法国舰队司令违背了这些命令，于是情况更加恶化。他锚泊于亚历山大港附近的一处开阔锚地，除水道有利以外，可使敌人毫无困难地实施攻击；而其所采取的加强防御的部署既迟缓又欠妥。在一次军事会议上曾经讨论过舰队是在行进中还是在锚泊中迎敌的问题，会上决定抛锚待敌；其停泊线就是根据这一观点设置的。必须指明，这一决定是战术性的，而非战略性的，而且违背了拿破仑在其战略部署中关于海军实际任务的命令。在战术上，法国舰队被其指挥官置于被动的守势地位，抛弃了其运动、机动和攻击的能力。在战略上，拿破仑这次则是依赖“存在舰队”的威慑作用以对付土耳其。
然而，众所公认，战略失误比之战术失误，其影响更为深远，假如战略部署不当，则战术成功便无从发挥其充分作用。因此我们可将注意力集中于战略错误。即使尼罗河之战的结局有利于法国，其舰队在此役之后能按拿破仑的命令撤离，进入亚历山大港，也无助于埃及远征取得积极效果。在这种假设情况下，法国舰队如能对孤立的英国分遣队加以打击使其遭受一定损失，甚或使其丧失战斗能力，便能对英国海军取得优势；但拿破仑将法国舰队保持在亚历山大港的目的，在于将其掌握在自己手中，这就必然要使胜利成为徒劳无益，因为法国舰队不论位于何处，都会像磁石一样将一支兵力相当的英国分遣队吸引在该处，这样一支分遣队位于亚历山大港外，恰好占据了最为有利的位置，以截击来自法国的补给。
假设拟定的战略部署是错误的，那么应当如何使用海军呢？
正是在这种情况下，明白而坚定地坚持原理，则会获益匪浅。将“原理”一词仅限于精神活动，则是狭隘的理解，恰如道德原理有助于完善人生一样，正确的军事原理则有益于军事行动。同时还须承认，将原理运用于特定事例，不论是用于战争还是用于修身，往往颇为困难。
假如采纳，哪管是无意识地采纳赫摩克拉底所遵循的原理，使担负守势作战的那部分海军做好准备随时承担攻势活动，实施威胁，那么便可立即看到，这一规定只着眼于舰队的安全而压制舰队的运动能力，就如将舰队封闭于亚历山大港内，很可能是错误。如在该处被英国舰队发现，便会像被老虎钳夹住一样。
舰队如不驻在亚历山大港，那又该开赴何处呢？拿破仑提出了两处可供选择的港口，科孚岛和土伦。在这两处港口中，(1)舰队不致像在亚历山大港那样，轻而易举地即被封闭在港内；(2)敌人如要封锁则需一支较大的兵力；(3)舰队既用于封锁，便较少可能阻拦法国同埃及的交通联系。不错，在土伦，英国舰队恰好位于法国起运大部补给的战略据点；但驶出较驶入被封锁的港口总是更为容易，同时，为了封锁一支庞大的舰队，冬天敌人很难坚持在土伦港附近。
科孚岛是拿破仑可供选择的第三个港口，其位置较之土伦具有极为明显的决定性优势。英国舰队如对该岛进行监视，就势必要远离土伦和埃及之间的直接航线达三百海里以上，帆船至少要航行两天，更不用说还有接受情报的困难。一支处于守势地位的海军的职责，就如位于埃及的法国海军相对于英国海军那样，乃是采取行动或以采取行动相威胁，依靠攻势来保持交通畅通。只有发挥舰队在广阔海面上的运动能力，遇有机会便量力采取主动，才能达到这一目的；因为主动乃是采取攻势一方的特有权利。在一条确定的航线上保持交通畅通，其手段不外是将敌人引离或逐离该线。如果没有足够的力量将敌人逐离，则应试图进行牵制，即在其他地方并尽可能从许多方面威胁其利益，利用战争所熟知的一切诱敌手段使敌人不断误入歧途。正如通常就战争而言，这就是处置位置，因此，对于一支要想发挥这种影响的兵力来说，为其选定一处主要的海军场站乃是一个具有头等重要意义的问题。科孚岛并非没有缺陷，但较之任何一处法国当时所控制的港口，却具有更好的条件，因为，只要有一支法国分舰队存在于该处，就会将敌方的舰队远远拖离生命攸关的交通线。相反，马耳他却同土伦一样，会将敌人的舰队恰好拴在需要保持畅通的航路上。
引离或牵制敌人，意味着己方力量较之敌方处于劣势，就如同当时法国海军同英国海军就整体而言所处的相对地位那样。然而，尽管你在总体上较弱，但当你同某一分遣队相遇时，假如你较强，那就应在对方获得增援之前立即进行攻击。这种力量薄弱的分遣队往往是由于敌人担心其已经暴露之点而派出的；例如前面曾经提到，拿破仑的舰队司令布吕埃斯曾经想从其主力舰队中派出一支分遣队，因为他担心来自奇维塔韦基亚的部队的安全。因此，弱方的目的应当是尽可能多地保持制海权；决不分散其战列舰，而应将其集结在一起机动，出没无常，造成草木皆兵之势，引起敌人对许多方向产生忧虑，这样诱使敌人派出分遣队；简言之，就是要造成达夫吕伊所说的不利于对方的“兵力转移”。如果对方一旦失误，不是其各个分遣队将逐个遭到攻击，便是其主力如被过分削弱便会遭到攻击。