十五年，满鲁都寇榆林。山西巡抚何乔新奏：“缘边军民潜出境外伐木捕兽，猝遇虏拘执，冀得免死。遂为向道犯边。宜严禁防，凡守关之人知情故纵，俱谪发烟瘴地方充军。有能捕获者，给赏犯人财产。”从之。
十九年，镇守大同太监汪直奏：“小王子欲大举复仇，乞将直旧所统达官头目卢深等兼程赴援。”下兵部议。尚书张鹏等谓：“大同各边士马数及四万，兵亦足用，直所请姑勿许。宜敕守将合兵御虏。仍令水平、山海、辽东各边严谨提防。且言京师武备所以控制四夷，必须养威蓄锐于间暇之时，方能折冲御侮于有事之日。趁来困于差役，锐气消沮，恐一旦警急，难以调用。宜悉停其役。”诏可。
虏寇大同。总兵许宁、巡抚郭镗、镇守内官蔡新以失机下狱，命锦衣卫三法司会鞫具奏。诏宁等轻率进兵，折损官军，本当处死，姑从轻。宁降羽林卫带俸指挥，镗降射洪县知县。复命余子俊往宣大等处总督军务仓场。宣府巡抚李岳等奏：“连岁兵荒，恐言者仍以修边为事，未免动众妨农。乞暂停止，以待丰年。”事下兵部。尚书张鹏等以为差官修边已有成命，请自圣裁。诏令余子俊至彼酌量处之。
二十年，置分守宣府南路参将。顺圣川旧为牧场，其东西城未有官守。子俊以其军匠杂居，恐生他变。又十九年虏寇二城，罹害甚惨。乃请招募新军千余，设分守南路参将，驻西城。属以东西城、蔚州卫、广昌所、五城堡。
二十一年夏四月，筑宣大长城，起大同至偏头关界六百里。尚书子俊上言：“臣先巡抚延绥时曾筑长城。或斫山为墙，或立墩挑堑，西人至今赖之。今宣大地势平漫过于延绥，筑城为险，尤不可缓。欲朝廷不惜小费成此大功，使两镇之间雄峙足备。”又曰：“每城二里须墩一座，墩设县楼，以施炮石。夫炮石所及不下里余，今以两墩共击一空，为守不难。其修筑工算则一万人十日可成墩二十，为役亦不为久也。”从之。五月，京营兵来助役。子俊复言：“山西荒旱，无所须力。乞发京营兵助役。”于是都指挥顾纲率二万人至。子俊分万三千余役宣府，六千余役大同。城井坪。子俊又言：“威远至朔州百七十里，寇入，兵力不相救。且山西转运必经之路数为虏断，宜于适中置所筑城，以通警急。”诏从之。子俊乃置井坪所，调朔州军百名为十百户，而以诸州县土兵千人戍之，边塞称便。井坪城而大同之右翼全。二十二年，子俊言：“工役既兴，必得宪臣二人督理军饷，稽察奸弊。”乃命副使毛松龄、佥事周宁来宣大理军饷。此两镇有分巡之渐也。
始赋垦宣大，田子俊令庆阳府同知郭智检校宣大垦田。凡二万三千七十余顷，请每亩赋粮三升，得粮六万一千一百石，草二万七千六百束。
按是时边土尽辟，而顺圣川马房复罢，是故垦田出而粮额增也。於戏！塞下粟一石内境数钟上也，塞田垦则边储增，边储增则转输省，所关非细也。然塞田薄，每亩粮三升则似过重矣乎！
户科都给事中刘昂等劾奏：“子俊取民无度，用财无节。国家赋有定制，今则创为预征；边有常供，今则索于额外。借漕运而京储因以不充，急扌穴运而京民为之扰动。乞逮至京，明正其罪。以为大臣妄费边储之戒。”御史朱钦等奏：“子俊于凋弊之余，辄兴城堡之筑。事不酌其可否，功惟幸其必成。遂致边备空虚，群情嗟怨。”疏并入。上命工部侍郎杜谦等勘报还奏。以为子俊在边未及二年，费用官银一百五十万余两，粮料二百三十万石。虽出公用，然亦劳民伤财，不为无罪。上曰：“子俊处置乖方，费用数多。姑置不问，革太子太保，令致仕去。”
按延绥故老咸曰：镇城旧在绥德，余公迁出榆林，军民役死不下万计。至今榆林孤城悬于荒漠，劳师戍守，岁费万千。绥德藩篱竟失锁钥，虏骑长驱直闯内地，其贻谋盖不审矣。