军机处在隆宗门内之北，军机大臣入直于此。军机章京直房在隆宗门内之南，满、汉两班分左右居之。每日寅时，军机大臣及章京等以次入直，辰刻军机大臣始入见，或不待辰刻而先召见，每日或一次或数次。军机章京皆随入，祗候于南书房。军机大臣至上前，豫敷席于地赐坐，承旨毕乃出，授军机章京书之。述旨毕，内奏事太监传旨令散，遂以次退直。若在圆明园，每日入直于左如意门内，御河之南为军机堂，堂之右为满章京直房，其前为汉章京直房，直务均与在宫之日同。
谨按：军机大臣出入均由内右门，至南书房祗候召见。乾隆年间军机章京随军机大臣后亦出入内右门，嘉庆年间章京等始专出入乾清门，仍均在南书房祗候。
军机处缮写谕旨之式，凡特降者，曰内阁奉上谕；因所奏请而降者，曰奉旨。其或因所奏请而即以宣示中外者，亦曰内阁奉上谕。各载其所奉之年月日于前。述旨发下后，即交内阁传钞，谓之明发。其谕令军机大臣行不由内阁传钞者，谓之寄信，外间谓之廷寄。其式：行经略、大将军、钦差大臣、将军、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政曰“军机大臣字寄”，其行盐政、关差、藩臬曰“军机大臣传谕”，亦皆载所奉之年月日，径由军机处封交兵部捷报处递往。视事之缓急，或马上飞递，或四百里，或五百里，或六百里，或六百里加紧，皆于封函上注明。其封函之式，字寄者，右书办理军机处封寄，左书某处某官开拆；传谕者，居中大书办理军机处封，左边下半书传谕某处某官开拆：皆于封口及年月日处钤用办理军机处印。
谨按：乾隆年间寄信，皆领班之军机大臣出名。乾隆三十六年二月驾巡山东，大学士尹继善、刘统勋，协办大学士尚书刘纶俱未随扈，经本处奏请面奉谕旨，清字寄信着尚书福隆安出名，汉字寄信着尚书于敏中出名。又：嘉庆九年议准军机处交兵部加封寄往各省书字，其封面书写何人姓氏者，应交本人拆阅，如本任官升调他处并来京陛见，其护理及接任之员不得拆阅，即转递交本员祗领。若寻常印封无本员姓氏交该衙门开拆者，方准署任之员拆阅查办。又按：寄信行督办军务大员亦书军机大臣字寄，行各省提镇亦书军机大臣传谕，提镇有督办军务者，亦书军机大臣字寄。至寄信中尤为紧要之件奉旨密谕者，则书军机大臣密寄。
谨按：咸丰十一年十月初一日本处奏，每日折报奉旨批发谨拟写“议政王军机大臣奉旨”字样，寄信谕旨拟写“议政王军机大臣字寄”字样，其交片行文一律办理。又谨按：两次垂帘训政，每日折报，奉旨缮批呈览，自咸丰十一年十月至同治四年三月则写“议政王军机大臣奉旨”，寄信则写“议政王军机大臣字寄”字样，以后均写“军机大臣奉旨”、“军机大臣字寄”字样。
凡中外奏折，奉朱批“该部议奏”、“该部知道”者，皆录副发钞，其朱批“览”或朱批“知道了”，或朱批“准驳其事”，及训饬嘉勉之词，皆视其事系部院应办者，即发钞，不涉部院者，不发钞。凡未奉朱批之折，即以原折发钞。凡朱批原折，如在京衙门之折，即存军机处汇缴；如各省，俱于本日录副后，系专差赍奏者，交内奏事封发，由驿驰奏者，即由本处封交兵部递往。其内阁领钞之折于次日缴回，同不发钞之折按日归入月折包备案。
凡议大政、谳大狱有旨特交军机大臣者，即由本处承办；其交军机大臣会同各部院衙门者，或由本处主稿，或由所会衙门主稿，临时酌定。凡应行刑讯之案，或就内务府公所，或就步军统领衙门公所提讯，其皂役刑具皆于刑部传用。如会同刑部者或刑部堂官前来会讯，或就刑部会讯，亦临时酌定。若有军旅之事，则考山川之险夷，道里之远近，以备顾问。其边裔绝域古书茫昧者，则追寻新旧册档，加以谘访，使皆可征验，并就户部、兵部、理藩院等衙门咨取兵马钱粮，简明确数备查，有旨垂询，则或绘图或缮单即时呈递。
谨按：乾隆四十六年口月口日旨：秋审勾到事件，军机大臣办理熟谙，着同大学士一体承旨。