同治朝（十三年日兵侵台事件除外）。在这一时期，台湾对外关系愈趋复杂；先则各口正式开市，继之纠纷迭起。台湾先行互市的要求，原由美国提出；而先到台湾开始正式通商者，却为英国。英领事郇和（ＲｏｂｅｒｔＳｗｉｎｈｏｅ）於咸丰十一年六月抵台，遂定议以沪尾为口岸，并於同治元年（一八六二）六月二十二日开关徵税。後以福州关税务司法人美理登（ＤｅＭｅｒｉｔｅｎｓ）请将鸡笼作淡水子口、打狗港（今高雄）作台湾府子口，经通商大臣李鸿章议改子口为外口，鸡笼於二年（一八六三）八月十九日设关启徵，安平（即台湾府口）与打狗亦於次年继之（此两口开关文件缺）。
於是原定台湾、淡水二口，至此成於四口。六年（一八六七），发生有美船罗妹号（Ｒｏｖｅｒ亦译作罗发）事件。是年二月初七月，罗妹号在红头屿（现称兰屿）遭风冲礁击碎，船长以下十四人驾划逃生，至琅〈王乔〉龟子角鼻山登岸，被生番杀害十三人。随後美国驻厦门领事李让礼（ＬｅＧｅｎｄｒｅ亦译李善得或李仙得）乘兵船至台，照请台湾镇、道拨兵会剿；台湾总兵刘明灯等虽允设法查办，而美舰采取直接行动，轻进受挫。
待刘明灯统兵进至琅〈王乔〉，而李让礼却已亲入番地，与头目卓杞笃迳行交涉，议定和约；且要求刘明灯撤兵免究，就此了事（李让礼於次年二月曾再往番地，详见文丛第四六种台湾番事物产与商务。十三年日兵侵犯琅〈王乔〉，又作了日兵的向导。关於罗妹号事件，所有文件，因已收入台湾文献丛刊第四六种：台湾番事物产与商务书中作为附录之一，本书不再重复；请参阅前书）。七年（一八六八），又有樟脑纠纷与壮勇杀死教民事件。台湾樟脑向归官售，英商必麒麟（ＷＡＰｉｃｋｅｒｉｎｇ亦译北麒麟）等则勾通奸人潜入内山及梧栖等不通商口岸设栈自行收买，被官阻截；加以壮勇杀害教民等案陆续发生，形势极为严重。於是闽浙总督英桂委派兴泉永道曾宪德渡台查辨，与英领事吉必勳（ＪｏｈｎＧｉｂｓｏｎ）议商樟脑章程。讵吉必勳性情粗暴，必麒麟等又复怂恿其间，遂於十月初八日率领武官〈口茄〉当（Ｇｕｒｄｏｎ）管驾兵船两号至安平示威。
十二日，〈口茄〉当竟向安平开炮，并率兵登岸占踞营署，杀伤兵勇；副将江国珍仓猝遇变，自戕殒命。同日，澎湖领饷师船，亦被〈口茄〉当掳去。後经双方协议，樟脑章程仍照原议办结；所有两国失职官员，亦经後来分别议处（关於这些事件的内情，书末所辑附录二，可供参考）。同年，又有英、德人合谋占垦大南澳事件。有英人名康（Ｈｏｒｎ）者，承领称为咸伯（Ｈａｍｂｕｒｇ亦译汉堡）国领事的德国商人美利士（ＪａｍｅｓＭｉｌｉｓｃｈ）所给执照，前往噶玛兰（今宜兰）大南澳伐木垦荒，经地方官制止无效；後由总理衙门照会英、德两使查禁，并未戢止。次年，美利士且亲至大南澳视察，康更积极开垦。
美利士後并自沪尾、鸡笼运载食物、火药赴苏澳贩卖，且向山民勒抽勇费勇粮，私典煤山、偷运樟脑。几经总理衙门交涉，始由英、德两使饬令离去占垦之地。此外，同治六年预筹与各国修约，总理衙门所拟条说与福州将军英桂覆奏，均曾议及台湾穵煤一事；七年四月英使所送修约节略，并提出台湾樟脑应禁包揽；八年（一八六九）九月与英新修条约善後章程，亦有关於鸡笼煤矿开采之约定。再，九年（一八七○）因天津教案所引起的筹肪措施，亦曾及於台湾。
附录一，嘉庆及道光前期有关台湾外交史料。按故宫博物院曾搜辑嘉庆（一七九六～一八二○）及道光元年至十五年（一八二一～三五）有关各国交通之文书，以补筹办夷务始末之不足，并以清代外交史料之名印行。本书所取，大多为琉球与日本遭风难船漂泊事件；而道光四年（一八二四）间闽浙总督赵慎畛奏参防犯夷船不严之摺谕，与後来之鸦片战争有关（惜清代外交史料一书不全，嘉庆二十一年至二十五年及道光十一年六月至十五年均付阙如，可能尚有资料遗漏）。
附录二，同治年间台湾壮勇拆抢教堂杀死教民案。故宫博物院另辑有文献丛编，其所集教案史料中存有台湾壮勇拆抢教堂杀死教民案（见文献丛编第三十辑），即为同治七年与樟脑纠纷相关联的事件。该院缀有前言云：同治七年三月十九日，台湾壮勇居民殴伤教民高长，并将教堂拆抢；四月十一日，复杀死教民庄清风。同时，更有扣留英商潮脑，札伤洋行夥计等案发生。初由英领事向地方官交涉，地方官始不收理；收理後，复淡然视之。英领事遂带领兵船，占踞安平，杀伤兵勇、焚毁军装火药等局库：时为同治七年十月十二日；延至八年二月结案。筹办夷务始末同治朝卷六十五所载奏摺，与此颇有出入。按全案均为英使阿礼国（ＲＡｌｏｃｋ）给总理衙门的照会，足补筹办夷务始末之缺。
至於这本选辑对於原书资料之取舍，颇费考量。凡直接关系台湾之文件，当一概照录，自无问题；所感为难者，厥惟一般事项而涉及台湾之资料。此项资料，取则为量颇多，不为篇幅所许可；舍则对於某一事项的发展，又不易明其所以然。最後决定：鸦片战争中闽海筹防涉及台湾者录之，江宁条约签订後伊里布、耆英等摺奏有关英人索还战俘者亦录之。英法联军之役，法、美等国所提条款涉及台湾开港问题，录之；其余在谈判中偶亦影涉台湾者，从略。英、法、美、俄四国天津条约为台湾开口通商之创始条约，全录；同治年间与其他各国所订通商条约，或谓通商各口照有约各国一体贸易或列举口岸均包括台湾、淡水在内，因事同一律，从略。咸丰十年（一八六○）九月北京续约订立後有代运南漕之议，云美商情愿领价采买台米、洋米运津；後经总理衙门参酌曾国藩、薛焕等议奏，未予实施。此事虽涉台湾而不果行，且牵连借助外兵攻剿太平军问题，文案繁复；略之。津约实行後，总税务司赫德所提税务节略固仅略及台湾，却与全盘对外通商事务有关（台湾自亦包括在内），录之。同治六年以後有关修约问题亦牵连台湾在内，选录其一二。即上述所录各种资料，凡可删割部分，仍从略（均已注明略或用……表示之）。
原书对於外人的人名、地名，在道、咸两朝间有於字旁加口，如〈口英〉、〈口法〉，如〈口仆〉〈口鼎〉喳、呅咹，不一而足。但至同治朝，则已去之。固不论其当初用意何在，能随时代之转移，不可不说是进步的现象。本书一仍其旧，以存其真。至书中有关批评外人之字句，随处可见；这是历史资料，这是时代邅变的轨迹。选辑这些史料，旨在提供学者利用；诚如新近中央研究院近代史研究所印行的海防档例言所云：有关批评外人字句，均系当时当事者之主观见解。此项史料之刊行，旨在便利学者研究，务求其真，并非编者同意此种见解。（伯琴）