北京破，各镇统兵官黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清皆拥兵南下。高杰先至，欲寄家眷于扬州；百姓闭门抗拒，杀伤多人。朝命史可法以阁部至扬，分汛立营，安插四镇。事平之后，即以可法坐镇淮、扬，以为北门锁钥。
马士英在朝，即剡荐阮大铖；有旨赐冠带，召对平台。诸朝臣交章劾之，留中不省。大铖以沿江要害备陈入告，遂以操江部院委任大铖。大铖进疏，请以六等定罪，察核北京投降闯贼诸臣；遂逮周铨、周钟、项煜、光时亨等，置之重辟，决不贷。时朝臣股栗。
为时无几，高杰以伪皇后童氏送至南京；弘光不认，下狱论死。又无几，有伪太子王子明事，命内外诸臣及曾任东宫讲官者严加识认。诸臣以其应对舛错，皆斥为假冒。独问官刑部主事钱凤览上疏力争，谓看验皆实；上怒，下狱。法吏讽之曰：‘苟易汝言，则生矣’！凤览抵死争之，坚不可易，竟坐诛死；而王子明坐死，待决。靖南伯黄得功飞疏奏曰：‘太子真，固不可杀；假，尤不可杀。若真，则诸奸趣承阿附，皆无实言；若假，则留置狱中，事久论定。俟东宫确有下落，杀之未迟。如若糊模妄杀，本镇提兵到阙，必尽诛杀吾半信半疑之太子者！慎之，毋忽’！王子明得留系狱中，不敢即杀。马士英以夙憾，遣缇骑逮湖广巡按御史黄澍。澍以宁南伯左良玉兵势，杀缇骑；即发檄诋士英之奸邪，提兵向阙以“除君侧之恶”。士英大惧，悉发南部精锐，屯匝芜湖；复命靖南伯黄得功移镇芜湖，截关死守以御左兵。此时清兵南下，淮、扬告急，马士英但以堵截芜关为第一急务；史可法羽檄星驰，置之不理。扬州一失，门户尽毁；南京一路，如入无人，马士英携家口辎重、歌儿舞女潜遁江南。弘光力追士英不及，误走芜湖，遂投靖南营内。
是时弘光既遁，南都百姓拥太子王子明出狱，舁居大内。途遇王铎，群起殴之；曰：‘是主杀先帝皇太子者’！奋拳毒殴，遍体受伤，须尽落；忻城伯赵之龙拘系去，收之狱中，乃得免死。清王子到教场，匝营天坛，百官朝见；子明含璧出降，坐之席次。九王子责弘光无道，贪位灭亲，欲妄杀太子；自罹天诛，无所逃死。
花马刘率先降清，诡言逃至芜湖，与得功合兵以图恢复。得功裨将田雄，潜发一矢，中得功咽喉；得功拔矢叹曰：‘吾部下小子如此，不可为矣’！遂拔刀自刎。田雄缚弘光同花马刘献俘南京；时正炎暑，弘光向忻城伯索一蚊帐，不可得。解至燕京，看守太医院。逢节日，赐宴一席，弘光畅饮极乐；随赐弓弦，勒令自尽。
石匮书曰：我朝天下，不亡于正德，应亡于天启。若我先帝，勤俭精明、锐意图治，宵衣旰食、惕厉焦劳；其奈有君无臣，社鼠城狐，共亡其国：实是中兴之令主，反为亡国之孱王。天道至此，颠倒极矣！但其正命殉亡，身死社稷；千秋抱痛，万姓悲思。汉、唐、宋末代之君，所不能效其万一者也。余故于甲申三月，遂痛明亡。乃以弘光、永历仅列世家，不入本纪；此则痛思先帝，真同鹃泣。世有罪我，窃附麟书。
唐王世家（黄道周、郑鸿逵立于福建，年号隆武）
唐王聿键，为唐定王第七世孙袭封也。先是，崇祯间，贼四讧，王忧之。丁丑，上书请特奉敕收诸砦义勇以靖乱；廷议以为非所当言，从谋叛例，发南京高墙。王在禁，益读书；博极今古，走笔数千言。如是八年，所着书盈尺。性剀挚推诚，人乐为用。甲申国变，出高墙。乙酉，南都复陷，王抱愤南走。遇户部郎中苏观生于嘉禾，观生说以大计，宜称尊号以收人心，图恢复。会郑鸿逵师溃镇江，以所部潜归闽，便护王行。于是尚书黄道周等率诸臣劝进，以闰六月之一日行监国礼；遂于次月即皇帝位，改元隆武，驻跸福州称行在，改福州府为天兴府。首下登极、分封、亲征三诏，皆出自御笔；远近捧读，无不流涕，愿为效死。群臣进爵有差，以原任大学士何吾驺为首辅。拜观生为大学士，开储贤馆。而以封疆剿恢尽委三郑，皆封侯。复设兰台馆，特开乡试；又覆试，得一百数十人，御定叶瓒为元。封介弟聿为唐王。
先是，鲁王以海避难台州，亦于七月受起义诸臣之请，监国绍兴，当清战力。而靖江王傲，擅弄兵，絷巡抚瞿式耜，以总兵杨国威为先锋；上命两广总制丁魁楚讨平之，更立靖江王亨歅，而封魁楚平粤伯。寻杀知县朱健之弃城者。令兵科给事中刘中藻奉尺一诏书下鲁。鲁文武咸以势当敌，不宜内自哄，且鲁未有大号；而唐以叔父尊，叔父未有子，可以监国为后，合力以御清兵：开诏便。而阁部熊汝霖及国舅张国俊、中书谢龙震数人又以唐、鲁皆我高皇帝初分封支等，闽僻安遽大，未尝以一矢相助，乘厄而欲下之，不可以为名；且唐何忍撤蔽，以自露于清；吾宁独瘁，以听天之所与：不开诏便。适唐镇郑芝龙密表于鲁，愿释唐而私驰驱鲁；识者曰：‘彼私于鲁，何必不私于清；贰唐者，不可信’！而监国误听之，击案曰：‘有如言开诏者，与众弃之’！遂令道臣王绍美、沈彩往，与叔父平；而江上文武，则大率密表潜称臣于八闽矣。
丙戌三月，闽令御史陆清源&909C&饷三万两，犒江上诸师，猝为马士英中军张体元所劫；杀清源，复遣诸科部来监水营师。总之，不以闻监国，而监国亦故不知也。诸文武颇以一家事，恐外唐势必前后踬；而唐乃尽取鲁温、台之粟，以官郡邑。江上师不下二十万，逡巡饥。五月，不战溃。