上命总制三边兵部尚书王琼抚处。敕曰：“近该兵部覆题，该甘肃镇巡等官及先任提督尚书王宪各奏，土鲁蕃酋先年拥众侵犯甘州，残害地方，节该守臣具奏闭关绝贡。近乃遣使求贡，奸谋叵测。夷酋牙木兰等本曲先部落，叛附土鲁蕃，为彼心腹，侵轶我境。今与帖木哥、土巴等各称被土鲁蕃逼害，率众投附。有无别项蓄谋，亦难逆料。各官欲照先年事例，安插居住，以示怀远之道。但又称尔新任提督，前项事体重大，未审意见有无相同今特命尔亲去甘肃地方，会同镇巡等官再加详处。仍多方用心，查审各夷是否被逼投附，有无别蓄奸谋。若果势穷求生，倾心归向，先将各项人口查验明白，各照所拟地方分散安插。应给口粮、牛具、地土，查照先年事例斟酌施行。量将城池修筑，以便防守。分族居住，使其自相亲睦。仍选差的当官员不时晓谕，令其安分守法，自为生理。不许专恃官粮供给，及在彼生事，扰害地方。彼处地方虏情不一，尤须督领，令大小将官整饬士马，振扬军威。一切边备武备，务要朝夕戒严，不可时刻怠慢，以防意外之患。朝廷以尔才识素优，练达边务，故兹委托。尔须殚心竭力，规画修举，其干碍夷情必与镇巡等官计处停当，应施行者径自施行，应奏请者具奏定夺。敕内该载未尽者，听尔从宜区处。毋恃己见，务稽众议，使边鄙宁谧，朝廷无西顾之忧。斯尔之能，尔其钦哉。”
于是甘肃兵备赵载会同分巡西宁李淮、游击将军彭浚共议称：“牙木兰原系我曲先卫属番，自幼抢去与土鲁蕃作为谋主。今逼投附，置之甘肃。平居防其捕逃，寇来防其内应。虽云投降，其妻子兄弟尚在彼中，难保全无反覆。必须或徙居内地，或转发别边，方为良便。纵使土鲁蕃将来求讨，原不系彼回夷。我之旧属，今归一我，名正言顺，亦可塞其求请。”
王琼乃疏谓：“牙木兰原同帖木哥等前来归附，本当与帖木哥等一例安插，但恐复回沙州，又为土鲁蕃所制，意外生变。若欲安置远方，又恐阻绝以后夷人不肯降附。请将牙木兰并其仆妾差人伴送赴京，查照永乐年间山东青州等处安插夷人事理，议拟安插。或径差人伴送延绥镇巡官处，发榆林卫收充旗役，给拨月粮营房，随军杀贼，或别有处置。”
翰林院学士霍韬疏曰：“牙木兰者，土鲁蕃腹心也。拥帐三千，称降于我。然在牙木兰则曰未降；在土鲁蕃书则曰不知彼去向。以事理观焉，岂有拥帐三千远来款塞而土鲁蕃不知者安知彼非诈降以饵诱我耶他日犯边，则曰我纳彼叛人，彼来报复也。又曰我不归彼叛人，故彼不归我哈密也。则哈密永无兴复之期矣。牙木兰之降也，廪饩口食仰给于我，费已不小。犹曰羁縻之策，不得已也。若土鲁蕃拥兵扣关，称取叛人，将驱牙木兰而与之耶彼则诡曰降以投生也，今出则死而不肯去矣。将从而纳之耶臣恐为内应而有肘腋之忧。土鲁蕃拥兵于外，牙木兰为变于内，甘肃危矣。”上诏：“虏酋牙木兰等乃我边逋寇，彼番叛夷，近以投降为名，带来夷类见有二千之数。今又一拥许放，各起夷使数多，劳费之害，不言可知。意外之虞，不可不虑。况攘外必修内治，还通并写敕着提督尚书王琼及镇巡官严督所属，修饬边备，整理兵粮，加谨防御。奏内其余未尽事情，悉听各官从长议处，径自施行。”
时土鲁蕃以探问贡息为词，勾引尾剌达子数千，乘夜抵肃州。游击彭浚、兵副赵载率属番爪、沙等众竟却之，斩首奏捷。王琼又奏称：“土鲁蕃悔罪，请照原议起送贡使赴京。兴复哈密，以图罢兵息民。”