三十一二年三月，允炆以都督朱忠調沿邊各衞馬步官軍三萬屯開平，王府精壯悉選調隸忠麾下，王府胡騎指揮關童等悉召入京，調北平永清左衞官軍於彰德，永清右衞官軍於順德，以都督徐凱練兵於臨清，以都督耿瓛練兵於山海，張昺布置於外，謝貴窺伺於內，約期俱發。時太子、漢王、趙王皆在京守喪，齊泰曰：「三人在此，宜先收之。」黃子澄曰：「不可，恐事覺，彼先發有名，且得為備，莫若遣歸，使坦懷無疑也。」乃遣歸。尋悔，遣人追之，至途，不及而回。
齊泰等乃密謀令人上變告，適上遣人來奏事，齊泰喜曰：「事機就矣。」遂執之，鍛鍊成獄。即發符逮王府官屬，且令謝貴先發，（「且令謝貴先發」，原無「令」字，據明天一闊抄本補。）密約長史葛誠為內應，宋忠等為外應，令王府人無大小獲之必盡殺。六月，謝貴等以在城七衞并屯田軍士布列城中，填滿街巷，逼圍王城外墻。報者曰：「軍馬圍外墻。」上以為操練者休息墻外，不知軍馬逼圍。謝貴等又以木柵斷端禮門四路。有來言者，上曰：「我病少出入，門聽其塞。」貴等騎馬張蓋，過王門不下，又殺守王城卒，上皆不理。謝貴等乃令軍登城，擐甲執兵，望王城射箭，四面鼓譟，震動城野。上聞之，曰：「此何為者？」朱能、張玉等泣曰：「外勢若此，誠可憂，臣等坐為魚肉矣。」上慰遣之曰：「我與若等奉公守正，何有異聞而乃至此？今外雖洶洶，久當自定，勿憂也。」時官屬已有逃入佛寺藻井上謀為旦夕計者。
未幾，削爵詔下，朱能等復泣曰：「今幼主昏蒙，姦臣執柄，謀害宗藩，圖危社稷，立未幾時，諸王芟夷殆半，臣屬皆誣以大逆，誅戮妻孥，及於宗族，可為寒心。殿下居國，何有過失，一旦無釁而妄削名爵，兵刃四集，以相圖也。事危勢迫，禍不可測，殿下坐以待之，臣等死不足惜，但傷太祖高皇帝創業艱難，封建諸子，相傳萬世，陵土未乾，而諸王蒙患，國除身滅，誣以不道之名，他日誰為雪寃？受屈萬世。殿下縱愛其身，以守區區之小諒，奈太祖高皇帝宗廟社稷何？况身亦未必能保也。」上亟止之曰：「今雖削吾爵，猶或可白，若等勿輕發言，恐出而招禍，是自取族爾。」能等復泣曰：「誰不愛其死，臣等寧死於陛下之前，不忍死於奴隸拷掠刀鋸之下。」言訖悲不能止。
七月癸酉，有醉卒磨刀於市，鄰舍媼問曰：「爾磨刀欲何？」醉卒厲聲曰：「殺王府人。」媼竊以告。會都指揮張信密來告，謝貴等伏兵約守城軍昏暮俱發，驅入王府為變。朱能等潛遣間往覘之，果然。能等請曰：「事急矣，語曰『先發者制人』，（「語曰先發者制人」，「制」下原有一「於」字，據明天一閣抄本刪。）救死於水火，不可緩也。」上曰：「誠知禍機迫切，有不能免，然骨肉至親，嫌疑交搆，可以情白，俟再籌之。」朱能等曰：「臨難貴於果决，臣等雖不敢逃難，終當圖全。殿下雖曰叔姪至親，嫌疑交搆，可以情白，然禍機竊發，一落彀中，恐無自全。獨不見周王乎，戮辱困苦，下同匹夫，前事之失，後事之鑒。不如且以其自救，幸而不亡，冀其改悟，猶或可解。若徒交手受戮，後雖悔之，無及也。」上曰：「事既迫切，不利於我，我當告於父皇母后天地袖明，寧自裁决，以明予心。」張玉等曰：「此匹夫匹婦之為，豈殿下之所為乎？」上曰：「夫危欲求安，禍欲求福，人少而事大，不能求安而反阽危矣，不能資福而反益禍矣。」朱能等曰：「古語云『人眾者勝天，天定亦能勝人』殿下之天，有時乎定矣。」上曰：「諸公堅欲如此，異日無相怨也。」張玉等曰：「今死在須臾，不得旋踵，但求貰死而已，尚何怨？」上曰：「計將安出？」張玉等曰：「護衞勇士尚餘八百，可暫入王城守衞。」（「可暫入王城守衛」，原無「可」字，據明天一閣抄本補。）上曰：「嘗聞兵者凶事也，戰者危道也，爭者末事也，誠所不欲。」張玉曰：「聖人有不得已而用之者，湯武是也。若臣等言不見聽，（「若臣等言不見聽」，原無「見」字，據明天一閣抄本補。）請從此决矣。」上曰：「必如諸公會，可以自救，但其軍布滿城市，人少，恐不足辦事。」朱能等曰：「擒謝貴、張昺，餘無能為矣。」上曰：「謝貴、張昺防守既嚴，猝亦難擒，須以計取之可也。今姦臣遣內官逮護衞官屬，悉依所坐名收之。就令差來內官召貴、昺，責付所逮者，貴、昺必來，縛之一夫之力爾。」乃藏壯士於端禮門外，遣人召貴、昺，貴、昺不來，久方至，衞從甚眾。至王門，門者呵止之，惟貴、昺得入，至端禮們，壯士出擒之，從者猶未知。移時貴、昺不出，稍稍散去，玉等盡捕之。伏者將士皆踴躍爭奮，一以當百。時圍王城軍及列隊於市者，惟聽貴等指揮，及聞謝貴、張昺被擒，皆散出，惟守九門者力戰不退。是夜，攻門，黎明已克其八，惟西直門未下。上令唐雲解甲騎馬，導從如平時，過西直門，見鬥者，呵之曰：「汝眾喧鬨，欲何為者？誰令爾為此不義之舉，（「誰令爾為此不義之舉」，「此」原作「之」，據明天一閣抄本改。）是自取殺身爾。」眾聞雲言，皆散，乃盡克九門。遂下令安集城中，人民安堵，諸司官吏視事如故。北平都指揮俞瑱走居庸關。知事不濟，退保懷來，留俞瑱守居庸關。
上親問謝貴、張昺，盡得姦惡交搆之狀，上曰：「我初不信人言，姦雄設計逞毒如此之甚，幾為其所屠矣！聞之令人心膽震悼，不知有生。」於是大慟。對諸將士曰：「我太祖高皇帝、孝慈高皇后嫡子，國家至親，受封以來，惟知循法守分。今幼主嗣位，信任姦回，橫起大禍，屠戮我家。我父皇、母后創業艱難，封建諸子，藩屏天下，傳續無窮，一旦殘滅，皇天后土，實所共鑒。祖訓云：『朝無正臣，內有姦惡，必訓兵討之，以清君側之惡。』今禍迫予躬，實欲求生，（「實欲求生」，「生」原作「死」，據明天一閣抄本改。）不得已也。義與姦邪不共戴天，必奉行天討，以安社稷，天地神明，照鑒予心。」將士聞之，皆感動流涕。俄陰晦，咫尺不相見。少焉，東方雲開，露青天，僅尺許，有光燭地，洞徹上下，將士皆喜，以為上誠心感格也。
甲戌日，通州衞指揮房勝等率眾以城來歸。丙子日，馬宣在薊州謀起兵亂，遂遣指揮朱能等率兵攻拔之，生擒馬宣。遵化衞指揮蔣玉、密雲衞指揮鄭亨各以城來歸。丁丑，俞瑱在居庸關剽掠，居民竊走來告，上曰：「居庸關山路險峻，北平之襟喉，百人守之，萬夫身窺，據此可無北顧之憂。今俞瑱得之，利為彼有，勢在必取，譬之人家後戶，豈容棄與寇盜。今乘其初至，又兼剽掠，民心未服，取之甚易，若縱之不取，彼增兵守之，後難取也。」乃命指揮徐安、鍾祥，千戶徐祥等往討之，安等攻拔其城，俞瑱走懷來依宋忠。捷至，上曰：「使賊知固結人心，謹守是關，雖欲取之，豈能即破？今天以授予，不可失也。」乃令千戶吳玉守之。上語諸將曰：「宋忠擁兵懷來，居庸關有必爭之勢，（「居庸關有必爭之勢」，「有必」原倒誤，據明天一閣抄本改。）因其未至，可先擊之。」諸將皆曰：「賊眾我寡，難與爭鋒，擊之未便，宜固守以待其至。」上曰：「非公等所知，當以智勝，難以論力，論力則不足，智勝則有餘。賊眾新集，其心不一，宋忠輕躁寡謀，狠愎自用，乘其未定，擊之必破。」