脱列哥那的摄政（1242～1246）
窝阔台死时将帝国的政权交给了自己的妻子——聪慧坚毅的哈屯脱列哥那。脱列哥那原来曾经嫁给一个蔑儿乞惕部的酋长，是个乃蛮人。窝阔台死后，她于公元1242～1246年间摄政。窝阔台的遗嘱中原本是指定他的三儿子曲出为可汗，但在公元1236年曲出在征讨宋朝的战役中被杀，于是他的长子失烈门成为新的继承人。但脱列哥那一直想让她的亲生儿子贵由（即元定宗）即位，于是她延长了监国的时间，为贵由的当选做好了准备。
脱列哥那摄政期间，窝阔台原来的几个军师，像已故皇帝的丞相、克烈部景教徒镇海，和曾在窝阔台皇廷担任理财大臣的耶律楚材等都失去了宠信。皇后更喜欢的是穆斯林奥都·剌合蛮。耶律楚材的忠言不被采纳，她反而听取奥都·剌合蛮的建议，向百姓加倍征税，给百姓增加了沉重的负担。公元1244年6月，郁郁寡欢的耶律楚材忧虑而死，时年55岁。脱列哥那还罢免了两个大臣的职务，一个是曾任突厥斯坦和撒马尔罕长官的穆斯林麻速忽·牙剌瓦赤，另一个是东波斯的总督、回纥人阔里吉思，脱列哥那将阔里吉思处死后，用翰亦剌人阿儿·浑阿合取代了他的位置。
尽管有老将察合台的竭力保护，摄政皇后脱列哥那的政权仍然不稳固。在她临朝听政后不久，成吉思汗的小弟弟帖本格·翰惕赤斤，就心怀叵测地向皇帝营帐所在地进军。另外还有钦察汗拔都对贵由的仇视。在远征俄罗斯的过程中，贵由曾因拒绝服从拔都的命令而被召回国，拔都因此对贵由一直怀恨在心，将其视为最强劲的政敌。为此，在脱列哥那准备召开忽邻勒塔大会推举贵由为皇帝时，拔都想尽办法阻挠大会的召开。但大会还是召开了，于是他称自己有病，拒绝出席大会。
贵由的统治
公元1246的春季，在离和林不远的颗颗诺儿召开了忽邻勒塔大会，一座座黄色的营帐将那里变成了失剌翰儿朵（黄色的帐幕城）。除了拔都，成吉思汗家族的所有王子都出席了，还有许多外省的总督和属国的王子，如突厥斯坦与阿姆河地区的长官麻速忽·牙剌瓦赤，东波斯长官阿儿·浑阿合，格鲁吉亚的两个王位继承者达尔·纳林和达卫·拉沙，俄罗斯大公雅罗斯拉夫，亚美尼亚国王海屯一世的弟弟三帕德元帅，小亚细亚的苏丹、塞尔柱的乞立只·阿思兰四世，基尔曼，法儿思和毛夕里等地的阿答别的代表，还有巴格达哈里发的使节等等。按照脱列哥那皇后的意志，此次忽邻勒塔大会选举她和窝阔台所生的儿子贵由王子为蒙古帝国的大汗。公元1246年8月24日，贵由正式即位。蒙古的王公们一齐摘下帽子、解开腰带，请贵由坐在金色的宝座上，向他行可汗大礼；第一次参加大会的大臣向新可汗帝行三跪九叩之礼；属国的王子、外国的大使则聚集在帐外，趴在地上向新可汗行礼。贵由在接受政权的同时也提出了一个条件，那就是蒙古帝国今后的王位只能由他的后代继承下去。
约翰·德·卜兰迦宾牧师的游记中详细记述了有关公元1246年忽邻勒塔大会的情况。当时，卜兰迦宾是被教皇英诺森四世派到蒙古的，他带去了教廷致蒙古人的信。信中希望蒙古人不要再攻击其他国家，并劝他们能够信奉基督教。公元1245年4月16日，卜兰迦宾离开里昂，取道德国、波兰、俄罗斯，于1249的4月4日到达伏尔加河下游，受到了钦察汗拔都的召见。拔都让他直接去见大汗，他便取道巴尔哈什湖以南的哈喇契丹国旧地，经过翰脱罗儿、伊犁河下游和额敏河以及乃蛮部族的旧地，于公元1246年7月22日到达了正在召开忽邻勒塔大会的“黄色帐幕城”。他参加了贵由的选举，得以一睹新皇帝的真面目，“他看上去大约40岁，最多不过45岁，中等身材，很聪明，机智，但表现得很严肃，很少看见他笑。”卜兰迦宾看见有景教徒在这个新君主的帐前做弥撒，他的主要大臣、他的教师合答和丞相镇海等都是景教徒。通过镇海和合答的介绍，卜兰迦宾向蒙古皇帝说明了教廷派他出使蒙古的目的。贵由表示对景教的关怀，但他在让卜兰迦宾带给罗马教廷的回信中，却盛气凌人，充满了恶意。在信中，这位蒙古新君主用威胁的口气，请教皇和基督教国家的王子们停止一切传教的图谋，并要求他们前往他的驻地朝拜他。贵由甚至说，他的政权就是神权，他是在代表“长生天”讲话，他是神的最高代表，是不同信仰纠纷的裁判人。卜兰迦宾带着贵由的回信，于公元1246年11月13日离开“黄帐”，取道伏尔加河下游，经过基辅，回到了西方。
就在基督教廷希望蒙古人归顺它时，亚美尼亚人却更清楚地看到了同蒙古人联盟对基督教世界的益处。于是亚美尼亚国王海屯一世派他的弟弟三帕德元帅出使蒙古。贵由热情地接见了他，并颁发给他一张文书，保证蒙古皇帝将永远保护他们，视他们为兄弟。在这次归途中，三帕德曾于公元1248年2月7日从撒马尔罕给他的堂兄弟、塞浦路斯国王亨利一世写了一封信，他在信中讲到了景教对于蒙古帝国的重要性，还谈到蒙古皇帝用崇高的礼节接见了他们，并允许他们免去赋税，还宣布从今往后任何人都不许欺负他们。这封信证实，当时的东方基督教徒们已经处在了大汗的保护之下。
一上台，贵由便开始施行新政，他认为懦弱的窝阔台统治时代和他的母亲摄政时期，政权都太开放了，他决定从严治国，就像他的祖父成吉思汗统治的时代那样，他尤为重视大汗和各王子之间的相互关系。贵由第一个调查的是他的祖叔父帖木格·翰赤斤，在皇后摄政期间帖木格·翰赤斤就企图攻击摄政皇后，十分令人怀疑，还处罚了他的亲信们。然后是伊犁的汗王察合台，察合台临死时把他的遗产交给孙子哈剌旭烈兀，哈剌旭烈兀是木秃干的儿子，木秃干早在公元1221年在围困包米安城时被人杀了。贵由开始插手察合台家族的内部事务，他废掉了哈剌旭烈兀，另立他的好朋友、察合台的小儿子也速蒙哥为王。他把自己的亲信宴只吉带派到了波斯，让他以高级长官的名义同驻摩罕地区的蒙古军司令拜住将军共事，而实际上宴只吉带很快便凌驾于将军之上。远东的奥都·剌合蛮原来一直担任着管理中国各省财政长官的职务，贵由以贪污的名义杀了他，另用自己的心腹马合谋·牙剌瓦赤。克烈部景教徒镇海被贵由重新起用，任命为丞相。贵由把臣属国的格鲁吉亚，分给了两个王位竞争者达卫·拉沙和鲁速丹皇后的儿子达卫·纳林，前者获得哈儿特里，后者则获得了亦米恭忒。在小亚细亚的塞尔柱苏丹国（科尼亚），贵由把王位封给了乞立只·阿思兰四世，而不是凯哈武思二世。
看到成吉思汗家族的其他各支系都已开始利用各种机会扩大自治权，贵由便开始有意地限制他们，不料却遭到了术赤系的领袖拔都的公开反对。公元1248年初，二人关系急剧恶化，双方都做好了兵戎相见的准备。贵由借口他在敏河流域的世袭领地遭受到威胁，从和林起兵，悄然向西进军。而拔都则接到了唆鲁忽帖尼公主的秘密情报，派兵从斜米列契耶（七河）地区到达了阿历麻里，一场冲突在所难免。想不到就在此时，贵由却由于过度沉溺于酒色而突然去世，享年43岁。贵由的野心很大，他不但要征服钦察汗，而且要去征服整个基督教世界，因此从某种意义上来说，他的突然死亡的确使欧洲避免了一场灾难。他死后，拖雷家族的继承者即位，先是蒙哥，后是忽必烈，他们立刻将蒙古征服者的目标从西方转移到了东方。