二月癸卯（初十日），靖南王耿继茂等奏：“福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛；寇巢破灭，伪兵部阮春雷、逆渠张煌言仅以身免。请敕议叙”！得旨：“据奏逆贼阮春雷、张煌言等窃踞东蚶、长腰等岛，合〈舟宗〉狂逞；官兵奋勇夹剿，擒斩贼将、夺获船只、焚毁贼巢，深可嘉尚！在事有功人员，着察明议叙。其伪镇林国梁带领家口倾心投诚，复奋勇自效，同官兵捣贼巢穴，克奏捷功，非寻常投诚可比。着从优议叙”。
丁未（十四日），兵部议准平南王尚可喜奏：“铜山诸逆郑锦、周全斌等各思归诚，请以招抚事宜专责饶平总兵官吴六奇相机料理”。从之。
戊申（十五日），管理广东安辑投诚事务刑部郎中花善等奏：“伪都督杜辉於康熙二年十一月率所属将领一百二员、水陆兵丁二千九十六名、大小战船六十二只，缴伪印、关防、牌札，献南澳地；又伪总兵吴陞率所辖伪官三十三员、兵六百九十三名、大小船十三只，缴伪观武将军印投诚”，下部知之。
三月丙寅（初四日），靖南王耿继茂奏：“海逆洪旭、黄廷等拥郑锦残党遁踞铜山，所辖伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚；群贼分〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地。总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众於陆鳌、破贼巢於下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。在事有功镇将及张杰等，均请叙录”。下部察叙。
夏四月甲午（初二日），管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：伪左都督陈陞率大小文武官一百二十三员、兵丁二千六百余人渡海投诚。
己亥（初七日），福建总督李率泰奏：伪左镇林国梁率众投诚。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十一日），兵部议叙伪忠明伯周全斌率左右都督以下杨泮等投诚功，得旨：“周全斌授为三等伯，杨泮、周珍、曾传、黄宝、林英授左都督职衔，张隆、阮星、欧瑞、陈麟、赖工、张岳授右都督职衔”。
五月丙寅（初五日），靖南王耿继茂等奏：“三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先後至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半，渡海进拔铜山，焚毁贼巢，斩首三千二百余级；伪永安侯黄廷、伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。逆渠郑锦仅存数十艘，乘风遁走台湾。订闽海地界凡数十岛，贼巢布列；至是，扫灭殆尽”。得旨嘉奖，下部察叙。
癸未（二十二日），授福建投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月丁酉（初六日），福建总督李率泰以病求罢。得旨：“览奏患病是实，本当即允所请。但闽省投诚兵民、官员最为繁众，着亲行安插，务使得所；事竣之日，解任回京。应作何加级加恩？该部一并议奏”。
己酉（十八日），以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。
庚戌（十九日），授福建投诚伪侯黄廷为慕义伯。
闰六月壬戌（初二日），福建总督李率泰奏：“总兵官李长荣等出洋会剿逆寇张煌言，击败贼众五千余人，擒伪总兵张贤等，并获船只、器械”。下部察叙。
癸亥（初三日），颁赐荷兰国王段匹、银两，以二年冬助剿‘海逆’有功也。
浙江总督赵廷臣奏：伪将军郑殷就抚。
秋七月甲午（初五日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：“自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只”。下部知之。
丁未（十八日），以福建水师提督施琅为靖海将军，承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富副之；征剿台湾。
八月戊辰（初九日），浙江总督赵廷臣奏：伪兵部侍郎蔡昌登等投诚。
甲戌（十五日），浙江总督赵廷臣奏：“逆渠张煌言盘踞浙海多年，其下伪官节次招降，独张煌言抗不就抚。臣与京口将军刘之源先後发书遣使谕以祸福，劝其去逆效顺；张煌言至死不悔，虽将随从兵弁船只起发进关，犹借名归隐，徜徉海外。臣即驰赴定海会商水陆提督哈尔库、张杰，分遣将士、配坐船只，由宁、台、温三路出洋搜剿；毁其贼巢，歼其余党。侦知张煌言披缁远遁，密令饶勇将备徐元、张公午扮成僧民，随带健丁火器潜伏普陀山一带，仍拨将弁扼守要路以防奔窜。至七月二十日，了望朱家尖有赶缯船一只；急举火器前击，获有活口林生、陈满等，知张煌言见在悬山范嶴。徐元等即驾所获贼艘，尾随八桨兵船，令活口林生等仍扮差回原船，使之不疑；乘夜进一小港，从山後觅路突入帐房，遂擒张煌言及其亲信余党。搜出伪视师兵部银方印一颗、伪关防九颗，枪炮、盔甲、旗繖等物。三省之出没渠逆，一旦生擒；凡经过宁、绍、杭各府，百姓聚观如堵。从此奸宄绝蹟，海宇肃清”。得旨嘉奖，下部议叙。
己卯（二十日），湖广总督张长庚奏：“靖西将军都统穆里玛、定西将军都统图海等率禁旅与三省绿旗兵合剿西山巨逆郝摇旗、刘汝魁等，业经授首。独李来亨拥众茅麓山，最为险峻；官兵昼夜环攻，贼势穷迫，其党陆续下寨归降。八月初五日，李来亨全家自缢，举火焚巢，官兵搜剿余党。楚寇荡平，金师奏凯”。下部议叙。
九月丙午（十八日），广东总督卢崇峻奏：“平南王、将军、提督等统领官兵於八月十二日进剿碣石卫贼巢，擒斩贼首苏利，俘获余党万余；贼寨荡平”。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十五日），福建总督李率泰奏：“官兵会剿茶子畲山寇，生擒贼首余角，余党俘斩无算，各峒寨悉平”。下部察叙。
冬十月丙寅（初八日），靖南王耿继茂奏：“荷兰国出海王於八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，於十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾”。下部知之。
戊辰（初十日），‘海逆’张煌言伏诛。
康熙四年乙已（一六六五）春正月庚戌（二十三日），福建总督李率泰奏：“闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞，总兵官刘进忠等进剿，於三年九月初四日亲统官兵阵斩逆贼七千有奇，招抚男妇一万三千余名。在事有功人员，应请议叙”。下部议。
二月己未（初二日），广东潮州总兵官许龙奏：“舟师直抵碣石，逆贼苏利势穷，逆属及伪副将陈耀等就抚，获贼艘九十七只”。
丁丑（二十日），谕吏部、兵部：“广东逆贼苏利反叛，地方官多罣罪戾。今思苏利以投诚住居内地仓卒叛乱，与外来贼寇失於防御者不同。且当苏利反叛之际，该省王及将军、总督、提督即以本省兵力将逆贼剿灭，地方荡平。其系苏利反叛一案，凡地方大小各官之罪，俱着宽免”。
夏六月丙辰朔，调朱祚昌为直隶山东河南总督（由福建总督调）。
秋七月丁酉（十三日），正黄旗精奇尼哈番郑世袭奏：“微臣悔罪归诚，乞赐母子完聚”。得旨：“郑芝龙罪大正法，因将伊妻收养；郑世袭知伊父之罪，既经投诚，其母颜氏着给伊完聚”。
己亥（十五日），平南王尚可喜奏：广东饶平总兵官吴六奇老疾不能供职。上念吴六奇有投诚防汛功，命其子吴启丰以副将管广东饶平总兵官事。
八月庚午（十六日），兵部议叙康熙二年进取金门厦门、康熙三年改克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左督都、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。
总兵杨富以进援中伤落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等、授职有差。
九月己丑（初六日），福建总督李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破‘海寇’，斩伪将乌角车等。
冬十月庚辰（二十八日），浙江总督赵廷臣奏：郑逆伪左都督朱英自澎湖率众投诚。
十二月己卯（二十八日），兵部议覆广东镇海将军王国光奏：郑逆贼夥向泊铜山、炫锺等处，复驾船七十余只冲入甲子所港口挽泊。得旨：“设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫锺等处贼船挽泊，提、镇官等并末带领官兵扑剿；至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀。後贼船直冲入甲子所港口挽泊，广东水师各官亦未迎截。如此，则设立水师提督何用！以後贼船再至，提、镇官如不亲领官兵扑灭，贼遁不跟踪追剿及不豫檄附近省分截杀，仍沿旧习若罔闻知，定行治罪”。
以上见康熙朝‘东华录’卷一（原康熙一至五）。