此后老公祖但奖励团众，许以便宜行事，通令各地方官勿加干预，则彼等饷项充足。取鬼子不义之财，供同胞倡义之费，一举两得，永不复烦公祖抚恤矣。”毓大喜，亟赞为“办理有法，果然天诞奇才，安内攘外，保佑大清，此国家之福也。”是年五月，拳匪扰直隶，联军攻天津，东南各省自保，袁、许等以祸日亟，请速保护使馆教民，勿召外侮。朝旨两可。总署主外交，见祸切肌肤，乃不得不请旨保护教民。廷寄至晋，毓掷之于地曰：“此汉奸所为也，老佛爷必不信此，且端、刚等自有主张，岂至先后矛盾若此？”翌日，端、刚函至，则果饬其力庇团民，痛除洋贼也。毓语家人曰：“吾几为汉奸所误。”自此乃于廷寄中见保护外人及调和等词意者，誓不复入目，一意主庇拳仇教。六月，遂命大焚教堂，杀教士，太原为首倡。有最巨丽之教堂被焚，烟焰满城。毓登高观之，叹曰：“天意也。”营官将施救，毓不许，曰：“汝何人，敢违天乎？且非吾有命，胡仆仆为？”
拳匪焚杀之惨，实推山西为最。盖他处皆拳匪自为之，其力小而弱，惟山西则巡抚为之主张，故其力厚而强也。时洋教士及华人入教者被杀之惨，暗无天日，有目击者尚能言之。大教堂中英教士某者，为毓所诱擒，复逃出，号于众曰：“昔年晋省大饥，赤地千里，吾输财五六万，活数千人，于晋亦不为无功。今独不能贷一死，让我他往耶？”时左右皆拳匪党羽，方鼓兴若狂，无一人为教士缓颊者，且无力者恐祸及己，亦不敢有言，卒为拳匪所戕。又一英妇挟抱婴儿出，跑于道左，言：“吾施医药，岁治数百人，今请贷吾母子一死。”语未绝，卫兵以梃击之，仆于地，兵推置火中，儿已宛转烈焰中矣。妇奋身复出，兵仍推之入，与其儿同烬焉。大教堂既焚，乃命搜获各分教堂教士、教民，令集一处。先下令守城门，禁教士出入，行道者皆检其身有无佩十字章，佩者皆捕之。复移教士老幼于铁路公所，以兵围守，绐言将送之入都，众以为有生望也。无何，复命驱入抚署。毓自坐堂皇，厉声数教士惑众之罪，命即日行刑。凡杀英教士男女老幼三十余人，服役者二十余人，枭首悬城门示众。卫兵之与教民有私仇者，任意剖心弃尸，积如丘山，毓勿问也。毓自上奏，言彼设一巧计，将洋人尽数擒捉，以练锁之，均在抚署处决，无漏网者。惟有一洋女人，割乳后逃走，藏于城墙之下。及查得，已死。此等丧心病狂之词，公然见于奏折，可谓一时之戾气。又抚署杀教士之翌日，尽驱法天主教堂童贞女子二百余人，至桑棉局，迫令背教。
皆不从，令斩为首者二人，以盎盛血，使诸女遍饮，有十六人争饮尽之，毓乃令缚十六人悬高处，迫其余皆背教。仍不从，求死益坚。兵士择貌美者，掠数十人去，欲肆行非礼。闻无一人屈者，或扼杀之而淫其尸焉。其后诸女子皆被杀，尸横如獭祭，见者莫不惨伤。各属教民富者，罔不被拳匪掠夺，其被逼背教，抵抗不从而死者，先后凡数千人。被祸最惨者为大同、朔州、五台、太原、徐沟、榆次、汾州、平定等处，拳匪之势几遍全省。毓虽刚愎，而惧内甚。其夫人亦仇教，胡杀戮之惨，无与挽回者。闻后亦知杀女教士之惨，命于女子暂缓。而拳匪得志，乃不从令矣，毓妻卒发背疽，死于晋。联军破天津，报至，毓自请勤王，将率拳匪出发。然其意亦畏洋兵，不欲果往，意端、刚等欲使己为外应，必不令其入京也。无何，朝旨下，命统军来京。毓大懊丧，阴讽晋人吁留，拳党亦不愿毓去。朝旨敦促不已，始议就道。濒行，延大师兄等入署，置酒与别，且嘱之曰：“教民罪大，焚杀任汝为之，勿任地方官阻止也。”时联军已破京师，两宫西幸，毓遇之于途次。太后已有悔意，不愿见毓，命暂回本任供差。毓语其家人曰：“吾将得祸。虽然，成败有命，吾何悔哉！”
八月，李鸿章奉命议和，德国要求第一件在惩办罪魁。案中声言山西杀戮之惨，为各省最。朝旨乃令毓开缺，另候简用，以锡良代为晋抚。时各国以罪魁未经惩办，不允议约。驻德使臣吕海寰，驻俄杨儒、驻英罗丰禄、驻美伍廷芳、驻法裕祥、驻日李盛铎，合电请惩办罪魁，首李秉衡，次毓贤、刚毅、赵舒翘、董福祥、载漪、载澜，并述各国坚决之意。鸿章与刘坤一、张之洞、盛宣怀亦先后电劾，朝旨乃将毓贤褫职，配极边，永不释回，各国意犹不慊。十二月，得旨：毓贤遣发新疆，计已行抵甘肃，着即行正法。于是至惨极恶之毓贤，乃有归结之一日矣。当毓闻京师失陷之变，折回晋境时，拳匪仍肆扰各属不已，劫掠之事，视为惯例。各属亦不复上报，而毓亦知忧惧敛迹，不复如前之兴高采烈。惟拳匪羽翼已成，急切不肯收束，且鸱张益甚，见毓之惧祸灰心也，日聒于抚署，谓：“京中消息，纯系汉奸谣言，实则京中使馆已焚，洋人尽杀，指日可望太平，统领不必愁烦。”毓被嬲不已，乃曰：“朝旨亦可假冒耶？尔等速自为计，毋溷乃公。”拳匪知不复可混，乃啸聚各乡，为攫金鸟兽散之计。是时，州、县强项者，始不关白上官，自行痛剿，毓亦不过问。有平遥令某者，以家财激励死士，捕劫掠之拳匪数百人，骈诛之。拳匪欲报仇，诉于毓。毓曰：“尔辈劫掠为生，即非义民，安知非假冒义和拳者？尔辈须往查明皂白，吾始可为之代办。否则，地方官本为除暴安良计，劫掠者，王法所不赦，吾安能庇尔辈？且吾已为朝旨所驳斥，旦夕待罪此间，尚能为尔辈护符耶？今本省洋教已尽，尔辈宜往京师、天津、山东一带，奋其义勇，自树一帜，切勿在此骚扰良民也。”拳匪语塞，但求抚公怜悯，发给遣散之资，令兄弟辈各寻生活。毓曰：“吾服官以来，清刚自矢，别无藏镪余财，可以为诸英豪壮行色。无已，吾惟有敝衣数箱，尔辈向质库取银，作川资何如？”语毕，命从者出箱示之，皆破烂不堪衣着之物，拳匪乃谢曰：“公真清官也。兄弟辈不敢复有所求，且公行有日，兄弟辈尚当醵资为公寿，公毋自苦，兄弟辈必当吁请于朝廷，保公无罪也。”毓谢之，且嘱其勿尔，令朝廷生疑。自是拳匪不复入抚署。