部署甫定，忽报倭兵分两路来攻：一路扑九芬，一路直抵瑞芳；另一股扼吴朱埕北，防我军包抄。九芬兵单，且近海，贼移快炮上岸猛击，战未久，宋营官阵亡，哨官死三人，孙营官受重伤，九芬失守。瑞芳尚未开仗，得九芬信大震。余急率亲兵六十人赴前敌督战，拟凭刘燕炮队以自固。西初到瑞芳，扼后街口，令各营退者斩。瑞芳四面皆山，形如锅底；昨夜大雨，我军耽安逸，住金砂局。敌至始出，前后相挤；倭兵排列东面高山上，每队八人，极严整。北面距三貂岭四里，倭人驱教民、汉奸下岭扼九芎桥约千余人。刘燕炮队列四面土山上，稍得地势；我军枪声不绝，敌伏不动。相持一小时许，忽桥上呼声震天，敌已冲过桥，山头贼始开枪，枪弹及金砂局，伤数人。有逃者；余挥亲兵追斩二人、手刃一人，势稍定。时已昏黑，敌燃电灯明如画，各军皆惊。余飞书告吴国华曰：“逃勇已斩三人；今日之战关全台存亡，诸公退后一步，弟必开枪轰击。若弟先回大营不与诸公同死者，愿斩首以谢诸公”。吴得书，率队进夺九芎桥；敌已约汉奸伏溪涧旁，俟吴国华至，突起截击，死伤二十余人，各军譁溃大奔，不能止。敌乘势簿瑞芳前冲口，刘燕发炮下击，敌死十余人，后退去；余扼龙潭埔，竖大旗，集溃勇。吴国华二更后始至，营哨官未损一人。是日我军弃瑞芳不守，敌不敢至，皆土山顶炮队之力；若带兵官能择地扎营，以守为战，决不至此。余移营依炮队与刘燕合；无棚帐，着油衣露立达旦。吴国华竟拔营回基隆宿。四更，张统领带护卫营冒雨至，言“明日亲打冲锋，拚死一战”，语愤激，相与泣下（今日申刻，各援军陆续至；檄李文忠扼守庚子寮、杨连珍扼守吴朱埕、胡连胜等均来瑞芳助战）。
初十日天明，张统领欲进战，待吴国华、胡连胜辰刻始到。张立九芎桥吹角列队，倭人押汉奸约三百人来攻（每十二人两倭兵持刀督其后）；枪炮并轰，敌伤亡较多，败退。张率队冲上，吴国华兵疲困不能接应；倭兵从旁面山顶驰下，断九芎桥归路，围裹数重，枪炮凶猛。余急传令“能救张统领出围者，赏三千金”；陈得胜率八十人、曾喜照率三十余人涉溪涧冒死冲入。张已受重伤（右腿被枪子穿过，后在上海医愈），亲兵抢护，死七人；后一卒负之潜行溪水中，始得脱。曾喜照受伤，归路阻截；裹创战，至庚子寮投李文忠营。陈得胜竟战死。初，张得小胜，吴军不能接应；余拟率亲兵扼桥为声援，营官黄义光有难色，中止。至是，命持令箭调胡友胜赴援，竟出怨言；余愤极，令斩以徇；刘燕为乞恩，仅摘翎顶示薄惩。午后，忽接维帅电：“命黄义光撤亲兵速回”！各营及局绅均惊骇。余急乘火车入城面诘维帅，维帅茫然不知；查系某某代黄翼德属电报房发者，竟私署维帅名。局面已坏，维帅不敢问，太息而已。张营四次电催赴前敌，辞不赴；后绅士公电云：“俞督办艰难任事，去后合厅皇骇；乞速来救我身命”！维帅持电流涕相示，命速行。余不得已，带营务处六十四人行（四月二十五，余派充全台营务处；即挑选湘勇六十四人作卫队，自加口粮，每名月三元。初八本拟带赴前敌，维帅言藩库最紧要，须派亲信得力人护守；前敌督战，仅带数十人供驱使足矣）；武弁五人，告奋勇，亦随行。傍晚到基隆，即驰赴前敌，仍与刘燕合营土山上；吴国华仍回基隆宿。
十一日天明，敌分两路大至，专致土山。余与刘燕被围，吴国华军未至，各营亦坐视不能救，枪炮声如急雨怒潮。相持至巳刻，炮勇死八人、重伤四人。炮管太热不能放，余率亲兵凭土壕用十三响枪抵拒（枪名“云者式”，美国造）。差官杨得标、李成德先阵亡。敌用开花弹极猛速，彭发立余后，腰际中弹，呼号甚惨。余回顾，忽开花弹炸铜片嵌入额际，血流不止；腿胯被枪弹擦过，痛极晕绝。亲兵抢护至社寮，西医力南加用药水灌入伤口，取出三角紫铜片一块，血仍不止，用蜡布裹紧；抬至狮球岭。时各军均溃；敌尚疑有伏兵，未敢竟抵基隆。初，台绅林朝栋驻守狮球岭。林以击生番功，历保至道员，二品顶戴，赏穿黄马褂。所部皆百战之卒，且训练有法，颇负时望。维帅意专重广勇，广勇与土人素不睦，因调林守中路；以胡友胜统广勇四营扎狮球岭。余至岭上，舆夫均逃散；幸血止，神气稍清。急召胡询战守事；胡神色仓皇，唯唯而已。适绅士十四人偕观战、英人提理来医伤，皆言“广勇新募，从未训练，统领又不得人，基隆一失，人心涣散；法人之变，刘省帅专守狮球岭而台北宴然。乞抚帅远调林朝栋以守为战，事犹可为”。时基隆同知方祖荫在座，余命移基隆电报局设八堵（堵在狮球岭后，当狮球岭、暖暖街之冲，为入台北城必由之路）。将亲入城，请维帅驻八堵，为死守计；并命绅士写一公禀。酉刻，偕方祖荫乘火车入城；署中幕友家丁，寥寥数人。维帅一见，即言“大事已去，奈何”？余出绅士公禀，且请驻八堵。维帅言“午刻闻前敌信，即令黄翼德率护卫营扎八堵”。顷黄忽回城，据言“狮球岭已失，大雨不能扎营；且敌悬六十万金购总统头（六十万金购头之说亦谣言也，可笑），故趁火车急驰回城，防内乱”（黄至八堵，士卒均未下车）。余怒斥其欺罔。维帅知之，而不敢诘问；但言“君无死法，曷自为计”！夜，黄勇索饷，大譁；幸卢嘉植率东莞勇百人守库，甚安静。至藩署，遇余亲兵自前敌回者共十七人，伏地痛哭；泥污血迹，面目馍糊莫办。差官五人，死三人，尚有宋传礼、王朗三不知下落，为之惨然。夜服药卧，雨声甚恶。
十二日黎明，雨稍歇，街市寂然。余偕方越亭、熊瑞图见维帅，力劝退守新竹，就林朝栋、刘永福图再举；左右均怒目相视，王觐庭手六响小枪指熊瑞图曰：“大人五天不睡，诸君亦宜歇息；谁多言者，手枪击之”！维帅默然，令暂退。余回卧室，行李已抢掠一空；知事不可为，取电奏草本藏衣带中，各处往来密电均焚毁。忽电报房学生来见云：“昨夜电报尚通，三更时王觐庭将线斫断，局中人已散尽矣”。余急作密函呈维帅曰：“天不佑中国，无可奈何！公心迹，可告无罪；惟既不退守新竹，公宜自为计，不可贻笑天下。电奏本今已带出，心酸不忍多写。负公知遇，此恨千古”！午间，始知署中厨役已散尽，因至藩署设食饱餐。电线已断，不得前敌消息；创口又时时作痛，焦急自分必死。酉刻，闻林朝栋、吴光亮均带兵明日必到，觉有一线生机。急至抚署，则狮球岭溃兵已入城（今日辰刻失守），城中大乱。黄翼德守仪门，放枪禁人出入；各局所不见一人。时已昏黑，城中积尸遍地（有自前敌受伤抬回者，有广勇、土勇互相残杀者），哭声震耳。余皇遽无策，绕至抚署后墙，欲入探维帅消息。署中忽火起，支应局委员周奭（字梅生）帕首、腰刀从后墙出，告余：“维帅刚出城”。余追出西门，遇乱兵放枪劫行客；左右走散，仅杨贵、蓝玉相从。至大道埕，雇小船乘星光径渡沪尾；两岸放枪，弹及船舷。四更到海口，上“驾时”轮船（余只身出走，用千里镜皮盒装洋银八十枚，幸未劫去，以四十元雇小船；若迟至天明，则危矣）。船上有海关运来银八箱，两岸防营大譁，劫银去；炮台复开炮轰击，惨死十六人，余几不免。因事太不堪，且非兵事所系，不忍详记。十五日，始脱险到厦门。