭风碎船，逃入卑南番社，其头目陈安生送凤山县资致上海日本领事府收回，今乃藉琉球属人为词，以怨报德，益不直之。泊柳原前光、大久保利通入都，外狃公论，内讋军威，其始谋益以大沮。於是定议退兵。诏给琉球被杀难民抚恤银帛。其日本在台修建道路、房舍，归台防屯兵酌予工资有差。十月十日，日本公使大久保利通至琅峤，谕西乡从道归国。二十五日，日本兵退。
沈葆桢议以凤山东港、枋寮以达琅峤，民番杂处，伏莽多忧，非劲兵宿将难资镇抚，檄武毅右军两营驰往戍守，而全部驻凤山者，时有旗後海口建筑炮台之役，以班从工。十二月，沈葆桢奏称唐定奎统领铭武等军十三营到台，布置周密，纪律严明，倭氛敛戢，全台为之一定。七、八月间，时疫流行，士多物故，拊循备至，兵气不衰。现今一面分营扼紮琅峤、东港，一面规筑旗後炮垒，以固海防，均属调度有方。惟系统兵大员，如何奖叙，未敢擅议。疏入，适奉大行皇帝遗诏。明年，唐定奎乃拜赏穿黄马褂之命焉。
初，日本退兵议定，沈葆桢屡奉廷旨，以台湾事虽权结，後患堪虞，海防事宜，亟须认真讲求，以期有备无患。其抚番开山各节，尤应妥为筹办，卑番众悉为我用，藉可自固藩篱，毋得以日本兵退，畏难思阻。会沈葆桢密疏，论台湾善後，亦力主抚番开山之要。请移福建巡抚驻台经理，以重海防。而前此三路并举之策，北路则福建陆路提督罗大春，南路则台湾镇总兵张其光、署台防同知袁闻柝，中路则有前南澳镇总兵吴光亮，而台道夏献纶督之，各以所部深入番社，抗者死，降者抚，功绪渐张矣。嗣以枫港有径达山後卑南番社，沈葆桢檄原驻防枋寮台将游击王开俊任之。枫港背山面海，逼近狮头番社，夙与刺桐脚乡民蓄仇已久，日兵前欲为民往攻龟纹社中之一也。日兵既退，狮头番社又迭出戕民，王开俊移营枫港後，谕令献罪人备抵，久抗不应。光绪元年春正月，率兵进剿。迨入丛山，迷路中伏，力战死，弁兵相从者百数十人。於是内外狮头社结连党羽，在刺桐脚一带狙伏劫杀，枫港、枋寮一带道路，为之不通，而琅峤各社受抚者亦怀观望，有异心。唐定奎闻报，立遣提督王德成、张光亮、周志本先率七营进紮东港、枋寮、南势湖、枋山等处，而自统四营扼刺桐脚以当其冲。当是时，沈葆桢以船政报销，岁暮内渡，二月始莅台湾，奏请易抚为剿，檄令南路各军悉听唐定奎调度。奎乃上书陈兵事，略曰：伏查逆番昼则伏於莽中，狙击行人，夜则燎於山顶，诱我出队。连日潜遣侦探入山，甫五、六里，竹木蘙荟，岩壑崎岖，逆番精於标枪，伺间辄发，往往中人要害，不知所由。其升木缘岩，若履平地，专恃深林密箐以为护符。我进彼隐，我退彼见，与中原之剿发、捻回不相同。欲歼豺狼，必翦荆棘。法宜增募土着，导引勇丁，随山刊木，务绝根株，然後分道进兵，草薙擒猕，以收一鼓荡平之效。并细访奸民接济盐、米、火药，按以军法。沈葆桢以为洞合机宜，据奏檄行。乃饬枋寮巡检周有基、千总郭占鳌各招领乡兵五百人，专备斤斧，伐木开路，而以营勇左右护之。起南势湖，止刺桐脚，凡开宽三十余丈、直三千余丈，伏莽一清。遂望山而进，节次翦辟。随获奸谍，讯知逆番同恶，凡十有二社：曰内龟纹社，曰外龟纹社，曰内狮头社，曰外狮头社，曰竹坑社，曰阿栽未息社，曰中心仑社，曰鸣黎吧社，曰草山社，日千仔社，曰阿养益社，曰中汶社，皆地毘连。因定进剿之路，一出刺桐脚，一出南势湖。唐定奎切诫诸将，勿贪近功，而蹈伏祸。仍自逐节廓清，连环进紮，以固根本。然将士航海荷戈，深以不获建功为耻。两路既进，逆番要劫格斗，时见伤亡，益切齿愤恨，不与俱生矣。