凡药有君臣佐使，以相宣摄合和，宜用一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐、使也。
又有阴阳配合（掌禹锡等按蜀本注云∶”凡天地万物皆有阴阳，大小各有色类，寻究其理，并有法象。故毛羽之类，皆生于阳而属于阴。鳞介之类，皆生于阴而属于阳。所以空青法木，故色青而主肝。丹砂法火，故色赤而主心。云母法金，故色白而主肺。雌黄法土，故色黄而主脾。磁石法水，故色黑而主肾。余皆以此推之，倒可知也。“），子母兄弟（掌禹锡等按蜀本注云∶”若榆皮为母，浓朴为子之类是也。“），根茎花实，草木骨肉。又有单行者，有相须视用使合和视之。”）。又有酸咸甘苦辛五味，又有寒热温凉四气，又有有毒无毒，阴干曝干，时月生熟，土地所出真伪新陈，并各有法也。
凡采药时月，皆是建寅岁首，则从汉太初后所记也。其根物多以二月、八月采者，谓春初津润始萌，未冲枝叶，势力淳浓故也；至秋，枝叶干枯，津润归流于下。今即事验之，春宁宜早，秋宁宜晚。华、实、茎、叶，乃各随其成熟尔。岁月亦有早晏，不必都依本文也。
凡本草说阴干者，谓就六甲阴中干之。又依遁甲法，甲子旬阴中在癸酉，以药着酉地也实谓不必然，正是不露日暴，于阴影处干之尔，所以亦有云曝干故也（今按《本草》采药干者，皆多恶。至如鹿茸，《经》称∶阴干皆悉烂令坏，今火干易得且良。草木根苗，皆恶，九月以前采者，悉宜日干，十月以后采者，阴干乃好。），若幸可而用，益当
论三品药畏恶相反内容：寻万物之性，皆有离合。虎啸风生，龙吟云起，磁石引针，琥珀拾芥，漆得蟹而散，麻得漆而涌，桂得葱而软，树得桂而枯，戎盐累卵，獭胆分杯，其气爽有相关感，多如此类，其理不可得而思之。至于诸药，尤能递为利害，先圣既明有所说，何可不详而避之？时人为方，皆多漏略，若旧方已有，此病亦应改除，假如两种相当，就其轻重，择而除之。伤寒赤散，吾常不用藜芦，断下黄连丸，亦去其干姜，而施之无不效，何忽强以相憎，苟令共事乎？相反为害，深于相恶。相恶者，谓彼虽恶我，我无忿心，犹如牛黄恶龙骨，而龙骨得牛黄更良，此有以制伏故也。相反者，则彼我交仇，必不宜合。今画家用雌黄、胡粉相近，便自黯妒，粉得黄即黑，黄得粉亦变，此盖相反之证也。药理既昧，所以不效，人多轻之。今按方处治，必恐卒难寻究本草，更复抄出其事在此，览略看之，易可知验。而《本经》有直云茱萸、门冬者，无以辨山、吴、天、麦之异，咸宜各题其条。又有乱误处，譬如海蛤之与甲，畏恶正同。又有诸芝使薯蓣，薯蓣复使紫芝，计无应如此，不知何者是非，亦且并记，当更广验正之。又《神农本经》相使正各一种，兼以药对参之，乃有两、三，于事亦无嫌。
其有云相得共疗其病者，既非妨避之禁，不复疏出。
上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人，欲轻身益气，不老延年者。其上品药性，亦皆能遣疾，但其势大和浓，不为仓卒之效，然而岁月常服，必获大益。
病既愈矣，命亦兼申，天道仁育，故云应天。一百二十种者，当谓寅、卯、辰、巳之月，法万物生荣时也。
中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜，欲遏病补虚羸者。其中药性，疗病之辞渐深，轻身之说稍薄，于服之者，祛患当速，而延龄为缓。人怀性情，故应人。一百二十种者，当谓午、未、申、酉之月，法万物成熟时也。
下药一百二十五种为佐、使，主治病以应地，多毒，不可久服，欲除寒热邪气，破积聚愈疾者。其下品药性，专主攻击，毒烈之气，倾损中和，不可常服，疾愈即止。地体收杀，故云应地。一百二十五种者，当谓戌、亥、子、丑之月，法万物枯壮时也。兼以闰之盈数加之。《神农本经》三品合三百六十五种，法三百六十五度，一度应一日，以成一岁也。今所举其纲目，以明药之品数。其《本草》中唐之所附，名医尝用加添之药，不在此例也。
论服药食忌内容：有术，勿食桃、李及雀肉、胡荽、大蒜、青鱼等物。
有黎芦，勿食狸肉。
有巴豆，勿食芦笋羹及野猪肉。
有黄连、桔梗，勿食猪肉。
有半夏、菖蒲，勿食饴糖及羊肉。