海宁寇将蔡元隆惧嘉、杭军逼，而患杭寇之征其众，归诚官军。蒋益澧请以廖安之知海宁，往抚之。丙申，安之至海宁，蔡元隆逡巡，未即出。元隆前踞太仓，亦以诈降欺官军，陷我军四百人，至是从者皆惧。安之入州堂，徐遣告元隆曰：”头目毕集，乃来见。“元隆从兵众往见之。安之大言曰：”若等皆朝廷赤子，今居大军中，且旦夕俱死，故吾知若等归诚非伪也。如欲用太仓故智者，可断吾首。“元隆情得，顿首曰：”方以太仓事自疑，今以死从公。“即从渡江，还，除兵改服迎官军。己亥，收海宁。易元隆名曰元吉，汰其众，留精卒四千，以元吉将之，随大军自效。以刘树元、张景渠等屯守海宁。
三年正月，遣蔡元吉袭桐乡。甲辰，元吉突至桐乡城下，梯而登，守寇觉，拒堞，伤我军百余人，乃屯城西南。增遣李邦达合张景渠军屯城东北。戊申，寇归诚。庚戌，收桐乡。以归诚人何培章将其众三千屯乌镇，断杭、嘉道，绝寇运。蔡元吉屯桐乡，刘树元进攻嘉兴，苏、浙军始合矣。嘉兴寇将乞援，湖州悉众东援，碍乌镇，且憾何培章，筑屯围攻之。培章请援杭州，蒋益澧不能往，遗书刘树元激厉之。戊辰，树元还军乌镇，视地形渡水，增二垒。庚午，寇大合众攻新垒，归诚人凶惧，反先溃。树元日暮突围出，前渡舟已失所往，半夜潜行还，复入空垒，坚壁相持。培章、元吉益资之粮，寇不得进。二月戊寅，寇略双桥，攻桐乡。元吉出战，败之。丙戌，追寇炉头，元吉突陈，被枪断掌，麾众直进，平寇垒十。丁亥，寇来攻，复败之。己丑，进乌镇。江苏军攻嘉兴城，薄四门，水军入南湖。程学启炮坏城三面，凡百丈，麾军乘之。寇死
拒，学启中枪子颠。诸军继登，掷火烧城中，寇大乱蹙，斩数千，计诛其两帅，克嘉兴。庚寅，乌镇寇奔湖州。甲午，蒋益澧攻杭州，陈兵五门，别遣军攻城北长街。城寇出援，大战，自日中至暮，多所杀伤，各还屯。其夜，寇启北门走。乙未，省城复。余杭寇亦东走，与杭寇合奔德清。宗棠发亲军，遣杨昌浚将之攻武康，高连升攻德清，蔡元吉攻石门。三月壬寅，宗棠移驻省城，申虏获之禁，妇女财物各从其主，有敢言取自贼中者，罪之。禁军士无入民居，招商开市。奏停杭关税，立清赋局，减杭、嘉、湖税则三之一。蒋益澧为布政使，亦轻财致士。杭州善后事，一时翕然称之。初盛时，城内外居民男女口八十一万，及夏城，才七八万。宗棠长于治簿书，故州县尽心焉。
甲辰，武康反正。乙巳，收德清。石门反正。寇奔孝丰，西南走昌化，诸军进图湖州。江苏军二万人攻长兴，广德寇皆东援，湖州寇逆拒官军于石门。德清复。分拒江苏军于太湖。五月，江苏军水陆屯夹浦。湖州寇东窥南浔，水军东援。寇复西赴长兴，与广德寇合势，分军击败之。师进，寇复还拒，又败之门，于西北门作浮桥渡军。癸亥，合围。寇冯城掷火烧攻具，士皆冒火攀堞上，死者数百人，将领毕登，寇突西门走，遂克长兴。湖州寇知必死，则分党缀江苏，别军于南浔，而悉众拒蔡元吉于荻港。广德援寇屯四安。杨昌浚自武康西攻孝丰。六月壬申，军薄城。其夜，寇遁。癸酉，收孝丰，北攻安吉。蒋益澧合诸军进屯菱湖。江苏军南进四安，西攻晟舍，南浔屯军亦西进织里。乙酉，曾军克江宁。寇悉由广德奔湖州，作屯尹隆桥，通道往来。江苏军先攻桥屯，多伤。戊子，合军攻晟舍，不利。自辛卯至乙未，蒋益澧频进战，寇增垒思溪与相持。丙申，英国将发炮攻寇屯，不能克。寇围蔡元吉东埠屯，益澧进军作垒，增调炮船轮舟，又结浮桥渡思溪援东埠，不能达。英国将遇寇，战辄败退。七月，蒋益澧议先攻荻港。甲辰，进军。丙午，破寇三屯，寇水军将率其战船归诚。水军乃出太湖，钞寇背。而蔡元吉乘隙溃围出，丧其军四之三，皆饥羸无人色，其被围二十余日矣，煮桑皮为粮且六七日，以大军赴救，力战，虽不能达，感义忍死，终无逃叛。丁未，江苏军及宁波将合攻晟舍，克之。寇初以全力围东埠，而蔡元吉突走，晟舍又破，己酉，乃西遁。江苏军进屯大钱口，刘树元进屯升山。癸丑、甲寅，湖州城寇来归诚者相继。高连升复攻袁汇，寇奔城，城寇开西门，分走广德、孝丰。乙卯，收湖州。丙辰，杨昌浚克安吉，追寇孝丰，遇湖州来寇，与孝丰守将合击之，寇合走宁国，与广德寇俱走昌化，分党出淳安，余悉西趋绩溪。黄少春等复自严州拒淳安寇，寇亦北走徽州。婺源屯军东还，扼开化。寇散走，或逸出，掠江山、常山，皆遇官军，不复能喙息，奔江西广丰，语在《江西后篇》。浙江既定，十月，完棠奏以蒋益澧护巡抚。己之总督任。而寇先自江西犯福建，按察使张运兰、署提督林文察皆名将，连败死，乃以全军入闽，追寇至广东，竟收成功焉。
寇之自杭、湖、广德西走，浙军将报言众数千，江西军将言精悍者过十万，督、抚各据以告。左宗棠前以洪福未死，讥切江南大军，及自浙逸出，诸帅皆言洪福由浙纵之。江西诸将既不悦于曾国荃、左宗棠，故战最力。寇既连败，因走广东。同治三年九月，张运兰自江西瑞金入汀州。广昌诸寇复直南趋大埔，拆西北略武平，欲攻运兰军，以合赣寇。运兰屯军下坝，未战，大埔寇还，北袭永定，陷之，自西北间钞运兰军。