二
卫所是明初确定下来的军队编制。该编制10人为1小旗，5小旗为1总旗，2总旗为1百户所，10百户所为1千户所，5千户所为1卫。一般1卫为5600余人。陆军、水军、骑兵编制统一，概莫能外。到了明代嘉靖年间，随着武器装备特别是火器的发展，募兵制的实行和战争的频繁激烈，编制也发生了变化（注：这种变化应该说从景泰年间已经开始。景泰初，于谦改革京军三大营为团营以及当时某些边镇的分拨训练，就开始了编制的变化。）。这种变化是全面的，既包括水军，也包括陆军，既包括地方部队，也包括京营。
水兵改变了明初实行的卫所制，实行了营哨制。洪武三年（公元1370年）三月，朱元璋建立了水军等24卫，每卫配备战船50艘。平时每卫以军士350人保养修理战船，战时以卫所军登船出海作战。但到了嘉靖年间，水军按船大小和担负的任务不同，实行不同的编制。如戚继光的水军，一艘战船是一个编制单位。船设捕资（船长）1人、航海保证人员（包括舵工、缭手、扳招手、碇手）若干名、战斗士兵若干甲，每甲10人，设甲长1人。联5艘战船为1哨，2哨为1营（司），2营为1部，从而形成了部一司（营）一哨一船的组织编制。平时训练和战时作战编制相同。这种编制改变了明初那种平时战船和战士分离的状况，使船和人牢牢地结合在一起，有利于专业训练和战斗力的提高。这是一个重大的进步。它使水军再不是过去那种陆兵加舰船，而成了真正意义上的水军。
嘉靖年间，陆兵中出现了一个新的兵种——车兵。车兵，尽管不同时期和不同地域的编制不同，但都不是过去的卫所制。嘉靖年间，俞大猷在大同镇的车兵编制为车一乘用兵50人为1队，13队为1小营，13小营为1大营（注：俞大猷：《正气堂集》卷一一《大同镇兵车操法》，道光二十一年刊本。）。隆庆年间，戚继光在蓟镇的车兵编制是一车20人，分奇正2队。正队10人，由车正统领；奇队10人由队长管理。2车为1联，4车为1局，设百总1人；4局为1司，设把总1人；4司为1部，设千总1人；2部为1营，设中军1人、营将1人（注：戚继光：《练兵实纪杂集》卷六《车营解》，嘉庆二十四年刊本。）。万历年间，俞大猷在京的车兵编制为每车一乘用兵25人为1队，10车为1司，12司为1营（注：俞大猷：《正气堂续集》卷六《京营战车近议》，道光二十一年刊本。）。天启年间，孙承宗车营的编制为一车25人为1队，4车为1乘，4乘为1衡，2衡为1冲，4冲为1营（注：孙承宗：《车营叩答合编》，保阳济美堂傅氏藏版。）。车兵之所以采取这种编制完全是从提高战斗力出发的。因为这种编制是和战斗的营阵一致的，便于平时管理、训练和战时作战。车兵实为车载炮兵，采用这种编制易于形成车城，充分发挥火器的威力和车的屏蔽作用，有效地抵御敌骑兵的冲突。车营又都与骑兵营相配伍，形成车步骑营，能防御，能进攻，能追逐，是抵御敌骑兵冲突的有效阵法。
陆兵中步兵和骑兵的编制再不是卫所制，而是营哨制或营制。就全国来讲，步骑兵的编制纷繁复杂，不统一。嘉靖年间，戚继光在《纪效新书》（18卷本）中，列出其军队编制为12人为队，队有长，4队为哨，哨有长；4哨为官，官有哨官；4官为总，总有把总。嘉靖四十二年，浙江巡抚赵炳然在其《海防兵粮疏》中，为统一浙江兵制，提出：“其于陆兵，仿古什伍之制，五人为伍，二伍为什，外立什长一名；三什为队，外立队长一名；三队为哨，外立哨官一员；五哨为总，外立把总一员；五总为营，俱属主将一员……举一营而各营无不同也，举一总一哨一队而各总、哨、队无弗同也。”（注：《明经世文编》卷二五二，中华书局影印本。）这就是营、总、哨、队、什的编制。浙江以后军队的编制大体如此。天启年间，徐光启在《兵法条格》中列的军队编制是5人为伍，25人为队，5队为哨，5哨为部，5部为营。从以上所列的军队来看编制，尽管有些不同，但大体还是相同的，每营3000人左右，都有营、有哨，可以称为营哨制。
北方九镇的编制和以上的编制有所不同。一般说来10人为甲，内甲长1人；50人为队，外有管队和贴队各1名；500人为总，外立2把总（也有每把总各管5队者），3000人为营，营有参将1员（注：参见吕坤《安民实务》和《宣府镇志》。）。这种编制没有哨这一级，但和卫所制也完全不同。戚继光在蓟镇的军队编制与卫所制的差别更大。它12人为队，队有长；3队为1旗，旗有旗总；3旗为1局，局有百总；4局为1司，司有把总；2司为1部，部有千总；3千总为1营，营有将官1员、中军1员（注：戚继光：《练兵实纪杂集》卷六《车营解》，嘉庆二十四年刊本。），每营也是3000人左右。嘉靖后京营军队的编制大体和蓟镇军队的编制相同。京军三大营（三千营已改成神枢营）各分战兵、车兵、城守兵等10营，共30营。在京的78卫军卒分隶于这30营中。营的长官或副将、或参谋、或游击将军、或佐击将军，其下是千总、把总（注：万历《明会典》卷一三四《兵部十七-京营》，中华书局缩印本。）。营一般也是3000人。
新的编制出现后，卫所军中的青壮军卒都编在营哨（或营）中。卫所依然存在，但已不是战斗组织。新的编制和卫所不同，其所担负的任务也不完全相同。卫所是平时组织，它驻守一定地方，训练部队，组织屯田。营哨（或营）则是单纯战斗组织，它训练部队，东征西戍，进行战斗而不负责屯田。卫所的军官平时虽训练部队，战时则不一定指挥其部队作战；营哨（或营）的军官平时训练部队，战时就带领所练部队作战。
营哨制（或营制）比卫所制更有利于军队的平时管理和战时作战。卫所制的百户管10小旗，千户管10百户。人的精力有限，难免顾此失彼。就战术来讲，明代中后期多实行一头两翼或一头两翼一尾阵，即以一部为正面主攻，两部为侧翼助攻，余者策应。1百户10小旗，1千户10百户的编制也不适合这种战斗队形的需要。而营制上级辖下级不过5，平时管理以1管5或更少，没有顾此失彼之虞；战时可以成建制地担负头和翼，下辖5个建制单位的可以成建制地编为中军或策应部队，发挥编制的整体战斗力。有利于管理和作战是明后期编制的优点，也是卫所演变成营哨的原因。由此可见，明代后期军队的编制比前期更严密。这是一大进步，是人们对军队管理和作战指挥认识更深化的体现，便于提高部队的战斗力。正因为如此，时至今日军队的编制大体也是这样。
这种编制对于明朝中央集权的统治也有不利的一面，就是军官和士兵结合得更紧密，军队易于成为军官的私人势力。但从历史来看，明朝后期虽然有的将领不服从中央调遣，但并没有造成军阀割据的局面。这原因是多方面的，其中领导体制的变化，文官参与军队管理是其原因之一。