同治元年春，颍州解围。夏，捻陷宜阳，杀知县谢仁溥，西陷永宁，别自内乡入商州，陷镇安、孝义、固原，提督孔广顺御之。蓝田寇、捻合陷渭南，杀知县曹士鹤，东陷华州，直走渑池，还败河南军。时庐州克，安徽事定，将军多隆阿将庐州军，胜保将颍州军，俱入关。僧格林沁督山东、河南军，防直隶、山西，四省督、抚、提、镇将兵大员均受节制。湖北出军助河南攻捻屯，多隆阿进兵荆子关，群盗迸散，进灭商南捻。捻还奔，北走卢氏，南趋枣阳，陷随州、京山、应山。湖北大震，复奏请多隆阿还军。袁甲三请病，李续宜代之。续宜母丧临淮，钦差大臣遂罢。冬，逮治胜保，多隆阿兼统其军。降捻宋景诗惧诛，请隶雷正绾，至合阳叛，渡河走山西、直隶。而张锡珠亦先以降捻叛于莘、冠，渡漳，犯大名，大顺广道秦聚奎战死。宋景诗者，故堂邑剧盗，欲还与张锡珠合，以八百人行腹地几二千里，所过无留行。山东巡抚谭廷襄、直隶总督文煜免，以阎敬铭、刘长佑代之。遮克敦布免，副都统成保代之。山东教、幅、棍诸奸民连结，起于兖东。
二年正月，僧格林沁攻捻雉河集，克之，禽斩张乐行、姜台凌等。二月，冠、莘捻复渡漳，犯大名。署提督宝山、成保皆以畏葸免。僧格林沁移军攻捻淄川，分马队遣恒龄助防大名。漕督吴棠遣军攻捻，沂、兖、亳、汝捻并南趣麻城、蕲、黄。三月，苗沛霖复叛，群捻益张。夏，淄川克，移攻邹教党于白莲池，七月，破平之。奏劾刘长佑误军机，致宋景诗不获。景诗、张锡珠自去年冬陷武邑还，南自临漳，北走邯郸，东掠广平、曲周，北趣平乡、巨鹿、隆平、新河，斜东至武邑、东光，乃直南奔，从张秋渡河，官军追者皆若狂。长佑以总督重臣将兵，躬追之，曾不能相及，或卒相遇，辄为所冲突。穆宗初即位，朝议但严责诸军捕讨，以一穷寇疲敝畿辅，马队自此羸困焉。僧格林沁移军蒙城，讨苗沛霖。十月，沛霖死，临淮平。捻首张总愚等西掠南阳、襄阳。
三年，僧格林沁自归德西追捻南至随州、应山，湖广总督官文出督军，会于京山。以护军统领舒保为前锋，遇捻德安西，搏战，大破之，追奔入山谷间，骑步不续，捻回击之，力战死。舒保与多隆阿皆湖北名将，多隆阿坚毅，舒保纯实，湖北有事则驱之出，无事夺其军。舒保口未尝言功，及其死，诸军夺气，战事倚于僧军。而僧王左右横恣，求见者先纳百金至四百金，视领军多少以为差。民有诉军淫掠者，王蹙额曰：”若等离家来久，且宜徙民避之。“湖北民大失望。六月，江宁克，洪寇平，其余党合于捻。九月，攻黄安、麻城，至蕲水，陈亡大将石清吉，围成大吉于蕲北，僧格林沁军麻城，官文出黄州。诏两江总督曾国藩援湖北。国藩奏言：”大帅三人，屯驻四百里内，恐群盗轻朝廷。“请发军从官文，自驻安庆。捻掠广济而还。马队将常星阿再败。僧格林沁退光山，再退邓州，僧军名望顿尽。盖其初，转战追逐皆未尝与洪寇合战，故恒以为捻畏我，至是，捻势异矣。湘军将刘连捷、淮军将刘铭传，名将也，诏令征其军。僧格林沁以为皆不能战，奏止之，又曰：”皖军为上，豫军次之，楚军以下。“毛昶熙闻之大喜，所谓皖军者，盖临淮诸军也。捻犯南召、鲁山，恒龄战死。捻西北走尉氏。
四年春，僧格林沁追捻至尉氏。捻西南走临颍，东掠郾城，南走西平，西南走遂平，东南走汝宁，南走正阳、信阳，折北直还扶沟，东走睢，渡故黄河，北走曹，东北走城武、金乡、济宁、汶上、东平，东走宁阳，南掠兖州，东走曲阜，南走邹、滕、峄，东走郯城、赣榆，阻海还，南走海州、沭阳，西走邳、峄，北趣滕、邹，还济宁，西北走郓城，渡河走濮北，至范南，屯曹州。凡捻所至数日，而僧格林沁至，或一日再接战，辄有斩杀，然莫能大创之。朝议亦忧危，命曾国藩北征。四月丁亥，诏下。戊子，僧格林沁亲攻捻屯，军士疲怨，以王用法严，益惧且恨。捻拒战，诸军溃退，中军被围保荒庄，至夜，无所得食。僧格林沁率百余骑溃围，捻依林外设伏待之，短兵接，马被矛伤，惊逸，僧格林沁堕，被八创死之。朝廷震悼，辍朝三日。京师惊疑，以为捻且北犯，急召曾国藩赴难，羽书追督相望。山东、河南巡抚以陷王皆获严谴。五月，国藩奏言：”流寇剽忽，宜以有定制无定。僧格林沁能以数月历五省，臣则不能也，非独不能速援，且不能顾畿辅。故直隶宜有专防之军，而臣军以徐州为老营，以经营淮、徐、海、兖、沂、曹、济、归、陈、庐、凤、颍、泗十三府州。此十三府州者，纵横千里，捻匪出没之区也。金陵楚军裁撤殆尽，李鸿章所部稍习北方，今惟刘铭传、周盛波两军，尚须增募徐方之士，采买战马，加之训练；扼贼黄河又宜水师。为谋迂缓，骇人闻听。且臣之行军，略师古法，逐日筑垒，行必裹粮，日行率三四十里，此其万难迅速者也。“李鸿章闻之，以为人心惶骇，宜先安定，乃奏遣潘鼎新军由海道至天津。比至，捻已休息南还。