命福建水师提督带兵四千，驻紮海澄县；左路水师总兵官带兵三千，驻紮闽安县；右路水师总兵官带兵三千，驻紮同安县。
康熙二年癸卯（一六六三）春二月壬寅（初三日），湖广提督董学礼奏：“前奉命会剿湖广西山巨寇李来亨、马腾霄、党守素等，随同郧阳总兵官穆生辉、襄阳总兵官于大海、辰常总兵官高守贵统领官兵三万人凿山关道，以正月初五日进至李家店，遇贼兵万余人；各路奋击，斩馘过半，生擒伪总兵宗段，获旗帜、器械无算，贼党焚巢遁走。又别遣夷陵镇将恢复归州、巴东、巫山等处，直达夔州；并抚辑各处洞寨”。得旨嘉奖，下部议叙。
丁未（初八日），陕西总督白如梅奏：“提督王一正率兴安总兵官于奋起、河北总兵官鲍敬进剿逆贼郝摇旗；至房县横水地方，伪罗军门将万余人拒战。大败之，杀贼兵无算，生擒贼一百七十三人徇於军，大获盔甲、器械”。下部察叙。
丁巳（十八日），兵部议准平西王吴三桂奏，请将云、贵二省总督、巡抚敕书撰入‘听王节制’四字。从之。
戊午（十九日），授投诚伪侯陈豹为慕化伯，给三等伯俸。
庚申（二十一日），兵部议覆：“广东镇海将军王国光奏：总兵官许龙标下官兵夺获贼船，生擒伪都督邵应祚，杀贼八十余名，擒贼夥十三名；为数无多，例不议叙。应令该督酌量奖赏，以示鼓励”。得旨：“据奏官兵入海夺获贼船、生擒伪都督，尔部比照陆地以擒杀无多、不准议叙，不合；仍着议叙具奏”。
三月壬辰（二十四日），荷兰国遣出海王统领兵船至福建闽安镇助剿‘海逆’，又遣其户部官老磨军士丹镇、总兵官巴连卫林等朝贡；上嘉之，各赐银、币有差。
夏四月辛丑（初四日），湖广总督张长庚奏：“提督董学礼同各镇将等由鱼刺坡进抵长坪，於三月初九、初十日大破逆贼李来亨，擒杀贼党；攻进双龙观、三白垭二关，逆贼焚巢遁走”，下部知之。
五月丁亥（二十日），湖广提督董学礼奏：“提镇各标将弁共招抚西山余党洞寨一百四处，缴到伪敕印一百六十余件”。下部知之。
六月乙卯（十九日），兵部议覆：“平西王吴三桂奏：李定国之子李嗣兴从边外投诚，缴伪册宝、印札、带领官弁兵丁家口一千二百余名、象马无算；应照例议叙”。得旨：“李嗣兴，着授都统品级；以下各官，从优再议”。
秋七月甲午（二十九日），湖广提督董学礼奏：“逆贼李来亨遁踞谭家寨，大兵四面围守；六月二十七日五鼓，大雾，贼乘势突出，分犯塘汛。各镇标兵夹击，斩首七百六十五级，生擒七十三名”。得旨：“事平察叙”。
八月己酉（十四日），靖南王耿继茂奏：“伪尚书参知军政事蔡雷鸣委曲开导海寇向化之路，密令其子伪侍郎蔡协吉、伪通政蔡源等携眷来归，真心效顺；应请叙录”。下部议。
庚戌（十五日），福建投诚伪同安伯郑鸣骏奏报：“伊兄郑泰集众投诚，为侄郑锦设计羁留，投缳自经；遗命子郑缵绪统所部文武各官四百余员、水陆兵丁七千三百余名，各带家眷驾舟舰一百八十余号直抵泉郡港口投诚，并缴伪敕印等件”。上深嘉之，下部议叙。
甲寅（十九日），以流贼余孽郝摇旗、刘体纯、李来亨等窜伏郧襄山中，猖獗梗化；命都统穆里玛为靖西将军、都统图海为定西将军，同都统辅国公宗室穆琛、护军统领孙达里、都统觉罗巴尔布、护军统领科尔昆统兵往剿。
乙卯（二十日），浙江巡抚朱昌祚奏：“伪侯周崔芝，乃郑逆腹心；其子周家政弃逆效顺，賫送伪印、关防，同其兄弟及伪镇将领兵丁家口、百姓男妇齐进温州黄华关，随就近安插”。下部知之。
庚申（二十五日），授福建投诚伪同安伯郑鸣骏为遵义侯、伪永成伯郑缵绪为慕恩伯。
九月辛未（初七日），靖南王耿继茂奏：伪庆都伯王秀奇投诚。
福建总督李率泰奏：“伪忠靖伯陈辉率文武伪官一百三十三员、兵一千六百名、家口八百余名投诚”。得旨嘉奖，下部议叙。
广东总督卢崇峻奏：“广东香山等县如黄、梁都、三灶诸处皆在海岛，为盗贼渊薮，驾艇剽掠；遣发官兵，令广州总兵官张国勋总统，分布搜剿。共擒斩逆贼赵劈石等二千三百余名，边界顿清。张国勋躬亲调度，诸府分猷效力”。下部察叙。又奏：“粤东贼首李宗韬攻劫长乐、永安、兴宁等县界，臣会同提督杨遇明遣官讨平”。下部察叙。
己丑（二十五日），管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：“伪统领挂宁南将军印左都督陈舜穆率辖下总兵二员、副总兵六员、参将二十员、游击十九员、都司三员、守备一员、兵部主事一员、工部郎中一员、监纪推官二员、兵丁一千名投诚”。
冬十月丁酉（初三日），福建总督李率泰奏：“伪副统领何义，乃郑锦所倚得力之人，今同伪总兵魏明等率众来归；请从优录叙，以示鼓励”。下部知之。
庚子（初六日），四川总督李国英奏：“巨寇刘二虎、李来亨、郝摇旗、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云七家出犯巫山，水陆诸将戮力战守，得全危城；乞迅发大兵乘胜剿灭”。下部知之。
壬寅（初八日），福建总督李率泰奏：“延、建等处皆高山峻岭，贼首王铁佛等倚险结巢；建宁、延平、邵武将弁统兵克期夹剿，三路齐进，奋勇力战，杀贼一百一十七人，生擒王铁佛等六十八人正法”。又奏：“海逆郑锦遣伪副将林维等率舟师由海门欲乘风直入海澄，烧新造战船；提臣施琅密遣守备王明等水师夜半直抵海门，贼〈舟宗〉前来拒敌，我兵奋勇杀伪副将林维等，生擒贼将兵丁共一百二十五名，夺获船只、器械”。得旨嘉奖，下部察叙。
十一月丁卯（初三日），福建总督李率泰奏：“海寇五百余人由梁山侵犯海疆，总兵官王进功、参将折光秋夹击，大败之；杀贼一百六十余人，生擒九人”。下部察叙。
戊辰（初四日），靖南王耿继茂奏：“伪平国公郑芝龙子郑世袭，素蓄归顺之心。缘郑成功携往台湾；及郑成功暴亡，复被逆孽郑经带回厦门，脱身无术。至是，乘间率伪文武官二百二十四员、水陆兵一百二十名家口、船只、盔甲、器械等物投诚。又伪都督郑赓，系同安伯郑鸣骏之弟；携带官兵共三百一十五员名、家属共三百四十二名口投诚”。下部议叙。
乙亥（十一日），靖南王耿继茂奏：“伪左都督杨富纯率伪都督佥事陈宗等文武官二百三员、兵丁三千二百二十五名并战舰、盔甲、器械等物投诚”。下部议叙。
浙江总督赵廷臣奏：“伪靖波将军侯阮美率弁兵家口共三千六十六员名投诚”。下部议叙。
十二月甲午朔，靖南王耿继茂、福建总督李率泰等奏：“十月二十一日，臣等统率大军渡海攻克厦门，贼众惊溃登舟；水师提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩首千余级。乘胜取浯屿、金门二岛，逆贼郑锦、周全斌等势穷宵遁”。得旨：“据奏官兵进剿海逆，克取厦门、金门，焚毁贼巢；具见王等调度有方、将士用命，克奏肤功，深可嘉尚！荷兰国出海王率领舟师协力击贼，亦属可嘉！在事有功人员，俱着察明议叙”。
丙申（初三日），靖南王耿继茂等奏：“十月二十八日，逆贼郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死。请将官兵分别赏赉，以示鼓励”。得旨嘉奖，下部察叙。
己酉（十六日），平南王尚可喜奏：“官兵进剿蜑贼，擒伪恢粤将军周玉、伪军师林辅邦及贼兵二百七十六名，斩首二千六百三十七级、焚贼船一百三十一只”。下部察叙。
康熙三年甲辰（一六六四）春正月丙子（十三日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄、眷属等赴闽投诚。下部察叙。
甲申（二十一日），四川总督李国英等奏：“蜀中巨寇刘二虎、郝摇旗、袁宗第抗抚负固，蒙遣西安将军傅额禅、副都统杜敏统领大兵会同督提进剿；於康熙二年十二月二十三日师次陈家坡，偪近贼巢；满、汉兵奋勇剿杀，贼遁入天池寨。杜敏等统兵追剿，刘二虎势穷自缢，郝摇旗、袁宗第夜遁。杜敏等复追至黄草坪，大败贼众。擒郝摇旗、袁宗第并伪王朱宗蒗等。数万巨寇，一朝扫平，无一漏网”。得旨嘉奖，下部察叙。丙戌（二十三日），福建总督李率泰奏：“原任提督侯马得功妻刘氏、子马三奇等呈称：马得功统领水陆官兵攻取厦门、金门二岛，力战身死；请赐恩恤，以慰忠魂”。得旨：“马得功舍身死战，堕水殒生；着从优议恤”。
己丑（二十六日），授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
靖南王耿继茂奏：“臣生长边陲，幼〈娴，夕代木〉武备；前蒙太宗、世祖恩加世袭。今年虽未迈，疾病相仍；臣子耿精忠侍从有年，未谙军旅。恳赐遣归，俾臣力疾教训，以备驱策”。上以其情辞恳切，允之。