官文与胡林翼乃编定队伍，扬言先取武昌。而曾国藩亦传令各部将，扬言先取安庆。先以多隆阿、鲍超单攻陈玉成求战；以左宗棠、李续宾等，扰皖南赣浙一带。然后曾国藩、官、胡三人，部署人马，计分五路：第一路是鄂督官文，以将军福兴、都统舒保属之，由金湖而进；第二路是鄂抚胡林翼，以藩司李孟群、总兵李续煮、江忠济及知府曾国藻等属之，由广济而进；第三路是巡抚李续宜，以总兵江忠义、皋司刘长佑、知府刘坤一等属之，由黄梅下驶；第四路是水师，以提督杨载福、桌司彭玉麟、总兵黄冀升统之，沿长江会进；江督曾国藩自为第五路，与部将道员李元度、提督周凤山、总兵周天培、普承尧、知府张运兰、同知吴坤修、刘崇佑等，由江西直攻九江。共五路大兵：合计十余万人马，大小将校数百贝，水陆并进，以攻九江府城；专待胜保等往攻金陵，然后望九江进发。
早有消息报入李秀成军中。时李秀成正抚定皖南各郡县，听报多隆阿由河南回湖北，与鲍超共攻陈五成；接连又得安庆守将陈得才、张朝爵文报说称：曾国藩、胡林翼有会攻安庆之说。秀成初时听得，却谓左右道：“以多、鲍二人，牵制陈玉成，料玉成必不能回顾安庆。若不派兵往授，恐安庆危矣！”说罢沉吟少顷，即拍案叫道：“非也！曾、胡二子，不遽攻安庆，不过声东击西之小计耳！”时部将汪安均、石贞祥在旁，急问其故？李秀成道：“此易明耳！安庆虽为要地，唯咽喉命脉，不如九江，曾国藩势所必争也。况数月之间，总督杨沛，提督塔齐布，皆死于林启荣之手。那杨沛犹不打紧，惟塔齐布为敌军健将，与多隆阿、鲍超齐名，曾国藩倚为左臂。既殁于九江战事，曾国藩焉能罢手？吾固决其必争九江也。”石贞祥道：“然则何以御之？”李秀成道：“敌军数年以来，为争取九江之故，损兵数万，失去大小将校不下数百员，彼恨林启荣深矣。以九江重地，又深恨林启荣，此次敌军，必尽倾精锐以争之！然以林启茉英勇机警，敌人纵欲制之，亦非易事。吾亦惟相机以定行止可也。”于是回复陈得才等，以安庆必无警急，可以安心；但仍须勤修守备，以防不虞。一面又飞函陈玉成，劝以慎防鲍超。又函告李世贤，不必远离，当在赣、浙之间，以打听九江声息，随即报告金陵。辅王杨辅清以福建未定，清兵每由闽、粤两省接济粮道；且每由福建发兵，以扰江西及浙江等处，故杨辅清由殷家汇起程，领本部人马，由浙入闽而去。李秀成听得方与左右谈论此事，以杨辅清有大将才，不以之北伐，而反用为南征，未为得计。说犹未了，又接金陵告急军报：知道清国钦差胜保，会同德兴阿，三路取攻金陵，故洪秀全恐金陵有失，特催李秀成回去。秀成道：“德兴阿、都兴阿二人，久不敢动；胜保又在河南，今忽然攻金陵，必非主力，想不过欲移动我军，又不知作如何狡计耳！我军若急回金陵，必中其计。”乃令大将陈其芒先领本部一万人马，回应金陵地面；复令松王陈得风万人扼雨花台，?以备不虞；又飞令地官副丞相周胜坤及周胜富，往守六合；以比王伍文贵及大将汪有为助守江浦，并为金陵犄角；再令陈坤书、洪容海驻军于傈水、镇江之间；又以天将苏招生、陆顺德领水师游弋常州、金坛、丹徒一带，以壮声授。一面传令金陵城中蒙得恩及成天豫二人，顾重防守。又传令罗大纲，驻兵扬州，以为金坛、丹徒、江浦、六合等处声援。自经种种布置停妥之后，知道金陵万无一失，决意不得回军。不想洪秀全一再催促，秀成叹道：“我欲回金陵，必中敌计矣！”因此心极焦躁。部将汪安均道：“昔钱先生在时，谓吾等欲成大事，须天王肯舍去金陵方可。今观之益信矣！天王视金陵为家，稍有兵警，即自疲其全力，此实一大患也。”秀成道：“正为此故，吾屡欲北伐，惟料清兵必乘虚蹑我金陵，那时天王必又将我召回，是徒劳跋涉耳。故屡欲抚定东南，然后北上。今敌军惟恃牵制法，以疲我兵力；而天王又惟恃我以镇金陵。是以北上无期，至为可惜。吾心惟汝知之耳！”说罢不胜叹息。乃为书表奏金陵，奏道：
臣弟李秀成顿首言：窃惟大王首事之初，不二年而戡定东南一带，遂立天京。乃六七年来，土地不增，国势不进，何也？则以大王前则首弃桂林，继弃长沙，不区区于寸土尺地，惟务进取；后则徒事固守，使师徒百万，日惟奔驰于苏、浙、皖、鄂之间，不闻远征故也。以弃一长沙，而即足据长江数省；则今日纵失一城，弃一地，而其收效，必有过于其失者，皆意中事矣！中国幅员辽阔，若唯恃救危守险，则进取无期；縻饷老师，亦终有救不胜救，守不及守之时也。满人命脉，厥在北京。昔军师在日，曾谓天下大势，北京为首，倾其首，刚立亡：犹言北京定，而全国皆定耳！自林凤翔殉难于天津，李开芳殒命于高唐，吾国北伐之师，已无后继。满人遂得安居都会，号召四方，以与吾为难矣！得失比较，情势显然。故臣弟屡议北征，即原子此。而议者谓为非计。谓昔者符坚，奄有中国三分之二；然国本来固，这下江南，卒有肥水之败，而国亦随亡，不知时势固不同也。昔者正统犹在东晋。外族符坚觊觎神器，非国民所乐从；今则正统倒移久矣。北京未亡，即中原未复，故纵能保全十金陵，终不如光复一北京。诚以北京一破，即大局随定，人心亦移；前之为我敌者，至是亦反为我助。观元顺帝一离大都，而各路强敌，尽附朱明，皆前车可鉴也。今大王而不欲恢复中原则已；若曰欲之，则惟冒险以争北京，断不能为东南尺寸土地，至踌躇重计。此则大王聪明睿智所自知，毋烦臣弟再言耳！盖惟敌人屡遭溃败，乃狡计百出：以扰我天京，使臣弟疲于奔命。大王纵不以鄙言为是，亦思天京根本巩固，人心团结，粮械充实，敌人非旦夕兵力，即能动摇。况复以罗大纲、陈其芒援应于上游；陈得风、陈坤书、苏招生、陆顺德维持于附近；蒙得恩、成天豫主持于中，已万无可虑乎？今臣弟驻兵皖南，犹去金陵不远，倘有缓急，亦回应不难。故臣弟非不欲回军也！诚以敌人非以全力撼金陵，而将大逞于皖、赣。一经回军，必受牵制耳。区区愚诚，愿大王之垂察！
此折既上，洪秀全仍放心不下，乃与诸臣计议。成天豫进道：“忠王向来鞠躬尽瘁，如诸葛武侯所谓死而后己！此次不遽回军，彼必有深谋，或料金陵未必便危；或料敌人只以虚攻金陵为牵涉，故留镇皖南，为两面照应耳。臣等当力顾天京大局，大王不必多虑也。”洪秀全听罢不答。洪仁达道：“李秀成部下数万人，又为五军主将，百万大兵俱在其手，兵权太重矣。若无异心，是国家之福；倘意图不轨，谁能制之！今彼闻召不回，于君臣之义已背矣，忠臣岂如是乎？”蒙得恩道：“福王之言差矣！忠王苟有异心，岂待今日，愿大王勿信此谗言。今天京兵马既多，粮草又足，何惧胜保？以忠王不肯回军，必有高见。且天京大局，臣等自问亦足以撑持，又何必劳忠主往返乎？且臣弟更有一言：以吾国之有忠王，类如擎天一柱。若东有事则调之往东，若西有事则调之往西，反中敌人奸计耳。今请由忠王留镇皖南，臣与成天豫愿保天京，倘有差失，甘当死罪。”洪秀全听至此，意似稍解，不料洪仁发大怒道：“汝等谓天京有失，愿当死罪，但恐天京失时，治汝罪亦不及耳！”洪秀全听罢，不作答言。蒙、成二人嗟叹而出。蒙得恩乃暗谓成天豫道：“亡国者其安、福两王乎！天王惟念亲亲之义，不加罪责。而彼二人，乃益逞其威，询私好货，进谗妒贤，安得不败？自今以往，吾等不知死所矣！”说罢互相叹息。
自此洪秀全亦把召回李秀成之议，暂作罢论。不想十余日后，胜保及德兴阿、都兴阿三钦差已会合人马，共约六七万人，号称十余万，共攻金陵，分东西北三路齐进。天京得了只个消息，大为震动。蒙得恩乃与成天豫，力筹捍卫之策，及分布人马，分道守险；复依秀成号令，以松王陈得风领二万人扼守雨花台；并令各路人马不离天京附近，以备缓急；又令苏招生、陆顺德将水师移在金陵内河游弋，以壮声援。蒙、成二人以为布置完密，可以安洪秀全之心，即可以罢召回李秀成之令。不意东路又飞报急事：清廷以前任江苏巡抚薛焕，驻上海办理交涉，购借新式洋枪，以应转运；而以新任江苏巡抚李鸿章，会合各路进攻苏常一带，特来告急。
洪秀全听得，又吃了一惊。那洪仁达更以为金陵危险，李秀成既拥重兵，非调秀成回京不可！洪秀全自无有不从，立即降谕飞召李秀成回军。那秀成此时仍不欲遽回，再陈金陵险固，万无一失，不宜回去。洪秀全那里肯从。一连数日，连发几道敕诏，催李秀成回军；末后一诏更为严厉：谓李秀成拥据重兵，坐视天京不救。秀成乃无可奈何，一面布置皖南各路，复嘱林启荣镇守九江一地；并命侍王李世贤，须驻兵九江附近，以为声援，始传令班师，直回南京而去。