先是澎湖破，炮声轰天，人民大恐。孙传衮命德功鼓舞举人林文钦自募练勇镇扎城内；旋恐练勇生变，一夜撤归。然是时早稻将熟，土匪揭竿而起，官眷行李多遭劫掠。台中县叶意深本是书獃，不能同富绅募勇镇压，惊惶无措，请彰绅保护内渡。彰化县丁燮颇有胆略，谕德功、吴景韩、廪生周绍祖在保甲局，命功招募练勇，以贡生吴景韩为副带，每夜亲行巡查，日间令练勇出城巡捕盗贼。时在变乱中，丁燮邀同游击郑荣到北斗溪底围掳强盗，地方以安。未几，早稻登扬，民间依旧收获。台中廖姓土匪欲抢官租，功令该地局绅劝以且缓。功请黎府派勇百名扎犁头店。北投堡土匪亦谋抢官租，功令绅士吴伦明佯劝待黎府回去而后任所欲为。各请勇百名镇之。是以人民安堵，感荷练勇镇守之力。
先是台湾民主唐帅下令，欲回籍者听之。于是各府县纷纷告退回籍。台中府孙传衮十六日卸篆，以黎景嵩代之。初，台北兵变，民犹不知，及黎到任，历历道之。孙曰：“似此，兄何敢接印”？黎曰：“台北现无主帅，其乱焚如，我在此不犹愈乎”？孙府爰收行装，不日起程。黎查府库只余二千左右洋银，兵饷不敷所用。郑荣令勇围署，遂掳王淮三向孙索饷，孙令人取给之。盖孙于破澎湖时，库款行李运回内地。是时民间咸怨库款无余，地方何以保全，各有不平之意。孙惊甚，爰于十六日轿门密封，随林朝栋家眷出城，由汴仔头渡福省。
五月十八日（西历六月九日），栋军诸勇搜杀广勇于观音亭。
广勇驻于观音亭，群疑汹汹。生员吴阳兴、姜绍祖、胡嘉猷、吴镇觥各拥数百人，拟袭台北。是日不期而会者万人，遍山漫野。栋营傅德陞议取广勇军装，配船内渡。谢天德部下于收军装时，争取银物，广勇开枪拒之，喊杀连天。客民乘势攻下，数百余名溃卒多遭杀毙。
五月十九日（西历六月十日），林道朝栋在后陇闻日本兵至桃仔园、唐帅内渡，收兵回彰。日本北白川宫亲王率师团全部自基隆到台北驻扎。
岳裔行次八里坌，始知唐抚十五日附轮内渡，即时奔回。林道朝栋闻信，自后陇率林超拔兵回彰。日本近卫师团半部由辽东到基隆。亲王于十日率师团全部集于台北。时桦山总督开府台北，安抚良民。
同日，新竹苗栗绅民议抗朝命，推生员吴汤兴为首将，祭旗誓师。
吴汤兴，苗栗名诸生。先是带练勇一营，易儒服为武装，有赳赳桓桓之象。至是众人推为首，冀复台北。收集首提督茂林二营、栋军谢天德等营，生员邱国霖、徐骧、吴镇觥、义首姜绍祖诸乡勇。是日祭旗誓师，设大鼓一面，筑三丈高架挂之，旗帜整齐，立约法数章，有事则击鼓，各庄闻鼓音即齐集其所，并约众接济粮食费用。如敢抗命，声罪罚之。绅民奉行惟谨。
五月二十一日（西历六月十二日），日本各中队由铁路进发，以图南方。
自六月十三日沿途铁路截断，日本工兵随时修筑。各停车场略有小战，甚为困难，日军留二中队守于驿站。
五月二十二日（西历六月十三日），日本坂井支队斥侯骑兵驻三角涌，为居民杀戮。
初，日本骑兵在三角涌受民厚遇。寻而居民或耕烟割草，或山中逃走，用计袭击日骑兵，出没无常；一旦反抗，草木皆兵。自是日受居民杀伤，有不能固守所领阵地之势。日本支队与台北断绝，粮秣悉归居民手。
同日，日军山根少将分兵由刘潭甫进发，达大姑陷攻击，互有杀伤。
日军分兵一队沿河岸右侧，步兵一大队沿其左傍进发刘潭甫。初受居民厚遇，有送粮食者，以兵三十名保护之，直进刘潭甫，亦无所顾虑。忽市内两侧射击，日兵死者九人。寻而山根少将开枪向西北射击百二十回，本队围绕市面，午后遂占领阵地。山根少将令步兵一小队向大姑陷地方侦察，而第二纵队不到刘潭甫而达桃仔园为住民袭击，死者十八名。
五月二十二日（西历六月十三日），日军步兵大队向大姑陷进发，遣斥候骑兵与居民射击，寻占领大姑陷阵地。
时刘潭甫北方有义民守保垒射击。十五、十六日，山根少将令炮兵中队向保垒大战。少顷，步兵亦到，一齐攻击，庄民故弃阵地。午后一时，日军遂占领大姑陷。
五月二十三日（西历六月十四日），苗栗县生员吴汤兴集各营统将誓师出战于杨梅坜。日军退却。