根据检察方面在远东国际军事审判时提出的证据（检证一九○六），格鲁在一月三十一日给美国驻南京、北平（北京）、汉口大使馆拍发的电报中说：“今天，大使馆陆军武官在陆军省得到秘密通知，本间大将（旁注原文如此译者）作为大本营的代表前往中国，为防止侵犯外国权益的情况发生，已向松井大将下达大本营的训令。”格鲁又在二月四日向国务院拍发的电报中报告说：“今晨九时，向外务大臣递交了正式通知……大臣作了答覆。最重大的训令由大本营发出，理应告知在华的各司令官。其主要内容是必须停止这些掠夺行为，并派遣本间少将前往南京进行调查，确保命令的执行。”（在检证一九○六中，这些电报未在法庭上宣读。仅一月三十一日的电报收录在前引书１，
第一六三页中，二月四日的电报是一九○六一六，第五十六至六十一页）贝茨博士认为，日本军的高级军官来到南京是在二月五、六日左右，但根据美国驻日大使馆的电报，本间少将离开日本似乎是在一月三十一日。松井大将在接受远东国际军事审判时，对向他提出的反问所作陈述是，本间陆军少将受参谋本部的派遣，于一月下旬前往他在上海的司令部，说是东京当局看到了关于在华日本兵暴行的有关报告，
非常担忧（《远速》，三二○号，载前引书１，第二八五页）。当时就任外务省东亚局局长石射猪太郎也在上述审判时的宣誓供词中说：“记得是在一九三八年一月底左右，陆军中央特别派人前往当地的军队。后来知道派来的是本间少将。从此以后，南京大屠杀才停止下来”（《远速》，二八五号，载前引书１，第二二○页）。参谋本部第二部部长本间雅睛少将到达南京时，恐怕是在二月一日。
参谋本部以总长的名义发出了关于整饬军纪的训令，又派遣本间少将前往当地。其结果，日本兵的暴行终算停下来了，而南京市民消除了不安情绪看来是在二月中旬。
还有一个问题，即关于强奸事件。证人许传音在远东国际军事审判法庭上作证说，也有这种情况：“这种野蛮行为逐渐减少，那是由于日华双方都为不再发生类似问题而进行努力的结果。要说作了哪些努力，那首先是设立供日本兵游乐的场所，即安慰所，
以使让妓女在那里卖淫。”（《远速》，三十五号，载前引书１，第三十五页）
第六节关于死亡人数的估计掩埋普通老百姓尸体四万数千具埃德加·斯诺根据南京国际救济委员会委员的估计，认为日本军在南京屠杀了四万二千名中国人（大部分是妇女和儿童）
，这已在第４节（第八十三页）中作了介绍。这个数字也许是他从南京国际救济委员会的贝获博士那里听来的。
可是，贝茨博士于一九三八年一月二十五日记下的记录中这样说；据掩埋的证据材料告诉我们，近四万名非武装人员在南京城内或城门附近被杀，
其中有百分之三十未曾当过兵（洞富雄编：日中战争史资料９《南京事件》２，第四十七页）。
上面所说的四万名中有百分之三十，即一万二千名是普通老百姓，其余百分之七十，即二万八千名是散兵（便农兵入关于这一万二千名的普通老百姓问题，贝茨博士另外就安全区及其附近所作的调查结果，在远东国际军事审判法庭上作证说：“在我们确实了解的范围内，结论是城内有一万二千名男女和儿童被杀。”他还作了补充说明：“在市内其他地区（安全区以外的城内地区。洞富雄注）有许多人被杀，但我们无法调查被杀人数。另外市外（城外。—一洞富雄注）被杀的人数也很多。
前面所说的，全然不包括被屠杀的几万中国兵或曾当过中国兵的人。”（《远速》，三十六号，载前引书１，第四十九页）
贝茨博士的记录，人们认为是在一月二十五日记下的（田伯烈编写的书和《南京安全区档案》都这样说），他认为“据掩埋的证据材料告诉我们”，被掩埋的尸体有四万具，这个根据是令人怀疑的。因为当时几个掩埋队所处理的遗弃尸体还不到一万具。所以把他信中所记的日子认为是一月二十五日，可能有什么错误。
斯诺认为是四万二千人，贝茨认为是四万人，差二千人。这些数字的若干出入，不妨可以这样认为，斯诺的估计是根据贝茨博士的记录。然而，在被屠杀的四万二千人中，不仅是普通老百姓，也包括“便衣兵”，但其区别并不明显。
这样，斯诺所写的，认为屠杀了市民四万二千人，这个数字与从事收容尸体的红卍字会南京分会救援队掩埋班所埋葬的数字是有联系的，这一点似乎也不是没有考虑到。
这是红卍字会这个慈善团体所掩埋的遗弃尸体数，但在远东国际军事审判时，以检察方面的证据（检证一七○四）提出来的法庭证据所依据的是“世界红卍字会南京分会救援队掩埋班埋葬尸体数统计表”，认为是四万三千零七十一具，在一九三七年十二月二十六日至一九三八年五月一日之间得到了处理（前引书１，
第三七八至三八○页）。关于这个尸体掩埋数，红卍字会南京分会副会长许传音博士在远东国际军事审判时，曾作为检察方面的证人出庭陈述：“我们立即掩埋了这些尸体。这些尸体实际上有四万三千具，但这是过低的估计。我们无法明确说出实际数字到底有多少。因为当时不容许发表正确数字。起初，我们未敢提出这个数字并写在公开的文件中。于是我们将此记在私自的文件中。这个数字是我们掩埋的尸体数。这些尸体都是普通中国老百姓，
其中没有一个中国兵。
我们与军人毫无关系。”（《远速》，三十五号，载前引书１，第三十页）许博士说，掩埋的遗体是四万三千具，都是普通老百姓。这与斯诺所说的大致相同。但说是“没有一个中国兵”，也必须理解为：这中间当然包括已成为老百姓的散兵，即“便衣兵”。四万三千零七十一具尸体，是红卍字会掩埋的被遗弃的非武装人员的尸体。关于整个死亡人数，许传音博士在宣誓口述（未在法庭上提出）中说：“据我最恰当的估计，在南京市内外沦陷，中国人停止一切抵抗后，被日本兵屠杀的中国普通老百姓的总数有二十万人左右。”（前引书１，第三十一页）关于上述四万死亡人数，打算在后面再进行研究。
红卍字会、崇善堂两掩埋队收容遗弃尸体十五万五千具在远东国际军事审判时，红卍字会南京分会副会长许传音以检察方面的证人身份出庭，就该会掩埋遗弃尸体的情况作证说：“红卍字会一般掩埋了人们无力进行自费掩埋的尸体，但当时尸体太多了，难以处理。日本军当局却来人说：你们是掩埋尸体的，请帮助我们清除尸体。因为得到日本军的同意，我们获得了可以前往市中心的许可证或通行证。