合无选差官员领敕前去，由山东循淮阳、历浙达闽以极于广，会同巡抚官员，按部备倭衙门亲历海道地方查点，原设官军阅视旧额墩堡盘验，见在兵器官军缺乏者，即与拨补，墩堡圮坏者，即与修筑，兵器圬钝者，即与换给，官员之不才者，即与易置，法制之未备者，即与区画，庶使海防严谨，中土奠安。尝观本朝礼部侍郎杨守陈家藏文集，亦常以倭夷变诈凶虐，不当与之通好。乞敕下勋戚文武大臣，详加会议。再照宗设犯华之罪，不可使之竟脱天诛。乞通敕沿海各处备倭衙门，整搠官兵，修理战船，习占风候，时出海洋嘹捕，务俾罪人斯得，国威以伸。
兵部尚书金献民议谓备倭衙门地方久处承平，武备尽已废弛，相应依拟差官阅视。但恐前项地方广阔，周回万里，一人顾理不周，本部欲便移咨都察院拣选历练老成御史二员，各请敕一道，分定地方。一员自山东直抵淮阳、苏、松，一员自福建直抵广东各沿海地方。其浙江就令差去给事中敕内该载整理，各分投亲诣沿海一带阅视。上命各官失事等情，着差去给事中上紧前去，会同清军御史，用心访察，查勘明白，分别等第，并究各夷致乱根因，进贡真伪。沿海一带边备不必差官，只着各该抚按督并海道备倭并守巡等官，严加堤备，阅视整顿，不许怠玩。
刑科给事中张逵疏称：“浙江宁、绍、台、温、杭、嘉六府，地滨溟诲，境接倭夷，实东西之巨屏，北都之外帑也。是以国家建设卫所，特置都指挥，以总扌耳之。封墩战舰军器，摩不周备，盖恐外寇时窥中区为梗耳。臣见去年倭夷入贡，恣睢仇虐，横屠生灵，戕及都司。吾中国大被虔刘，拱手莫救，实由武备废残，素有蔑视之意，将来之患恐未可量，固不可不预为之处也。伏望皇上查照巡视旧例，添设谙悉事故加意民隐都御史一员，请敕督理，将前项封墩战舰军器之数一一增修，令不失旧。然后奏闻成绩，徐议功赏，以辍其任。庶中国奠安，而小丑绝窥觊之心矣。”
时户科给事中刘穆，承命访察倭夷事情。至是，上不允逵请，敕令刘穆，仍往浙江沿海地方整理武备等事。后素卿械至杭州，有司勘以谋叛下海罪，系浙江按察司狱。及二倭贼自朝鲜至，并系之。论鞠狱成，久而不行诛决，先后尽瘐死于狱。倭奴自此惧罪，不敢款关者余十年。
四年，浙江市舶太监赖恩奏：“请颁换敕谕，与臣管市舶司事兼提督海道，遇有夷贼，动调官军剿捕，以固地方便益。”上命照成化年间例换敕与他。兵部尚书李越疏曰：“政每患于纷更，法当务于谨始。此地内官缘为提督市舶司而设，比与边方腹里镇守守备内臣专为地方者不同。即令沿海督兵御寇，自有海道副使与备倭都指挥使分理于下，又有镇守太监与巡按御史提调于上，事体相因已久，沿海有警，俱可责成。若复又令市舶太监提督，诚恐政出多门，号令不一，必掣肘误事。又况动调官军系朝廷威柄，遇有紧急，必须奏请定夺。赖恩小臣，岂宜得辙擅自专推原其心，不过欲假借纶音以招权罔利也。乞将原降成命收回，仍戒谕赖恩，令其谨守旧规，安静行事。”
给事中郑自璧亦疏曰：“赖恩肆意揽权，恣情黩货。信郑泽之奸计，则延伪使为上宾；受素卿之金银，则致宗设之大变。三司兼欲受辖兵权，辄冀专擅，心每上人，动将坏法，内臣中之奉职无状者也。乞将取回别用，另选老成安静内臣代其任事。惟复痛加切责，姑令扪省前愆，用图后赎。其敕书仍照旧止管夷人进贡，并抽分货物，卫所官军不得干预，勿得轻信拨置，纷扰事端。”上诏前已有旨，俱不从。