同治元年三月，总兵林向荣闻变，遣安平协副将王国忠（嘉义人）、游击颜常春（龙溪人）赴嘉义。常春带番勇百余名，至柳仔林，遇股首黄猪羔伏中途邀截，且战且行，二十八日，达邑城，与国忠所带水师五十名，仓卒备城守。日暮，猪羔纠党攻城，冐死攀堞上，守者掷以瓦石，不动，燃火药掷之，始惊溃。兵勇开门逐贼，贼乘势抢掠而遁。先是百姓误传贼不害良民，及见贼肆焚掠，乃大惧戒严。
夏四月，猪羔复纠埤堵罗猪羔、湖仔内罗昌、柳仔林黄万基、黄大戆等贼，引戴彩龙（即戴云从）、陈弄、严办等来犯。三庄为附县要隘，台湾每滋事，嘉义必遭围困者，皆由三庄附贼，南北声息不通故也。于是绅士王朝辅、陈熙年等同至城隍庙，誓同心拒贼。时贼锋甚炽，城中饷馈断绝，殷户许山（名安邦）倾家赀以给军，复编籍城中贫民，每日按给钱米，始终不懈。
五月十一夜，地大震，城圯数丈。西门外土墙倾塌，守兵退入城。贼争顾抢掠，百姓乘夜运木石填塞圯处，安炮据守，天明贼不能入。凡血战三阅月，至林镇来援始解。
四月初七日，挂印总兵林向荣统兵三千发郡城，以都司陈宝三为总带，同知寗长敬办理粮台。初九日，军次枋埤，立五大营相犄角；贼据南靖厝、后寮仔相持，以八掌溪为界。戴彩龙纠陈弄、严办、黄猪羔、赖阿矮、王新妇、黄房、黄山虎等，悉众数万来犯。时霖雨溪涨，饷项俱屯盐水港。二十八日，贼据白沙墩，断我粮道。翌日，官兵出营逐之。义首林有才火药垂罄，向澎湖兵借用不许。已而贼由后包抄，澎军腹背受敌，守备蔡守邦、署把总李连陞、外委周得荣被迫落水死。自是青寮、后壁寮皆从贼，而粮道为所断矣。贼轻官军，有溪南贼目执旗当先，二贼以藤牌鸟枪翼之，直犯林有才营。有才戒营中伏不动，待其迫近，忽炮响一声，三贼具中炮倒地，余贼皆夺气，诸军乘之。忽大雨，乃罢。
五月，兵备道洪毓琛派千总龚朝俊带屯番五百名、从九品陆晋带勇二百名护饷来援。晋令乡勇分带饷银于身上，众尽生心。初五日，至安溪寮，遇贼猝至，晋为其下所杀。朝俊且战且行，歛众劄营于安溪寮。初七日，贼乘胜攻大营，官军大溃，军装尽失，澎湖把总周允魁战死。朝俊分军应援，遇林镇于荒野，仅有二卒，乃相与退守安溪寮。初九日，移驻盐水港，收合溃众。洪道赶造军械，源源接济。林镇堂弟千总林向日在厦门原籍募亲兵五百名到台，兵势复振。于是股首柳仔林黄猪羔、店仔口吴墙俱请降。时嘉义被围日久，林镇选精锐八百名，以林有才、王飞琥为前锋，分遣署守备龚朝俊、把总寗长泰、外委柯必从、勇首李志扬、李成龙、屯番把总段得寿、屯番外委刘尊贤等分道赴援。六月初八日、转战至城下，击贼破之，阵擒股首王新妇、黄房等，贼营皆溃，嘉义围解。林镇驻师嘉义，欲就地捐派，声息颇达于郡垣。七月，洪道趣林镇进军斗六门，向荣不得已率副将王国忠等悬军深入，为贼所围。
九月，斗六不守。洪道遣候补未入流姚僮募南路粤勇五百名，添调屯丁五百名驰赴嘉义，与署知县白鸾卿、参将汤得陞合力守御。时群贼议攻嘉义，伪军师刘仔屘谓戴逆曰：「斗六既陷，各处破胆，若悉锐鼓行而南，郡城必望风瓦解。郡城既得，嘉义不攻自破。今以全力攻一小邑，嘉义城坚而众协，急切未易下也。」不听。于是降贼黄猪羔复叛，纠陈弄、严办、吕仔梓、廖有誉、廖谈、洪花等复围嘉义。北路贼何守、陈鮄皆率众助攻，毁拆民居，环筑土围，数十步立一炮台，高与城楼等，以瞰城中虚实。严办、廖谈、洪花等妻妾皆立阵前督战。城内绅士王朝辅、岁贡陈熙年、总理蔡鹏飞等设联义局，抽市厘，派民兵，轮流守城，无日不战，至明年二月吴提军来援，始解，被围又六阅月矣。
十月二十一日，严办纠番仔溜（溜即向朝江，又名向趣，即劫杀陆晋者）、猫顺等攻盐水港，义首李丙寅、李志镛拒之，附近之麻豆庄义首李成龙、李朝魁、查亩营举人刘达元亦遣勇助战。溜中铁钯，顺破腹，俱死。擒斩剧贼张有成等六名。贼死伤甚多。时陈弄、黄丕建屡攻涂库，为陈澄清所败。自是不敢复窥郡治，恐两地议其后也。
十二月，署水师提督朴勇巴图鲁吴鸿源统兵三千抵郡城。明年正月初十日进军盐水港，号令严肃。洪道饬镇中游击洪金陞、左营游击叶得茂选兵四百名，同知张启煃、盐大使秦恩培募勇一千为前导。时鹿仔草陈姓向军中随员陈策明纳款，愿为乡导，策明信之。十五夜，率州同衔施廷仁、守备徐荣生带兵千余，由鹿仔草迳进，以叶得茂为前锋。路过梅影厝，而埔心、南靖厝后寮贼由后包抄，大仑、二重沟群贼纷起响应。得茂与千总林茂生（金门人）陷阵战死。把总吴祯祥与荣生据险横击，歛军徐退。时将士多染疾疫，总理柯得安谓镇道两次败亡，死难者众，请设祭以慰忠魂，从之。遂诹日于较场致祭，吴帅亲诣哭奠，哀动三军。于是沿途捕斩贼党，派海坛游击吴邦基、金门游击李懋德（俱同安人）扼守后壁寮。二月十二日，攻破上树头贼庄，进攻马稠仔后庄，杀贼八十余。吴帅移军下加冬，密饬吴邦基就军中虚立旗帜为疑兵，遣洪金陞分驻白沙墩，通判杨兴邦、张启煃前至永堀头，以壮犄角。令店仔口降将吴志高（即吴仔墙）为乡导，亲统游击周逢时、守备苏吉良诸军进发。令金厦精兵攻后寮仔，毁之，获伪元帅先锋十八名。是时贼党王禄拔、臭头钵据守马稠后庄，与官军相持，遏其救城之路，飞书赴陈弄告急。有林镇稿识陈吉生（嘉义大脚殿人），为陈弄所得，掌其书记，至是阴嘱降兵蔡某诈报彰化已失，弄大惧，欲遁。乃分其党援王禄拔，而使吉生覆信，令拔坚守，约三更救兵必至。吉生私改云：「彰化已失，令各营三更尽撤」。群贼接信，皆狼狈撤回。是夜，提督吴鸿源督吴志高诸军由店仔口直抵城下，城中开门夹击，贼纵火遁去。逆叔戴老见率降番二百余名接战，番勇见贼势已溃，执老见来归，诛之，围乃解。自上年九月贼以全力围困嘉义，许山家赀既匮，继以所蓄桂圆按口分给，民多掘草根煮败革为食，许山之媳何氏出私财散给，继买仙草干熬冻以济军，得延数日残喘。若吴帅之军不亟至，则城已难守矣，许山素患足疾，至是脱体，人以为忠义之报。
陈弄既归，知为吉生所绐，执而诘之。或问吉生于改信之后，何不乘间亡去？吉生笑曰：「余纠合同志数十人欲于途次执弄以归，为林镇报仇；事之不成，天也，何足悔哉」！贼躶缚之，以铜钱数千烧红，遍贴其体，血肉狼藉，吉生大骂而死，不肯扳一人。
时吴帅所部诸将，以苏吉良、徐荣生为冠军。吉良先后三百余战，连破刘厝庄、小定厝、上涂沟、下涂沟数十匪庄，锋甚锐，而洪道误闻蜚语，催进军。吴帅惩林向荣之败，欲扫清附贼村庄，疏通道路，然后移师规复彰化，方为万全。夏四月，剿南靖厝，其地竹围坚密，吕仔梓之妻系南靖厝人，与贼渠罗彭湖抗拒甚力。吉良力战，禽斩伪大将军何钱鼠、罗彭湖、伪副元帅叶新媍、伪局长不潭等多名，梓妻中炮死，遂大破之。五月剿严办于新港，破走之，进剿大仑，吕仔梓乞降。
罢水帅提督朴勇巴图鲁吴鸿源，以曾元福代之。
论曰：余尝揽辔过诸罗城下，父老为余指顾逆贼攻城屯札之处，及百姓所以守御者，旧垒存焉，未尝不肃然起敬，而叹我国家德泽之入人者远矣！自台湾辟地，至今垂二百年，其间鸣狐篝火之徒，随在窃发，而嘉义处台、彰之中，每先受其害。其民之血战死守，至于势穷力匮而不忍变者，虽张许之守睢阳，孝宽之存玉璧，无以过之，抑何其壮也！今则历年既久，其间祖父蒙尚义之嘉，其子孙仍守知方之训者，盖比户相望。然后叹我朝一字之褒，所以维系民心、鼓励风节者，意至深远也。夫以戴林诸贼之覆灭不旋踵如彼，此都人士之荣褒如此，顺逆之几，已昭然矣，人何乐而为逆贼哉？