保元、平治之乱为平氏掌权铺平了道路。公元1167年平清盛取得太政大臣之职，官邱设在京都的六波罗地方，在那里发号施令。所以他的政权史称六波罗政权。平氏政权是从大官僚贵族封建主统治的天皇制早期封建国家向以中小封建主为社会基础的军事封建主集团统治的中期封建国家过渡的政权形式。平清盛从贵族、寺社那里夺取庄园，把以畿内、西国[注35]为中心的500多所庄园和达全国半数以上的知行国弄到自已手里，任命自己的家臣为领国的国司，任命顺从平民的武士担任一部分贵族庄园的“地头”，令其管理。另外，和采取闭关政策的贵族政权不同，乎氏政权采取与中国南宋政权通好的政策，积极推进日中贸易。为便于南宋大型船只驶入獭户内海，曾动工开凿音户海峡[注36]，还在摄津的福原筑港[注37]，使它成为对中国贸易的重要港口。嘉应2年(公元1170年)，平清盛在福原别庄劝后白河法皇接见当时在日的南宋商人。南宋商人回国后立即将平清盛的行动向明州刺史报告，于是中国在承安2年(公元1172年)赠给日本朝廷碟状和礼品，以求扩大贸易规模。所以说平清盛对促进中日两国邦交正常化方面起了一定的作用。
但是，平氏政权的革新作为极其有限，平清盛所追求的也主要是骄奢淫逸的贵族生活及其一族的利益。他没有改变原有的国家，机构，只是巧妙地利用天皇、法皇、贵族间的对立而发展自己势力。他没有制定出对于捍卫新兴武士封建主利益有着决定意义的政策。向贵族庄园派置“地头”，虽然可说是后来镰仓幕府“地头制”的先驱，但这种地头权限很小，是不能违背贵族庄园主的意志的。平清盛的保守政策使地方武士团很快丧失了对他的信赖。在经济上遭到损失并在政治上受到打击的后白河院、摄关家以及南都(奈良)北岭(京都)的比睿山、兴福寺、延历寺等大寺院，自然也越来越增加了对平清盛的反感，终于在治承元年(公元1177年)发生了受法皇指示的一伙贵族密谋打倒平氏的事件。事件平息后，平清盛加强了恐怖统治，但反平氏政权的势力却日益增大。
三、源、平之争与平氏灭亡治承4年(公元1180年)，当时在中央的源赖政(公元1105年一公元1180年)首先举兵，并以后白河法皇之子以仁王(公元1151年—公元1180年)的名义号令各国源氏起事。源氏栋梁源赖朝举兵于流放地伊豆，堂弟源义仲(木曾义仲，公元1154年—公元1184年)举兵于信浓(长野县)。源赖朝在相模(神奈川县)的石桥山败于平氏军队，逃往安房，但旋即于同年10月率关东大小武士团在富士川之战中大败平氏军队。畿内及其他各国的武士也都乘机纷纷起来为夺取公领和庄园而战斗。
治承5年(公元1181年)2月，平清盛在四面楚歌声中病死。内乱扩展至九州和四国，几乎遍及全国。寿永2年(公元1183年)7月，源义仲进逼京都，平宗盛(清盛之子，公元1147年—公元1185年)携年仅6岁的安德天皇(平清盛之外孙)仓惶出走西国，后鸟羽天皇在京都即位，于是出现东西两天皇。同年7月28日，源义仲进入京都。后白河法皇挑动源义仲和源赖朝两虎相争。正在致力于巩固自己根据地镰仓的源赖朝，于寿永3年(公元1184年)1月派其弟源赖范(?一公元1193年)和源义经(公元1159年—公元1189年)率军西上，灭义仲于粟津，2月败平宗盛于播磨的一谷(神户市须磨区)。文治元年(公元1185年)2月再败平氏于赞歧(香川县)的屋岛，最后，3月于长门(山口县)坛浦(下关海峡)海域全歼平氏军队。日本的平安时代至此结束。
日中、日朝通好
一、与唐、渤海郡的通好平安初期百年问，日本政府继续推行日中经济文化交流政策，延历23年(公元804年)和承和5年(公元838年)又先后派出遣唐使船，仍有不少留学生、学问僧[注38]随船入唐，如空海、桔逸势、最澄、圆仁、春苑玉成、营原桶成等。他们回国后积极传播中国文化。至9世纪后半期，中国先后发生安史之乱和黄巢农民大起义，唐王朝摇摇欲坠。当时日本贵族政治腐败，统治阶级对外趋向消极。宽平6年(公元894年)，新任的遣唐使营原道真(公元845年—公元903年)引用在唐学问僧中蹈的报告而上奏天皇，以“大唐凋敝”，“海路多阻”[注39]为理由，建议停派遣唐使。宇多天皇接受了这建议，两国关系遂告中断。不久唐亡。
从奈良时代到平安初期，日本同唐朝中国东北的渤海郡交往也相当活跃，使者往来不绝。自公元727年开始通好至公元926年渤海郡为契丹灭亡的200年间，渤海使来日凡36次，日本使者去渤海13次(公元811年以前)。[注40]渤海使者同他们的商船队多从朝鲜半岛北部越日本海，驶抵北陆地方，对此，日本方面在能登国(石川县)建“客院”款待。渤海运往日本的货物以毛皮、人参等土特产品为主，兼有出色的“唐物”。日本的交换品则多系绢、棉类。由于渤海受唐文化影响至深，所以它同日本的交往便形成日中文化交流的另一重要渠道。例如，在日本从公元861年一直使用到公元1684年的著名唐朝宣明历，就是公元859年由渤海使者带到日本的。
二、“遣唐使”停派后的日中通好日本政府在停派“遣庸使”船的同时，也禁止一切日船外航。日本政府推行闭关政策使日中关系中断，而且也给民间往来带来诸多困难。所幸此后中国商船去日颇多，有不少日本僧就便搭乘到中国访问，两国民间联系得以继续下来。后来中国五代时，越国(公元893年—公元974年)统治者曾几次通过中国商人向日本政府致意，赠送礼物，以示友好，日本左大臣藤原忠平等也都曾书信回礼。天德元年(公元957年)和3年(公元959年)，吴越国曾两次遣使赴日访问。[注41]
公元960年宋王朝建立，公元979年太宗统一了中国。日本东大寺僧裔然于永观元年(公元983年)乘吴越陈仁爽、陈仁满的船到中国，受到宋太宗的接见。永延元年(公元987年)商然回国；带回构檀释迦像及经论置于莲台寺。次年商然派弟子嘉因来宋，向宋帝献礼物。延久4年(公元1072年)，成寻及其弟子7人搭宋商船入宋，到天台山国清寺巡拜，还受到宋神宗的接见。神宗委托成寻的弟子带给日本朝廷一封亲笔信和不少礼物，表示谋求睦邻友好的意愿。承历2年(公元1078年)日本政府遣答礼使僧仲回乘宋商孙忠的船只持复信回访。