始皇帝闻此大喜，重赏了出击匈奴的将士。
蒙恬回咸阳谢恩，始皇帝高兴的问道：“爱卿想要什么赏赐，朕都答应你！”
蒙恬道：“陛下，此刻匈奴虽然暂时撤出了阴山和贺兰山，但此役未能实现全歼其主力的目的，臣别无所求，愿继续驻守北地，保大秦安宁！”
始皇帝非常感动，道：“爱卿如此不辞劳苦，是国家之福啊！依卿之见，此时我们该如何进一步防备匈奴？”
“此番攻击匈奴大获全胜，修筑长城之功当排在首位。若无长城，以我秦军区区兵力，进不敢攻，退不足守，匈奴可发挥骑兵优势绕到我军后方。如今我军已推进至黄河南岸，河南之地的长城已经失去作用，须在河南一线重新修筑长城！”
“爱卿言之有理！以墙防骑必须成为一项长期实行的政策！”
此后，蒙恬继续率领三十万大军驻扎北边，威慑匈奴。秦始皇在河南地设置了九原郡，置三十四县，并下令重新修筑这段长城，把过去秦、赵、燕三国的长城连接起来，修筑成一条从临洮一直到辽东碣石的万里长城。
为开发河南地，始皇帝不久之后又下令迁三万多户居民到北河、榆林，垦田生产，开拓边疆。有了长城的保护，匈奴人不敢再南下牧马，移民可以在此安居，这不仅促进了河南地的开发，还使得这里成为了抗击匈奴的后方基地。
始皇帝三十三年，就在蒙恬将匈奴驱逐出河南之地不久，监御史王禄奏报灵渠已经全面开通。
始皇帝回想起五年前在西瓯之地惨败的一幕，仍然是非常痛心，秦军从未败得那么惨。
那时，进攻西瓯和南越的四路秦军，只有任嚣率领的一路进军较为顺利，一直打到了岭南。但是其后，屠睢兵败，秦军不得已全线撤退，导致任嚣一路的秦军也功亏一篑。
始皇帝于是诏令任嚣前来觐见，问道：“卿以为上次我军兵败百越是何原因？”
任嚣自从退兵之后，也一直在思索如何占领并且巩固对百越之地，出战之前他就曾与主将屠睢商议对策，屠睢坚持认为百越之地人民不服王化，难以管束，必须以血腥的政策震慑他们！而任嚣却不同意他的看法，曾劝谏他以攻心为上，对百越之地施行温和的政策，以德服人，但屠睢不听。
最终，任嚣一路秦军进军顺利，而屠睢兵败身死。
此时，始皇帝再次提起往事，任嚣略加思索，答道：“臣以为上次兵败并非我军不够英勇，也不是军队数量不够，而是在于策略错误。百越之地远离中原，地方偏僻，其民自幼生于深山之中，崇尚自由，不服王化久矣，如果强行进攻杀戮，必然激起他们的反抗！”
始皇帝略有所思，道：“前次出击，百越之民特别是西瓯之民的反抗强度的确大大出乎朕的意料，其士卒竟然宁死不降。这在六国之中都是不曾遇到的！”
“南越之民不同于六国，长久以来中原人不断侵略他们，他们对中原人充满了敌意，越是高压的政策就会更加激起他们的反抗。只有采取怀柔的政策才能感化他们。”
始皇帝内心感觉受到了挑战，他要求天下人无条件服从，不服从就要以法论处。他有点生气的问道：“我大秦雄狮在任何情况下都不应该被打败！敌人的强弱只能决定战争胜负的一半，另一半掌握在我们自己手中！”
任嚣听出始皇帝的不悦，连忙说道：“我们自己的失误就在于准备不足！一者士卒准备不足，没有预想到西瓯之地瘴气如此之重，导致军中瘟疫流行；二者后勤准备不足，西瓯之地道路崎岖，粮草供应本来就困难，又几度被蛮兵切断，士卒人人自危！可以说我军不是败于敌军之手，而是败于我们轻敌，没有提前预想到情势的复杂。”
始皇帝这才觉得任嚣分析到了重点，道：“如今，灵渠已经修成，粮草供给不再是问题，而御医也已经找出了应对瘴气的方法！上次我军损兵折将大半，主将屠睢战死，我大秦军威尽失！朕一定要雪此奇耻大辱！”
任嚣知道始皇帝要再次出征，便连忙下拜道：“陛下若再次命末将出征，末将必不辱使命，重振我大秦军威！”
于是，始皇帝下令将牢狱之中的囚犯十万余人补充到驻守在楚地南方的秦军，共集结兵力三十万，在任嚣、赵佗的带领下南下进攻百越。
赵佗也曾经历过第一次进攻百越的战争，知道是屠睢的屠杀政策触怒了当地土著才引起强烈反抗，他与任嚣商议道：“百越士兵生于山林之间，骁勇善战，崇尚自由，比之匈奴骑兵犹有过之！并且，他们具有极强的报复心，前次主将屠睢设计杀死了他们的首领，他们便誓死报仇，将屠睢杀害！”
任嚣见赵佗与自己的意见不谋而合，非常高兴，问道：“此番出击当借鉴前番的经验，吸取教训，赵将军有何破敌良策？”
“末将认为此番我们应当以怀柔之策应对，善待俘虏和百越之地的居民，这样必能大大减小百越士卒的抵抗。”
任嚣道：“赵将军言之有理，此番抓到的俘虏，一定要好生相待，然后放回，如此，一传十，十传百，他们必能知道我大秦的仁义，归顺并无害处！”
此时，西瓯军首领桀骏已经病死。西瓯军士卒虽然人人骁勇，但是面对装备精良，数量占绝对优势的秦军，数年的对抗也使得他们自身也伤亡惨重，存活者仅十之二三。
秦军进入百越之地后，任嚣命秦军善待抓到的百越士卒，一律不准杀戮，款待之后悉数放回。对于百越之地的居民也是秋毫无犯。
起初，百越之地的士卒以为秦军再次来犯会像上次一样屠杀他们，因此非常仇恨秦军。然而刚一交战，百越士卒就发现秦军并没有进行屠杀，而是围困他们，迫使他们投降。其中有些士卒被迫投降，但不久之后就被秦军放回，他们回来后都说秦军此番不但没有杀戮，还给他们衣食，厚待他们。
慢慢的，秦军仁义的名声便传开了，百越士卒听闻秦军善待百越之地的居民，都放弃抵抗，争相归附。
仅用半年时间，秦军便占领了百越之地全境，任嚣和赵佗命秦军对当地居民不得有丝毫侵犯，对汉人和百越人一视同仁。
始皇帝遂认命任嚣镇守百越之地，为防止百越人造反，三十万秦军暂不撤回，在那里设置桂林郡、象郡、南海郡。此后，凡是获罪应当流徙的人，都被派到那里去戍守。
始皇帝灭掉六国之后，又花费了七年时间，终于北逐匈奴，南平百越，形成了一个东起辽东、西抵高原、南据岭南、北达阴山的大帝国。
始皇帝取消了西周时期流传下来的分封制，国家管理上推行单一的郡县制，在全国共设立了四十八个郡进行管理。