话说林启荣在九江城内，知道清兵要开掘地道，定计亦从城内开掘以拒之。叵奈清兵人马多众，虽自攻围九江之后，死伤不下四万人；又复陆续增兵，竟将九江东南西北，四面开掘。真令林启荣防不胜防，阻不胜阻；林启荣自知难破此策，奈救兵不至，只得以死自誓。那日报到清兵大队，分四面围攻，林启荣即引兵抵御。还幸士卒用命，各愿受听指挥，并无分毫畏俱。城内居民亦出而相助：或从事工役；或为军人炊爨，不辞劳苦。林启荣见之慨然下泪道：“有兵如此，有民如此，若吾不与城共存亡，非人也！”
当时城外清兵枪炮交攻，林军亦率兵枪炮还击，两军喊杀连天。林军凭高视下，死伤清兵极众，幸城楼上各有躲身之所，故城内林军还不大受伤；奈清兵虽死伤枕藉，又陆续加增，并不退后。甫进一程，即扎营停止，不再攻击。林启荣见此情景，知道官文用意，视地道所至，为进攻之程。欲不住抵攻清兵，又恐枪弹不继，心极焦急。椎督兵猛力开掘地穴，以阻清兵地道政策而已。是时城内守兵，已逐渐稀少；困死伤数千人，虽仅在清兵死伤十分之一，但一来城内守兵，只约二万人，除死伤外，只存万余人；二来城已被围，凡死伤之人，其尸首无法出城安葬，只埋诸城内地道。且尸首久停，遂成疡疫，从前林启荣所设赠医局，皆应接不暇，或兵或民，日中死者常数百人，病者不计其数；药肆几为之一空。从前只准备粮食，那有准备药材，因是居民大为惶恐。林启荣意殊不忍，欲图自尽，任军民献城。惟一切军民，皆不愿见林启荣自尽，于是病者多讳言疾病。奈死者众伙，林启荣无可如何。乃在城北购民房数十间，辟为空城，以葬死者于一隅。居民一闻此令，皆愿献屋，不愿领价。惟林启荣不忍，饬令给还价值，使另行觅地而居。自此另辟葬地，疫症似乎略减。但此时兵力不免稍疲，惟仍体谅林启荣，各贾余勇，以待救兵。
是时李世贤亦得李秀成文报，着以援应九江。李世贤以苦被左宗棠牵制，不能抽出，乃力当各路；令黄文金驰救九江。那黄文金即引所部人马，直向九江进发，以击李续宜、曾国藩两军之后。清兵以九江救兵已到，心固惶急；又因各处开掘地道，已被林启荣破了两处，清兵更有些灰心。都统舒保，乃请诸官文，以九江难克，宜约兵暂退。是时官文已无主宰，乃商诸胡林翼。林翼大怒道：“吾军到此不易。若即行退兵，恐已死之数万人，亦有怨声也！”乃决议力攻。即令李续宜一军抽出江忠义，曾国藩一军抽出周风山，胡林翼一军抽出江忠济，共三路合当黄文金。其余诸军，仍悉力攻城。
时林启荣盼得黄文金援兵已到，惟仍不能通进九江，心中已觉无望。又见子弹渐少，兵、民皆有倦色，不觉双眼垂泪，惟过一日，守一日耳。时清兵所开地道，前后己被林启荣破了数处，压死清兵四五千人，仍从事开掘不已。凡未经林启荣所破之地道，尚有西北两处，皆藏了炸药。那日是六月初七日：官文、曾国藩、胡林翼、李续宜引兵齐进，并力环攻四门。林军在城上一齐发枪抵御。清兵死在城下者，又如山积，两军方猛战间，忽然轰天响震，西北城垣陷了百余丈，砖石与血肉腾飞空中，太平人马在西北城者，俱已毙命，尸首掷至半空。清兵死伤更众。官文、胡林翼卒兵践尸而进。四出放火，乘势冲杀，太平兵犹抵死巷战；城内人民亦怒清兵乱杀，皆同在街巷相拒。此时烟焰蔽天，不见人影，但闻喊杀之声。积尸流血，壅塞街衢。太平守将真天侯林启荣，先已自尽，其部将李兴隆、元戒、张辉、杜应时、陈官义等二十亲人，皆奋力抵杀，力尽而殁，至是九江遂陷。
按林启荣本翼王石达开部将，所向无敌。自奉令再守九江之后，数年间斩敌将不计其数。清兵以攻九江，致毙者不下七八万人。德泽及于闾阎，名闻于敌国。至今曾国藩、胡林翼、左宗棠等，皆称为林先生，不呼其名。又曾国藩曾与左宗棠讨沦围攻九江。左宗棠道：“吾敢以孤军与百万之众，战于沙场；不敢以本部与林启荣决胜负于九江城外。”其令敌人敬畏如此！至是乃殁于九江之役。闻者莫不惜之！时人有诗赞道：
智勇真无匹，将军本绝伦。
奇才摧大敌，遭爱及斯民。
身与城俱碎，心同石不磷。
古今谁似汝？惟有一张巡！
林启荣既殁，城中军民初尚未知。及至西门，见林启荣身首炸为两段，身与四肢，已不知飞至何处，只存一颗头颅，已为药气薰蒸，惟双目犹闪闪如生。其部兵乃取其首级，逃出城外，后以檀木配成全身，为之安葬。惟军民知林启荣既死，更奋勇与清兵格斗；极至手无寸铁者，犹以石相掷。计城破时，尚在午间，及至夜后，胡林翼首先下令招降：惟自军人以至百姓，无有一人言降者。城东菜佣张吉，惧其老父被害，诣胡林翼军前称降，城中军民大怒，竟击死张吉。胡林翼见杀人太多，竟无一人降服，不禁下泪，乃谓左右道：“不意林先生结得人心，一至如此，古所未闻也！”乃请诸官文、曾国藩速行止杀。凡太平兵马杀不尽的，及城中居民，愿留者留城，不愿留者听其自便。于是城内旧日军民人等，皆各检细软出城逃走。行时并将府库军械粮食，及田亩种植与房屋所存物业，一概尽行焚毁，并不留分毫，以资敌人。官文大怒，欲迫而杀之。胡林翼与李续宜力止乃免。计是役九江被陷，太平兵马死去万余人；城内居民死去八九千人。清兵前后死伤直逾五六万，可谓一场凶战。为历来破城所未有。
警报到了金陵，是时清将胜保及德兴阿、都兴阿等，各军只顿兵金陵城外，并不像向荣当时认真攻击。故李秀成已知清兵之志，不在攻击金陵，只图牵制，料金陵万无一失，已屡欲往援九江。奈洪秀全不允。及听得九江失守，林启荣阵亡，君臣无不失色！李秀成进道：“昔日之所以能阻敌人兵力者，以九江为数省咽喉，据之足以制敌死命也！今当失守，局面又大变动。自此清兵往来较易，而吾国于东南益多事矣！”洪秀全道：“今朕以重兵往争九江何如？”李秀成道：“此时已无及矣！林启荣布置多年，今已被陷：陷要尽失，菁华俱毁；纵能复之，已难守御。况清兵频年屡窥九江，合前后损七八万人马，折数十员将官，而始得之，必以重兵驻守。且彼乘胜之威，攻之亦难也。吾恨不早以大兵救九江，致坏我名城，损我良将，白此一战，关系不少也。”说罢大哭，洪秀全低头不语，左右皆向秀成劝慰。秀成道：“吾非徒哭九江，实重哭林启荣也！昔林启荣在翼王部下，与吾同事：临事不苟，遇敌则先，待人则恩威并济；所有余赀，尽赏战士，放军士皆乐为用。因之无攻不克，无战不胜。稍有暇日，即周览地势，绘为战图；或研读兵书，手不释卷。自守九江以来，皆守险不守地，斩敌将一二品者十余人。今一旦殁了，此后国家失一长城，安得不哭？”洪秀全乃问道：“然则现在计划如何方可？”李秀成道：“敌人不啻以全国兵力，争回九江。以为一得九江，诸事必易着手也。自此东南，必形多事。武昌、安庆，尤为吃紧。故猝然又难北上，必在东南再振军威，庶乎可矣！”洪秀全道：“朕信卿，任卿图之。”李秀成遂出。叹道：“天王不从我言：以致九江失守，实为可惜。苟吾不回天京，九江未必便失也。”乃一面料理金陵军务，并赏赠林启荣，以勉人心；一面致书李世贤，使会同黄文金，顾重赣、浙二省；复致书陈玉成，使进趋湖北，以袭官文、胡林翼之后，然后再商行止。