三月辛亥，曾布言：『近闻吕升卿、董必察访二广，中外疑骇。祖宗以来，未尝诛杀大臣。升卿兄弟与轼、辙乃切骨仇雠，轼、辙闻其来，万一望风引决，朝廷本无杀之之意，使之至此，岂不有伤仁政？兼升卿凶焰天下所畏，又济之以董必，此人情所以尤惊骇也。』上改容曰：『甚好！』乃诏吕升卿差充广南西路察访指挥更不施行。后三日，董必自东路改使西路。初，章惇、蔡卞恐元佑旧臣一旦复起，日夜与邢恕谋所以排陷之计。既再迫贬吕公着、司马光，又责吕大防、刘挚、梁焘、范祖禹、刘安世等过岭，意犹未慊，仍用黄履疏高士英状追贬王珪，皆诬以图危上躬，其言浸及宣仁，上颇亦惑之，最后起同文馆狱，将悉诛元佑旧臣，专媒蘖垂帘时事，建言欲追废宣仁。惇、卞自作诏书，请上诣灵殿宣读施行。皇太后方寝，闻之遽起，不及纳履，号哭谓上曰：『吾日侍崇庆，天日在上，此语曷从出？且上必如此，亦何有于我？』皇太妃同皇太后谏上语极悲切，上感悟，取惇、卞奏就烛焚之，禁中相庆。惇、卞明日再具奏，坚乞施行。上怒曰：『卿等不欲朕入英宗庙乎？』抵其奏于地，宣仁追废之议由是息，而惇、卞终不肯释元佑旧臣，京、惇进呈挚等事目，上曰：『挚等已责遐方，朕遵祖宗遗志，未尝戮大臣。其释勿治。』蔡京等奏：『定验咸阳民段义所献玉玺，篆文与秦相李斯篆文合，有鱼龙凤鸟之形，是古之虫篆。』诏令礼部、太常寺按故事详定以闻。诏苏辙移循州安置。
夏四月，化州安置梁焘卒。壬辰，林希罢同知枢密院事、知亳州，邢恕罢御史中丞、知汝州。诏：『五月朔受传国宝，以「天授传国受命之宝」为文。』
五月戊申朔，上御大庆殿受传国宝，行朝会礼。初，章惇谓：『秦玺何足贵？不过藏天章瑞物库而已。』既而京等专达，未尝关由三省，惇等不复敢一言，闻者哂之。丙寅，诏以六月朔改元为元符。曾布以为昔天书降，尝于承天门里作元符观，后以火废，则元符之号亦不甚佳。
秋七月，诏范祖禹移化州安置，刘光世移梅州安置；玉岩叟、范祖禹、刘安世、朱光庭诸子并勒停，永不收叙。韩维卒。壬申夜，云雾蔽天，地震，良久乃止。
九月，诏王珪诸子并勒停，永不收叙。庚戌，横州编管秦观特除名，永不收叙，移送雷州编管，以附会司马光等同恶相济也。壬子，宣德郎邹浩为右正言。三省呈浩元佑间所上疏云：『人才所当急，则云自古不乏才。国用所当忧，则云君子不言利。边备所当修，则云在德不在兵。』皆深中当时议论者之病，遂擢授谏职。诏郑侠追毁出身，除名勒停，依旧送英州编管。
冬十月甲午，化州安置范祖禹卒。中书省言：『元佑元年，邢恕上书言：「熙宁初，王安石、吕惠卿用事，先帝询及二人，臣具道安石之短、惠卿之奸。」又言：「太皇太后躬亲听断，并用忠良，全去弊蠹。」又言：「韩维端谅名德，乃与司马光、吕公着一等。」』诏邢恕特降授承议郎、知南安军。
十一月甲子，冬至，祀昊天上帝于圜丘，以太祖配。
十二月，邹浩尝奏论：『章惇擢登相位，于今五年，徇情废理，专务自营，力引所私，分据要路，潜谋密计，妙若鬼神，一有作为，首尾互应，惇虽不动声气，而事已倏然济矣。是以陛下之所欲用者正人也，由此沮格而不得进；陛下之所欲来者忠言也，由此壅阏而不得闻；陛下之所欲推广者仁恩德泽也，由此难于远达而不得均被于元元。是陛下之志愿未获尽伸，而惇之好恶莫不毕遂。惇虽傲然自若，以为人莫能窥，而不知其效已有不可掩者，故论其燮理，则水旱荐臻之变异常；论其表率，则诞慢相习之风弥扇；论其旁招，则非趋附其门者弗用；论其言动，则虽陵侮毁骂而必为；论其横身力荐之人，则以罪窜逐相继；论其尊君畏上之心，则遇灾而处略不引咎。』又尝奏：『臣观执政大臣，不务同心同德，以称陛下登用之意。且其不和之心既已发于声形，动于天地，为水为旱，为民物之灾矣。失今弗图，后必滋甚。抑恐四夷闻之，必有以轻议中国者，此正朝廷所以为今日之急务也。』
己卯元符二年春正月，先是，曾布累乞罢，上不许。既复就职，因言：『章惇作相，举措乖错，不为人所服，自士大夫至闾巷小人，无不昌言慢骂，刑政失当，致天下论议，如元佑之人罪戾深重者悉已贬窜，其间一言之差，一向搜求，有何穷尽？又如看详诉理事，臣亦尝言刑部厘为两司，一则断刑，一则雪罪。熙宁得罪之人，亦有曾于元丰中得雪理者，何独于元佑中一切不许诉雪？事在已往，无可言者，然其绪余尚可阔略，兼趣令结绝。』后数日，遂谕三省，令阔略在下者。而三省批旨但云『公人、军人、百姓更不看详』而已。赐故相王安石宅一区。是月，恩州地震。
二月己亥，石豫为监察御史，从中丞安惇荐也。
夏四月丁亥，以时雨稍愆，疏决在京及河南、应天、大名府系囚。己丑，诏新除工部员外郎董必送吏部与小处知州。先是，必按衡州孔平仲粜常平违法，就潭州起狱，致死者三人。