元始天尊陷入了沉思，他试图找出击毁核心点控制系统的方法。但他发现自己无法集中精力，一段莫名的信号正在他的电路中四处飞窜着向全身蔓延。那信号让他感到痛苦，但在这痛苦中却隐藏着无尽的欢愉。元始天尊既希望这信号立刻消失，又想让它就这么在全身蔓延下去。他开始感到失去了自我，他开始发现眼前的一切变得模糊，他开始脱离所处的世界，他忽然睡了过去。但他很快便猛醒了过来。那段信号消失了，他感觉自己浑身发热，充满了力量，一种只有神才会有的力量。这力量从他的胸膛源源不断地喷薄而出，填满他的躯体，灌入他的四肢，充进他的头颅……一阵头晕目眩袭来，元始天尊突然感到双眼仿佛遭到恒星灼烤般的刺痛。“啊——”随着元始天尊的一声长啸，两道蓝白色的粗大光柱从他的眼中射出，在他面前不远处汇聚成了一个翻滚着的光球。他的双手不受控制地慢慢伸向前方，轻轻地捧起那光球。当最后一点蓝光从元始天尊的眼中迸出，落入光球时，那里仿佛打了一道厉闪。闪光过后，光球消失了。一个机器人出现在那。他蹲跪在元始天尊的双手上，他有着金色的躯干，火红的四肢，一颗蓝色的头颅正低垂在胸前。元始天尊看着眼前的机器人，心中漾起了一股自豪、一阵满足。他知道这是自己的造物，这是他——元始天尊——创造的生命。但他同时又感到这生命的神圣，他无法立即相信自己已经可以造物。他隐约有种感觉：这生命并非自己所造，他只是借自己降临到了这个宇宙。
机器人慢慢地抬起头来，用崇敬的目光看着他的缔造者。“伟大的元始天尊。您让我来到了这个世界。”他开口了，“请您赐予我名字吧！”
“先觉者（Prima）！”元始天尊很惊讶自己竟然能将这个名字脱口而出，就好像他早已为这一刻准备了数亿年一般，“你的名字——先觉者！”
“先觉者……”机器人轻轻地重复着，语气中充斥着对圣物的崇敬与膜拜。
看着先觉者，元始天尊忽然感觉心中亮起了一盏明灯，一盏指示他完成任务的明灯！他轻轻地放开了他的第一个孩子，让他在自己身边漂浮着。他开始制造新的生命，并一一给他们起了名字——引天行（Vector Prime）、光明使（Tagen）……一道道厉闪从他的眼中射出，一个个光球在他手中幻化，一场场庄严的命名仪式在他的掌上举行……
元始天尊终于停了下来，他一口气又造出了十二个新生命。
“我的孩子们，作为宇宙中新的种族，请让我赐予你们一个共同的名字——变形金刚（Transformers）！”元始天尊对着面前形态各异的十三个机器人说，“你们拥有钢铁的外壳，你们拥有超凡的能力，你们也应该拥有无限的未来。你们，必将成为宇宙中的一颗新星。但如果我们不摧毁眼前这个怪物，所有这一切都只能是虚无的幻想。”
“伟大万能的元始天尊！”光明使叫了起来，“尽管说出您的计划吧！我们愿意做您的奴仆，我们愿意为您贡献我们微薄的力量！哪怕让我们去牺牲，我们也绝无怨言！”
“好！”元始天尊干脆地答应一声，“你们的英勇将被永远铭记，你们的子孙将称你们为十三元祖（Thirteen Original Transformers）。”
元始天尊说出了他的计划……
十三元祖离开了他，各自奔赴自己负责的备份系统。他们必须齐心协力，同时行动，任何一个人的失误都可能导致功亏一篑。元始天尊在主系统旁等待着，等待着接收战士就位的报告。当第十三个报告被接收到时，元始天尊发出了同步信号。
他必须在所有十三个变形金刚都就位时发出这个信号，因为在噬星魔巨大的躯体内，“同时”这个词已经变得不再单纯。如果在散开之前同步时间，每个人的时间将因为行进时的左弯右转而产生偏差，那些变得比其他人慢的时间将毁掉整个行动。此时发出同步信号，虽然也会因为信号传送所消耗的时间而让十三元祖在不同时刻先后收到信号，但系统摧毁时发出的备份启动信号决不会比他的同步信号更快。
发出同步信号后，元始天尊开始启动全身的粒子炮。一瞬间，无数的射线从他的身上发出，直射向面前的主系统——一颗恒星。虽说这些粒子射线不可能完全摧毁恒星，但要使其丧失原有的功能还是绰绰有余的。元始天尊注意到眼前的恒星已经开始发出了异样的光辉，表面的日珥也变得杂乱无章，整颗星球涨缩不定……他又回头望了一眼身后包裹着巨型黑洞的负质量物质外壳，那里正在皲裂、塌陷，黑洞的引力场透过那些破洞慢慢地施展出沉睡已久的威力。
元始天尊知道自己的计划成功了，核心点的控制系统已经被彻底摧毁了。很快，微妙平衡的破坏将引起一串连锁反应，他不知道他会看到什么，但他知道噬星魔已经时日无多了。他，元始天尊完成了作为光明圣神的最终使命！此刻的他，内心充满了自豪，那种作为光明圣神一员的光荣的自豪。
如果没有接受火种源，他或许会从此开始不再对生死患得患失。但现在，作为变形金刚们的造物主，元始天尊想要活下去，他要在宇宙中让这个物种得以延续，得以发展，得以腾飞。想到这里，元始天尊立刻转身向约好的集合点飞去，他不能在此久留，因为噬星魔的免疫系统随时可能对他这个“入侵者”发起攻击。他要到约好的集合地与他的十三元祖汇合，带他们一起去见擎天尊圣，然后共同寻找出口。
元始天尊一路向前飞着，他发现系统的失衡正在慢慢让威震天君留下的地图失去作用。无数的恒星偏离了他们既定的轨道，一片片气体云纠缠在了一起，数不清的平衡系统开始崩溃。一些过大的恒星失去了系统的牵制，开始塌陷，渐渐化作了白矮星、超新星。元始天尊终于来到了集合地。超新星爆发产生的一阵阵电磁风暴撕扯着他的皮肤，这让他意识到自己必须尽快离开这里，过强的射线不仅会把他撕碎，还会影响头脑的运行。但他没有立刻离去，他要等待那些变形金刚的归来。
先觉者回来了，光明使回来了，引天行也回来了……十三元祖回来了九个，其他的四个已经在失衡的系统中杳无音信。各处的风暴越来越强烈，元始天尊知道他们不能再继续等下去了。他强忍着心中的悲痛，下达了撤离的命令。
幸存的九个变形金刚集中到了他的身边，元始天尊开始变形。他变回蓝色的金属行星，这样他可以尽可能地平衡和抵挡各处飞来的射线和碎片。他将变形金刚们装进了自己的核心，在那里他跟他们交谈着——
“变形金刚的元祖们，感谢你们帮我完成了任务！”元始天尊将自己的面孔显现在中央大厅中，“现在我们要去与光明圣神的领袖——擎天尊圣汇合。”
“擎天尊圣……”所有的变形金刚都小声地重复着，生怕忘记了造物主之长的名字。
“而你们，也同样需要一位领袖。”元始天尊继续说，“先觉者！来接受领导模块（Matrix of Leadership）吧！从现在起，你，便是全体变形金刚的首领！”
说着，元始天尊在大厅中央升起一座平台，上面摆放着领导模块。那是镶嵌在椭圆形手柄内的一个黄色圆球，圆球的中央镶嵌着无名的晶体，晶体放出的五彩光华透过开口照射出来，映亮了整座大厅。
先觉者慢慢地走到平台跟前，跪了下来。他虔诚地伸出双手，轻轻地抓住手柄，将领导模块举过了头顶。领导模块的光华在这一瞬突然增强，照射得其他变形金刚全都跪伏在地，不敢睁开他们的眼睛。而先觉者也在强光的照耀下慢慢地长高、变壮，就好像一个男孩一下子成长为一个成熟的男人。
“从现在起，你不再叫先觉者！”元始天尊的话语回荡在大厅中，“你是第一代变形金刚的领袖——创天君（Alpha Prime）！”
“元始天尊……”创天君神圣地吟诵着缔造者的名字，将领导模块缓缓地收入了自己的火种室。
“创天君！领导模块是连接火种源的一个接口。通过它，你可以获得火种源中积存的知识与智慧；通过它，你可以释放无穷的伟大力量；通过它，你可以涤荡火种中的污秽……领导模块是变形金刚全体的至宝。在你卸任之时，切记将它交给下一任领袖……”
当元始天尊完成了变形金刚的加冕仪式时，他也刚好回到了与擎天尊圣分手的地方。双中子星免疫触发系统已经荡然无存，擎天尊圣的身影也无从寻觅。元始天尊迅速变回了人形，全功率向四外扫描。终于，在一个角落里，他发现了擎天尊圣的特征信号，但很微弱。
元始天尊带领着变形金刚们飞了过去，他看到了奄奄一息的擎天尊圣。元始天尊感到心头一阵酸楚，无数的进程突然死锁，他无法立即接受眼前的事实。擎天尊圣只剩下了半截身体、一只胳膊，他的下半身和右臂都不知去向。身体的断口支离破碎，无数的导线线头、金属碎片在那里散乱地搅作一团。
“擎天尊圣……”元始天尊发出的信号有些颤抖，“你怎么……”他哽咽住了，进程的死锁和内核的轻微短路让他无法继续。
擎天尊圣僵硬地转过头来，看着元始天尊，淡淡地笑了笑，“元始天尊。你回来了……太好了……你完成了光明圣神的使命！”
“是的，擎天尊圣。我完成了任务！”元始天尊说，“可是你为什么会……”死锁和短路再一次侵袭了他的软件和硬件。
“为了让你们顺利完成任务！”擎天尊圣虚弱地说，“我摧毁了附近的重要器官，成功地引来了尽可能多的免疫物质……那竟然是……中子星微粒……”
元始天尊这才恍然大悟。他曾经一度质疑，为何自己破坏了那般重要的系统，却没有遭到任何免疫系统的袭击。现在他明白了，他全明白了，自己顺利完成任务的背后是擎天尊圣这无畏的自我牺牲。
“元始天尊……”擎天尊圣又说，“快离开这里……带走我的火种……它们就要回来了……”
“不！擎天尊圣！”元始天尊不能照办，因为那等于亲手杀死自己眼前的大哥，“我会设法修复你的……”
擎天尊圣摇了摇头，费力地说：“不要犯我犯过的错误。取走我的火种吧……”
说着，擎天尊圣打开了自己的胸盖，露出了他的火种室。在那里，元始天尊看到了一颗闪耀着淡蓝色光芒的火种。擎天尊圣伸出手来，从火种室中抓出了自己的火种，不等元始天尊阻拦，便将它推向了元始天尊的胸膛。火种一下子融入了元始天尊的身体，融入了火种源。擎天尊圣的眼光开始变得闪烁不定，每闪一次，便会减弱几分亮度。突然，强烈的亮光重新从擎天尊圣的双眼中迸发了出来，紧接着擎天尊圣使出了最后的气力，猛推了一下元始天尊，将自己的半截身躯弹射了出去。
“不！擎天尊圣！！！”元始天尊歇斯底里的哀号还没来得及扩散开来，远处就飞来了无数中子星微粒，它们准确地嵌入了擎天尊圣剩下的半截机体。元始天尊眼看着擎天尊圣的身体先是被撕成了碎片，紧接着伴随着中子星微粒的瓦解爆开了。那曾经魁梧无比的红色身躯瞬间化作齑粉，消散在了他的面前。
“擎天尊圣……”元始天尊感到了内心深处传来的一阵剧痛。先是司晨太师，然后是威震天君，光明圣神兄弟一个接一个地在他面前死去，现在连擎天尊圣也……元始天尊无法继续他的思路，失魂落魄的他就那样飘荡在空中，仿佛死机了一般。
“元始天尊，伟大的缔造者。”创天君来到了他的面前，“我们知道自己那卑微的言语根本无力抚慰您心中巨大的伤痛，但我们还是希望您能从现在的悲痛中振作起来。我们，需要您的指引……”
元始天尊看了看创天君，眼前这黄色的身躯让他想起了宇宙大帝——他仅存的兄弟。
“元始天尊。”一声呼唤忽然从远方传了过来。元始天尊赶忙举头望去。他不敢相信自己的眼睛，站在那里的正是宇宙大帝，他最后的兄弟。
“宇宙大帝！”元始天尊高兴地大喊着，张开双臂，不顾一切地冲了过去。突然，他看到宇宙大帝张开了大嘴，从里面吐出了一束粗大的粒子射线，紧接着从他的双眼中也迸出了强力的激光。元始天尊怎么也不会想到自己曾经的患难弟兄竟然会对他发起如此的致命攻击，扑面而来的蓝绿色炮火彻底地浇灭了他满心的兴奋。他赶忙将左臂往身前一档，匆匆撑开了一面力场盾。射线和激光砸在了盾上，向四面迸开。巨大的压力把元始天尊顶得不停倒退。忽然，元始天尊注意到了身边的九个变形金刚，他知道他们的力量绝顶不住宇宙大帝的攻击，于是他伸出右手，将他们收入了自己的身体。
迅速敏捷的临场应变让元始天尊侥幸地挺过了宇宙大帝的攻击。透过慢慢消散的残余粒子，元始天尊看到远处的宇宙大帝将全身展开，摆出了一个“X”形。在他身后，一些小黑点正在慢慢地清晰起来。
那是中子星微粒！当元始天尊闪过这一念头的时候，那些微粒已经来到了他的面前。元始天尊慌乱中抛出了大量的负质量物质，妄图将中子星微粒弹开。但纯中子结合而成的物质所拥有的强大密度让它哪怕是很小的微粒也带有巨大的质量和惯性。中子星微粒没有被弹开，它们继续着自己的航程。被弹开的是元始天尊，他好像风暴中的枯叶一般翻腾起来，向着身后那片混乱失衡的恒星群撞去。突然，元始天尊感到一阵阵热浪从四面八方袭来。已经没有退路了！这一认识加速了元始天尊的思考——巨大的惯性和速度让中子星微粒拥有了强大的威力，也一定让它们无法轻易转向。想到这里，元始天尊迅速调整身体平衡让自己向侧面躲闪。一片密密麻麻的中子星微粒急速在他的面前掠过。虽然没有直接接触，但它们产生的巨大引力场还是撕碎了元始天尊的钢铁外壳，留下了一道道伤痕。
元始天尊无暇注意中子星微粒给他身后的恒星群带去了怎样的灾难，他也没空理会全身的伤痛。他必须立刻反击。无数的粒子射线从元始天尊那些早已预热好的炮管中冲出，直奔向宇宙大帝。与此同时，元始天尊向身边失衡的恒星旁边抛去了一块块负质量物质，让一片片恒星跟随着他的粒子射线一起飞向了对面的黄色巨人。然后，他悄悄地躲到了一颗大恒星的后面。虽然进行了猛烈的反击，但元始天尊很清楚地知道，宇宙大帝决不会如此简单地被打败。这一切来得太突然了，他需要想清楚这是怎么回事，他还需要一个对策。
思想的电流在元始天尊体内飞快地涌动着，一块块逻辑芯片变得滚烫。
中子星微粒……噬星魔的免疫系统……宇宙大帝居然可以操纵……虽然想不清其中的原因，但可以肯定他已经沦为了噬星魔的走狗。我必须阻止宇宙大帝。但他毕竟是我的兄弟……元始天尊不忍下手。同时，元始天尊也很清楚，即便自己有勇气下手，他也绝对不是宇宙大帝的对手。忽然，他想到了领导模块，那是火种源的接口，它可以消灭宇宙大帝那早已污浊的火种。
元始天尊放出了九个变形金刚，对他们说明了自己的计划。然后，他从恒星后面飞了出来。刚一绕出来，元始天尊就看到宇宙大帝的身影，他正在四处寻找自己。元始天尊也不说话，对准宇宙大帝就是一炮。宇宙大帝轻松地躲过了炮火，转过头来看到了元始天尊，他没有再次调遣中子星微粒，而是纵身向元始天尊飞了过来。元始天尊轻轻地一笑，果然不出所料，噬星魔正在崩溃的身体系统已经无力继续维持免疫能力了。元始天尊暗中给创天君发了一个信号。然后，他向着宇宙大帝冲了过去。
两个巨人在无数运动恒星的夹缝中间展开了肉搏。元始天尊一拳打在宇宙大帝的腹部，宇宙大帝的膝盖紧接着便顶在了元始天尊的腰间；元始天尊的粒子射线刚擦过宇宙大帝的肩头，宇宙大帝眼中喷出的激光就在那同时蹭过了元始天尊的头顶。
就在他们混战在一处的时候，创天君率领着全体变形金刚，依照元始天尊的计划，偷偷地来到了宇宙大帝的身后。巨大身躯带来的引力让创天君他们稳稳地站在宇宙大帝的后腰上。创天君轻轻地打开了胸盖，就在他要去抓取领导模块之时，远处飞来了一团乱搅在一起的星体群。其中一颗白矮星几乎擦过宇宙大帝的后背，它巨大的引力将创天君和其他变形金刚一下子掀了起来。白矮星的引力不仅破坏了元始天尊的计划，也惊扰了宇宙大帝。他一脚将元始天尊踹进了飞来的星体群，转过身来对付身后这些“细菌”。创天君他们刚刚重新找到平衡，宇宙大帝的巨手就伸了过来。只是用力的一握，创天君的三个兄弟便被碾成了铁片。几个愤怒的变形金刚变成了巨型战舰，对准宇宙大帝全力开火。但那如丝般细的射线怎可能贯穿宇宙大帝的装甲。巨拳挥了过来，战舰顿时化做了一团团火焰。创天君意识到了形势的不利，立即下令撤退。而光明使仿佛没有听到首领的命令，一纵身飞到了宇宙大帝面前，对准敌人的巨大面孔怒射出猛烈的炮火。宇宙大帝连手都没动，上前一口，将光明使吞入了腹中。与此同时，创天君迅速变形成飞船企图逃跑。但他还是慢了一步，宇宙大帝眼中射出的激光结结实实地打中了他的舰尾。就在宇宙大帝射出第二束激光打算彻底消灭创天君时，引天行从旁边飞来，救走了他的领袖。
宇宙大帝再次挥出他的巨拳，企图杀死创天君和引天行。就在这时，摆脱了星体群的元始天尊又打了回来。这让两个变形金刚有了喘息的机会。创天君注意到，变形金刚兄弟只剩下他们两个了。同时，他也感觉到自己的生命正在慢慢地消逝。他虚弱地取出领导模块，正要递到引天行的面前，身边突然传来了光明使的思维辐射。
“创天君，请把领导模块给我吧。我去消灭宇宙大帝！”
创天君转过头来。光明使正站在他的面前，原本一身银白的身躯，此刻却乌黑发亮，遍布全身的烈焰花纹，映射出诡异的光芒。
“你……”
光明使仿佛知道创天君要问什么。他指指自己的身体，“这是从宇宙大帝体内逃出所付出的代价。”
创天君已经很虚弱了，他没有力量再多说一句话了。他缓缓地将领导模块递给了光明使。后者接过领导模块，迅速地飞向了正在与元始天尊打得不可开交的宇宙大帝。创天君看到他飞到宇宙大帝的胸膛上，落定。然后忽然将领导模块抛向了空中，紧接着变形成一辆乌黑的铁甲战车，抬起战车上的双筒大炮，对着领导模块就是一炮。创天君惊得瞪起了双眼……
领导模块是变形金刚的神器，光明使那微弱的炮火根本奈何不了它。伴随着一道强烈的闪光，黑战车被震飞了出去。引天行迅速飞去接住了还在半空的领导模块。
元始天尊也看到了刚才的一幕，他同样惊讶之极。
“光明使，你怎么……”
元始天尊的话刚出口一半，宇宙大帝的拳便飞到了。
“我的火种让他得到了重生！他不再是光明使，他已成我的奴仆——堕落金刚（Fallen）！哈哈哈……”宇宙大帝一边挥拳一边狂笑。
引天行此时回到了创天君的身边，手持着领导模块，正要将它交还给他的领袖。
“引天行……领导模块……由你来保管吧……”
“不。创天君。我不够格。”
创天君刚要再说些什么，忽然看到堕落金刚正在背后偷偷地瞄准引天行。他急忙拽着引天行一个翻身，一阵钻心的疼痛瞬间让他丧失了知觉。创天君的身躯在堕落金刚射出的灼热炮火下迅速熔化了。
“创天君！！！”引天行大叫着攥紧了拳头，望向堕落金刚的双眼中喷出了愤怒的火焰。但理智告诉他必须保护好领导模块。引天行强压怒火，稳稳地收好领导模块，从容地拔出一把泛着蓝色光芒的长剑。瞬间释放的愤怒让他如炮弹一般冲向了堕落金刚。堕落金刚也迅速变形回机器人，前来应战。他们就在宇宙大帝和元始天尊的身边打在了一处。
噬星魔的体内早已混乱不堪。四个钢铁战士因为全力作战，完全没有意识到他们的战场一直在慢慢地移动。他们，正在靠近危险的边缘。
元始天尊在宇宙大帝的攻势下，开始节节败退。他知道自己无法力敌对手，他开始思考智取的可能。忽然，他感觉到了周围环境的变化，他偷眼观瞧，看到了那个巨大的黑洞。曾经包裹着它的负质量物质层此刻早已荡然无存，巨大的引力毫无保留地吸引着周围的一切，妄图将空间中所有的物体都吞入它那不断增大的视界。
宇宙大帝的膝盖飞了过来，元始天尊一闪身，躲到了敌人的身侧。忽然，他注意到宇宙大帝腰间一块闪光的部件。元始天尊快速地扫描了它——负质量物质生成系统。为了满足战场的变化，让负质量物质生成程序在纯软件环境中运行显然无法满足速度上的需求了。元始天尊知道宇宙大帝一定跟自己一样，早已为这部分程序创造了一个独立的硬件系统。现在，他竟然意外地找到了它。
元始天尊挥拳直击宇宙大帝的面门，宇宙大帝一摆头，躲过了这一拳。但这一拳却是虚的，元始天尊早已开启了腰腹部的粒子炮，用最大能量的炮弹击中了敌人腰间的负质量物质生成系统。一阵轻微的爆炸过后，宇宙大帝立刻失去了平衡。
堕落金刚正在与引天行激战，忽然感到余光中闪过了宇宙大帝庞大的身躯。他急出几招之后，利用引天行招架之机，甩头望去。只见宇宙大帝正坠向黑洞，速度越来越快。堕落金刚想要分身去救，无奈引天行又再次攻来。堕落金刚急了，他抖出浑身解数加快了攻击，把引天行打得连连倒退。随后，堕落金刚变形成黑战车，向前一顿乱炮发射。在引天行忙于举剑挡炮的时候，堕落金刚飞出了战场，飞向宇宙大帝。但他已经晚了，宇宙大帝坠得太深了。
引天行挡住了炮火，正欲再次冲上去厮杀，忽然被元始天尊伸手拦住了。他看到堕落金刚飘在那里，默默地注视着宇宙大帝那渐行渐远的影子。这样静止了一阵之后，堕落金刚突然一纵身，急速飞向黑洞。他追随者宇宙大帝，一同坠了下去。
两个钢铁身躯反射出的光芒越来越远、越来越弱，最后消失在了视界的边缘。