到咸丰二年十月，曾国藩在家守制，犹写信给友人刘蓉说：“岷樵去年墨从戎，国藩曾以书责之，谓其大节已亏。”
但是，曾国藩自己不久即碰上尴尬局面，一是母死，朝廷又命他出来办团练；二是在办团练期间父死。面对这种忠孝无法两全的局面，他采取了一个特殊的姿态：出来为朝廷做事，但不受官职。但是曾国藩的本意如何，就不得而知了。
咸丰四年八月十九日，湘军会师之后，曾国藩向咸丰帝上了一个恭谢天恩折，说自己丁忧在籍，墨从戎，“常负疚于神明”，不敢仰邀议叙，仍荷温纶宠锡，惭悚交增。“嗣后湖南一军或者克复城池，再立功绩，无论何项褒荣，何项议叙，微臣概不接受。”
在曾国藩上谢恩折后仅4天，即八月二十三日（10月14日）湘军登上了武昌城头，太平军守城将领黄再兴、石凤魁于先天夜里已带领精壮仓惶逃往武昌下游的田家镇去了。此时，杨霈的军队尚在汉阳以北，但他抢先向朝廷报捷。咸丰帝看了他的奏报，批道：“曾国藩等攻剿武汉情形尚未奏到。塔齐布陆路官兵，此时谅已与曾国藩水陆合为一军，着俟杨霈抵省后，商榷挑选精兵，水陆进剿。朕日盼捷音之至也。”咸丰帝对当时情况不明，指令也模糊不清。待湘军攻占武昌十二天后，即九月初五日（10月26日）咸丰帝才看到曾国藩的《官军水陆大捷，武昌、汉阳两城同日克复折》，他兴奋之极，批道：“览奏欣慰。”并立即嘉奖攻克武昌、汉阳有功人员，其中“曾国藩着赏给二品顶戴，署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎”。在这以前，朝廷任命团练大员为巡抚，已有先例，这就是诏授楚勇头目江忠源为安徽巡抚。九月十二日（11月2日）咸丰帝又批道：“览奏感慰实深。获此大胜，殊非意料所及。朕将兢业自持，叩天速赦民劫也。”
但是，在九月初五日的廷寄中，咸丰帝却埋下了一个伏笔：“曾国藩虽系署任巡抚，而剿贼之事重于地方。”聪明绝顶的曾国藩接到署湖北巡抚的任命后，立即于九月十三日（10月3日）上折，陈述了一通署湖北巡抚“于公事毫无所益”、“于私心万难自安”的道理，说自己将率后帮水师即日启行，转瞬出鄂入皖，“鄂垣善后事宜，既不能一为兼顾”，因此恳请另“简派贤员接任湖北巡抚，以重疆寄”。他在同一天给诸弟的信中说：“兄意母丧未除，断不敢受官职。若一经受职，则二年来之苦心孤诣，似全为博取高官美职，何以对吾母地下？何以对宗族乡党？方寸之地，何以自安？”又说：“兄以在籍之官，募勇造船，成此一番事业。其名震一时，自不待言。人之好名，谁不如我？我有美名，则人必有受不美之名与虽美而远不能及之名者。相形之际，盖难为情。”他一点也不掩盖自己的“好名”，然而他却想到，一旦成名，将得罪于名教，受讥于乡党，见嫉于友僚，因而深痛“功名之地，自古难居”，忠孝两全，真是难啊。