五月十二日（西历六月四日），台北省城粤勇焚署内变，唐总统景崧夜逃沪尾。
先是京师拨饷一百万，装在火轮运至台北，洋枪子药大炮无数，唐抚运入库内。兵民知库中多财币。其管带官系哥老会首李文魁，见之垂涎。初八日，杀唐抚行营中军管带方良元，入索库饷。唐见势凶猛，挥令恣意往取之。至十二夜，集众到抚署喧闹，将抚署厨房放火药焚之。时喊声震地，人相践踏，入库劫掠财物。抬出之银，中多铅倏假藉。各街市衙门縻烂。火药库忽然轰炸，死者一百余人，连各处铳毙者共数百人。一时变起仓卒，唐总统率亲丁数十名乘夜奔逃沪尾德商忌利士洋行。是日电催林朝速、邱逢甲、杨汝翼带兵赴援。十三日电报曰：“千急急赴援”！十四日曰：“万急急速赴援”！邱逢甲之勇前扎在南崁，亦奔回扎拺东，各领饷银三个月。杨汝翼拔队至大甲，闻变逗留不前，乘间逃回福州，将饷银席卷而去，余勇在台辗转无依。
五月十四日（西历六月五日），唐总统乘轮船渡厦门。
十四日，唐总统在沪尾电召各军赴援，无一至者。台北人情汹汹，兵勇劫掠横肆。在淡诸勇弁皆有反戈之意。唐先托德人保护其家属内渡，爰率亲丁同乘鸭打轮船，悬挂德旗。忽沪尾炮台上大炮打入舟中，死伤十余人。德船爱鲁易将弁开炮回打炮台，铳毙者七、八人，唐帅始得飞渡。是日民间骚动，被勇匪抢掠者约一百余万元。台北人争渡内地者不下数千。
论曰：读唐公“请缨日记”，公虽翰林起家，能于弹烟炮雨之中赏识刘军门永福谅山诸战，挫法军精锐，奏肤功于异域，雍雍乎有儒将之风。故当简放台湾道时，陛见西太后，委以海疆重镇焉。何以台湾割让，绅民举为伯里玺天德？亦冀台亡而复存。何以调度失宜，日军登岸月余，变生肘腋，黑夜逃遁，外无赴援之兵，内乏弭祸之策？台北生灵涂炭，竞争内渡，舟中之指可掬，不俟兵临城下，一身已莫保矣。虽曰此中有天命焉，抑亦人谋之不臧也！予尝咏兵变诗，有曰：保险地分南北部，调兵势隔马牛风”，此犹谓南北不相统属也。观十三、四日电曰：“千急急！万急急！速赴援”！林朝栋、杨汝翼犹可云虽鞭之长不及马腹，而扎南崁之兵近在桃园，台北有淮楚军、粤军十余营，外无一兵一卒可援，何以电文如此其急，诸军视如弁髦？此岂人所能解耶！
五月十五日（西历六月六日），台北绅民并欧美人令辜显荣往基隆请日将桦山，办理公使水野遵入城安民。
唐总统于十二夜逃去，兵勇乘危抢掠，尸横遍野，街人闭隘闸为守。绅士刘廷玉、陈儒林等、洋商李春生请欧美人英德商先迎日军安民。时辜显荣（鹿港人）游于台北，见商民无主内乱，亦于十四日往请。学务部长伊泽修二同水野遵巡哨，遂引见桦山及山田大尉，极言乱民之变，愿为前导。日帅察其诚，使人侦探，果系实事，民不堪其苦；遂统大军于午前三时入城安民。乱勇奔逃，人心始安。遂驻步兵二中队于沪尾、步兵八中队于台北，收容残兵四千，送之厦门，收其兵器。
同日，候补道统领栋字营林朝栋拔队援台北。
林朝栋于五月初七回彰，初八唐民主数次电音催回台北。林道以兵发不可复止。十一日，行抵彰化，校阅精壮。十四日，遣防军营傅德陞、栋右营谢天德为前锋；以岳裔为参军，总理栋军营务为援台北第一队；以分统林超拔、林兰、赖宽三营为二队；自将郑以金、袁明翼、林玉亭及营务处梁美甫为三队；又令族亲林文钦募勇四千人为后劲。十六日，兵抵新竹，知县王国瑞令前队保新竹。
五月十六日（西历六月七日），新竹知县王国瑞请栋军参谋岳裔往台北迎接唐民主。是日广勇千余奔至新竹界，为兵民截杀。
传闻唐民主在沪尾，王国瑞请岳裔由平顶观音山达八里坌迎之。先是十二日之变，唐檄前台湾镇吴光亮八营赴援。吴时老耄，其下乘危劫饷以溃。适台北溃勇走依之；甫过桃仔园中坜，粤民团勇始闻台北失守，见广勇金帛累累，疑为劫饷叛杀之徒诈称南下以袭新竹，于是沿途截杀，军械衣服洗抢一空。适栋军数营闻喊声震地，亦派队出哨，于是广勇遭杀者数百余人。后知是吴军，令安扎城外观音寺。
同日，孙传衮卸篆，以黎景嵩代理台湾府。