至暮，钩梯数千攀城欲上，势危急；燮元遍诫土卒，但放炮礧石，亡哗。迟明，贼尸陵城下。是时冬，濠水涸，贼帅降民持篾兜束楚载濠土，垒如山；上架篷荜，形类行屋，以避锐石。贼伏弩仰射，城中垂帘自蔽；矢石到，帘即堕。燮元私念竹木青润，兜虽载土，遇火立焦灼；乃夜缒士，持刍涂膏，杀守者纵火。火大举，山隤，贼气大阻。燮元又遣人决都江堰水下濠，濠满；贼乃治桥，得少息。因戢获城中奸细与贼通者二百人，悬其首于陴上示之；贼益骇愕，乃于城四面立望楼，高与城等；楼近则势□，贼众益急。燮元曰：‘贼设了望，必四出卤掠，其中虚也’。遂命死士五百人，突出奔贼营；贼果无备，斩其三将，烧望楼而返。贼围城八十余日，终不能下。比岁且尽矣，城中人伏腊不祭、王正不贺。贼城外日发诸人冢墓，城上望见皆泣。燮元按剑誓众曰：‘吾与诸君业死守至今日，前劳何惜！愿益固志亡懈’！会有俘民自贼中来者，亦言贼旦夕欲东，须“旱船”一决胜负耳。
城中闻言，不知旱船为何物。正月上元，忽林中大噪而至，视之有物如舟，高城丈许、长五百尺；楼数重，簟茀左右，板屋如平地。一人披发仗剑，上载两旗，曰“开基定鼎”、曰“安顺剿逆”；中数百人，各挟机弩毒矢。牛数百头，运石毂行；旁设两云楼，翼如双翅，俯视城中。城中老幼妇女皆哭；元曰：‘此吕公交车也，破之非“炮石”不可’。炮石者，巨木为杆柱，置轴柱间，挽索运杆，千钧之石飞击如弹丸，贼舟遂不得近；然仰高临下，甚困。元复引敢死士，以大炮击牛，中其当轭者；牛骇返走，乘势纵兵击之，大胜。当是时，诸道援兵相继至，或转战得至城下，或败溃以去；然贼兵亦日益增，四面立屯，无退意。城中渐蹙，裨将刘养鲲来告曰：‘寇深矣，难以力争。有诸生范祖文、邹蔚然者，被胁贼营，遣孔之谭来，约贼将罗干象欲自拔效用，可急使也’！燮元遣之谭复往。夜半，干象缒而入；燮元卧戍楼，呼与饭。干象衷甲佩刀，气矫举不下。及见，燮元长九尺、腰十围，饮可数斗、馔兼数十人，与干象饮啖自若，惟与谈浙中西湖山水景物，不及兵事。既醉，就榻呼干象同卧。干象趺坐榻侧，燮元鼾齁达旦，未常反侧。昧爽，酲解，干象长跽榻前曰：‘公天人也，干象死心服矣！愿为公效死。但纵干象归内应，公擒贼必矣’。燮元以手摩眦，昂首应曰：‘尔要去，去’！缒而出。后贼营举动，纤悉无不透知者，盖得干象为之间谍也。踰数日，又使牙将周斯盛诈降贼，许以内应，贼以名马、美人馈之；乃令斯盛潜出盟而质其来，设伏俟之。崇明果自至，甫悬一人上，松潘守兵不知，大噪；崇明惊走，伏起，获其从者数人，崇明仅以身免，乃谋远遁。
燮元侦知，造水牌数百面，投锦江顺流下，令有司沈舟斩筏、断桥梁，严兵以待。贼夜半果逸，干象等内变，贼营四面火起，崇明父子惊窜，干象等皆来归，余贼奔溃；成都围凡百有二日而解。邸报通，擢都御史抚蜀，得专征伐。贼遁，缘江郡县得水牌者皆预设备，四出截杀；贼死者以万计，被缚递俘者不绝于道。贼渡泸，我兵以乏饷不及追。而时水西宣慰安位、安邦彦亦起兵犯黔。奢酋归，与之缔盟，交犄为逆；又渐招合诸裔，猓势复逞。燮元以三月大出师，复江安。五月，复建武、长宁、重庆，杀樊龙。六月，复泸州。七月，遵义复陷；燮元督诸将吏分兵进讨，贼亦殊死战，不能胜。至明年三月，晋燮元兵部左侍郎，总督三省。燮元曰：‘我之久不得志于贼者，贼以合、我以分也’。于是列营纳溪，阳为进取，而阴令大兵会长宁。四月，我兵壁青山崖，乘雾夺险而入，与石砫兵会永宁。五月破蔺州，烧其九凤楼，扫其巢；二贼复狼狈走。我兵以其间，尽平诸裔落，降者抚定之。时出兵穷追，而贼转展入深箐，不可即得。然永、蔺已定，开疆千有余里；诸将吏请郡县之，以为封赏地。燮元曰：‘不然。永、蔺深山密箐，狐鼠自嗥，不可幅也。若以外四里沃壤归永宁卫，隶叙州；内四里深险硗瘠，分给降将，使各守其土：为计甚便。若为要功地，多置州县以罔朝廷，则吾岂敢’！是时黔抚王三善方覆师于大方，奢寅乘势复扰蔺州。燮元乃重贿降裔阿友、阿引等，授以方略，佯使得罪叛去，悬赏购之；急投寅。寅卤莽不疑，悉置部下；因以间约死士，斩其腹心将。贼见羽翼凋落，疑有桑雍；遂拷掠阿友，身备五毒，以利刃穿其右足一昼夜。阿友至死不承，乃释之。寅益不自得，长夜痛饮；阿引等乘其醉，刺杀之，以首来献——时天启七年二月也。先是，朝廷以黔事急，加兵部尚书，赐尚方剑，镇贵州；至是，寅诛，移镇渝川，遂以父丧归。
明年戊辰，毅宗践祚，录平蔺功，荫一子世锦衣指挥使。九月，诏起燮元，仍总督贵、湖、云、川、广五省军务，巡抚贵州。十二月，抵黔，经略黔事。于次年六月，檄滇兵下乌撒、蜀兵出永宁，扼各裔要害；而亲移师驻六广，逼大方。八月，奢崇明号大梁王、安邦彦号四裔大长老，歹费、小阿乌谜、阿鲊怯等各号元帅，大举趋永宁，先犯赤水。谍知之，授意守将许成名佯败奔永，诱贼深入；榷其抵永，令林兆鼎从三岔入、王国祯从六广入、刘养鲲从遵义入。邦彦等分头四应，力既不支；罗干象以奇兵绕出其背，贼大溃，奢崇明、安邦彦、歹费等悉受创，汉兵斩其首以献。当是时，各裔无不詟伏，而安位之势日孤、地日蹙。燮元不欲穷兵，乃移檄安氏，赦前罪，许其内附。位竖子，不能自决；其群目复集溃兵，追胁诸小种号二十万，以抗王师。乃大会诸将，遍诫之曰：‘水西地深昧，多山险、丛箐篁；蛮烟棘雨，莫辨昏旦。林多蝮蛇猛兽，深入难出，以此多败。必扼住要害，四面迭攻，渐次荡除；使贼乏粮，贼必自毙’。诸将受命。于是焚蒙翳、剔岩穴、截溪流；发劲卒驰骋百余里，或斩樵牧、或焚积聚，暮还归屯，使不可测。凡百余日，所得首卤万余级，生口数万。每得向导，辄发窖粟就食；而贼饥甚，斗米六千钱。刘养鲲遣其客入大方，烧其宫室，悬榜而出。安位大恐，乞降；弗许。要以四事：一、贬爵；二、削水外六目之地归朝廷；三献故杀王巡抚者凶首；四、开通毕节等驿路。而位皆唯唯，遂率裔目纳款。会黔人岁食楚饷百万，不乐罢兵，杀其使、夺其所献马；燮元立斩数人，乃定。而水西亦厌兵，再遣使乞降；燮元为奏请，诏许之。