日军连陷云林、苗栗二县，进逼嘉义；误入山谷，民团林义成等塞谷口尽歼之。台南山谷险阻，深箐丛杂；民团潜伏，遇敌猝起。日军不习地势，屡战恒败衅。台北、台中各城邑闻台南义声，皆思奋起，图恢复；日大军乃严备之。
台南援绝饟竭，相持数月，军皆饥困。日军以全力攻台南，徐骧等尚力战；骧每战必居前敌，卒中炮死。嘉义守将王德标以地雷达日营，夜半地雷发，日军死亡百余人，日军惊退；以死将士多，大愤，聚巨炮猛轰嘉义，破之。仅余台南孤城，永福死守。
日本台湾总督桦山资纪贻书永福谓：“公以孤军持绝地，数月不下，公已无负于台民。今困守孤城，尺地以外皆敌军，徒伤民命何益？倘率所部去台，当以礼送公去”。永福拒之，词甚峻。日军乃大攻城，永福自发炮殆日军数十人。相持数日，城中军饥甚，譁溃；土匪蜂起夺城，迎日军。永福逃登德国商轮，日兵大索四次不获；盖德人深佩永福，秘藏之也。永福内渡至厦门，旋归于广东之钦州。永福守台南数月，以饟糈并绝而败，世犹谅之。
台湾八日记（附台湾唐维卿中丞电奏稿）俞明震
五月初五日，倭兵轮二十九艘游弋台北海面；复分泊各海口外：基隆、沪尾、澳底、金包里、八里坌、大姑崁，凡可登岸之处，皆有兵输。
初六日，土民勾结挖金砂匪引倭人由澳底登岸。曾喜照所募土勇两营守澳底；成军甫三日，遇敌不敢战，均逃散。澳底在基隆北五十里，路崎岖；中隔三貂岭，最险峻。过岭始有歧路：一通瑞芳，一通吴朱埕。又澳底循海岸可达基隆，中隔九芬山；过山即无路，行乱石中，必由炮台前经过，防守最易。初，杨西园军门统十二营专守基隆一带；故三貂、澳底均有防营。初三日杨奉旨撤营内渡，基隆仅张月楼军门七营、土勇四营，炮台分去三营，瑞芳、九芬虽有防营，单薄不能当大敌。四更，城中得基隆警电；维帅命吴国华率七百人守三貂岭。吴新自广东来，仓卒部署，诸事不齐备；次日已刻，始率四百人先行。
初七日，维帅调新募广勇陆续均赴基隆。胡连胜、陈国柱、陈柱波、包干臣等各募数百人，均号统领，无所系属；余请维帅自出督师，同事均不谓然。
初八日五更，维帅命赴前敌督战，兼料理饷械、电报事宜。黎明，拨黄翼德亲兵六十人、派委员三人、武弁六人随往；乘火车，午初到基隆，驻张统领大营。探报：昨晚倭前锋已过三貂岭，住岭背梁绅家；余急派弁持令箭命各军择山头要隘扎稳，勿浪战，待援兵至再进。未刻，倭前锋至小楚坑探路兼绘图；骤遇吴国华军，未及列队，遽搏战。土勇从旁夹击，枪毙三画倭酋一。寇奔，弃枪械越岭遁；吴追及岭巅，百姓观战者均拍手欢呼。
先是，探报：我军在小楚坑遇敌；余檄包干臣率三百人助战。包至小楚坑，寇已遁；见倭酋毙路旁，割取首级，与土勇争，大譁。包缚土勇，土勇未着号衣，指为汉奸；将杀之。时吴国华至岭巅，因雨待棚帐，尚未扎营；闻报，知包将首级赴大营献功，大怒，撤队急驰下岭；包立桥上望见吴军还，藏首级竹簏中，遽拔全队回。吴尾其后，俱还基隆。包先遣人来营报大捷，余迎于营门外，奖劳士卒，询前敌战守情形；则言已获大捷，各军均撤回。余大骇，诘以奉何人令撤兵？何以弃三貂岭不守？包瞠目不能答。余愤极，电禀维帅：“如今夜瑞芳失守，非斩包、吴无以谢百姓”；且密电“基隆四面皆广勇，统领六、七人各不相下，无所系属，必偾事；公宜自驻狮球岭调度”！时已四更，屡召吴国华，避不敢见。吴初来诉包攘功状，及闻余诘责包，自惭；旋拔队赴前敌。包则恃有护符，竟以“大捷，斩首无算”赴省城献功矣。是夜，我军仅土勇一营、张统领二哨扎瑞芳，三貂岭竟弃不守。天明，探报回，知四更时倭已冒雨登岭。夜间与张统领商议，电禀维帅分三路进攻：一路由大路至相思岭、龙潭埔、瑞芳过九芎桥、小楚坑直抵三貂岭，为正兵；一路由海边社寮炮台至八斗、庚子寮、九芬山直达澳底，截其归路；一路由暖暖街至吴朱埕绕出三貂岭之左，为奇兵。又密禀各路宜专责一人，免致互相争功诿罪。
初九日五更，刘燕运五管格林快炮五架、率炮勇三十人至大营；余急命运至前敌择高阜安置。黎明，维帅电谕：“三路进兵甚善；瑞芳一路专责成吴国华，九芬李文忠，吴朱埕杨连珍，限申初到基隆听调遣”。未刻，陈得胜先到，张统领与定议：各军酉刻在基隆饱餐，限寅刻抵贼营，合力猛攻；余派员押棚帐、子药同行。